En el ámbito de prácticas concretas de investigación en el que intervienen diferentes culturas de prácticas disciplinarias junto con otros actores sociales no disciplinarios, adquieren relevancia las asimetrías y diferencias que se presentan, no sólo en materia de conocimientos, sino también de poder y autoridad. El objetivo de este trabajo es revisar las potencialidades de la investigación transdisciplinaria sobre la base de una experiencia concreta. Para ello, se identifican los desafíos y aprendizajes de la práctica de la transdisciplinaridad por parte de los autores de este trabajo, analizando de manera particular el peso que adquiere el reconocimiento y la confianza entre los participantes en esta forma de investigación, las asimetrías, los procesos de negociación asociados y el tratamiento de las diferencias. Se concluye en la necesidad que los consejos de ciencia desarrollen políticas de financiamiento cónsonas con los retos que plantea esta forma de investigación.