dc.contributor.author
Schmidt-Weber, Philipp
dc.date.accessioned
2018-06-08T00:33:55Z
dc.date.available
2008-03-03T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/12129
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-16327
dc.description
Title
Table of Contents
1 Abstract 1
2 Kurzfassung 3
3 Introduction 5
4 Experiment 11
4.1 Experimental Chamber 11
4.2 Photoelectron Spectroscopy (XPS and UPS) 13
4.3 Near Edge X-Ray Absorption Fine Structure Spectroscopy (NEXAFS) 26
4.4 Scanning Tunneling Microscopy (STM) 34
4.5 Photoisomerisation (UV lamp) 40
4.6 Theoretical Calculations 42
4.7 Samples and Preparation 46
4.7.1 Si(100) 46
4.7.2 Cu(110) 46
4.7.3 Adsorbates 47
5 Isomerisation 49
5.1 Conformation and Isomerisation 49
5.1.1 Conformational Isomers 49
5.1.2 Photoisomerisation of Azobenzenes and Stilbenes 51
5.2 Isolated Molecular Switches - Gas Phase Stilbene 58
5.2.1 Stilbene in the Gas Phase 58
5.2.2 Identification of Isomers - NEXAFS 60
5.3 Molecular Switches on a Semiconductor - Stilbene on Si(100) 69
5.3.1 Adsorption on Si(100) 69
5.3.2 Identification of Isomers - NEXAFS 77
5.3.3 Photoinduced Isomerisation on Si(100) 85
5.4 Molecular Switches on a Metal - Stilbene on Cu(110) 88
5.4.1 Adsorption on Cu(110) 88
5.4.2 Identification of Isomers - NEXAFS 92
5.4.3 Photoinduced Isomerisation on Cu(110) 94
5.5 Photoisomerisation of Stilbene 101
6 Chirality of Molecular Assemblies 105
6.1 Chirality 105
6.2 Molecular Assemblies 107
6.2.1 Molecular Adsorption and Self Assembly on Surfaces 107
6.2.2 Prochirality in low Dimensions 109
6.3 Chiral Adsorption of Stilbenedicarboxylic Acid 115
6.3.1 Adsorption Behavior of Stilbene Dicarboxylic Acid on Cu(110) 115
6.3.2 Chiral and Racemic Adsorption Domains 123
6.3.3 Chiral Behavior of Supramolecular Assemblies 126
7 Molecular Chirality in Chiral Assemblies 131
7.1 Detection of Chirality 131
7.1.1 Descriptors of Chiral Centers 131
7.1.2 Chirality Index 133
7.1.3 Optical Activity and Circular Dichroism 136
7.2 Chirality of Tartaric Acid 147
7.2.1 Adsorption of Tartaric Acid on Cu(110) - Chiral and achiral adsorption
phases 147
7.2.2 Spectral Asymmetry of adsorbed Chiral Tartaric Acid 153
7.2.3 Achiral meso-tartaric acid 155
7.3 Chirality of Alanine and Cysteine 156
7.3.1 Adsorption phases of Alanine and Cysteine 156
7.3.2 Asymmetry dependence - structure or optical activity? 159
7.3.3 At the edge of measurement - technical difficulties 161
7.4 Chirality in Photoemission 163
8 Summary, Conclusion and Outlook 165
Appendices
List of Figures i
List of Tables vi
Bibliography vii
A Molecules xxxv
B Acknowledgments xli
C Publications xliii
dc.description.abstract
This thesis deals with the conformational properties of adsorbed molecules.
The behavior of molecules with a C=C double bond adsorbed on semiconductor and
metal surfaces is investigated and the manifestation of handedness of
intrinsically achiral and chiral molecules upon adsorption is reported on.
With its two phenyl groups connected via a C=C double bond bridge, stilbene is
a prototype molecule for a photochromic "molecular switch". It was
investigated mainly using near edge x-ray absorption fine structure
spectroscopy (NEXAFS) in the gas phase and adsorbed on Si(100) and Cu(110)
surfaces. NEXAFS shows a characteristic and unambiguous lineshape in the
pi*-resonance for the cis- and trans-stilbene, which allows the clear
identification of the isomers. Upon adsorption on a surface, the bonding takes
place at the C=C bridge through substrate-bridge-pi interactions. Depending on
the properties of the substrate, the isomerisation capability known from gas
phase is changed. On Si(100) with its directed bonds, the stilbene molecules
adsorb on the Si dimers. The interaction between the Si atoms and the
molecular pi-system is rather strong. Angle resolved NEXAFS spectra reveal
that both isomers adsorb through the C=C bridge and in both isomers the phenyl
rings are twisted away from the surface, in the originally flat trans- less
than in the cis-isomer. Since the interaction between substrate and pi-system
is strong, the photoinduced isomerisation is inhibited. On Cu(110) with its
diffuse bonding characteristics the substrate-adsorbate interactions are
weaker. Thus the photoinduced cis-to-trans isomerisation can be performed with
an overall conversion of about 25% and does not depend on surface coverage. A
trans-to-cis reaction is not detected. In order to improve the isomeriation
capability the interaction between stilbene molecules and surfaces has to be
tailored. This can be done using substituents with defined bonding functions.
In stilbene substituted with two carboxylic groups at either end of the
molecule, bonding to Cu takes place only through these functional groups. Such
a stilbene derivative, namely 4,4'-stilbene-dicarboxylic acid (DCSB), adsorbs
on Cu(110) with the C=C double bond oriented either to the left or to the
right with respect to the stilbene backbone. It can assume two adsorption
sites, along or across the Cu rows. Long range ordered supramolecular
structures consist of combinations of these four "building blocks". STM images
show that two handed adsorption phases are formed: the herringbone phase H and
the parquet phase P. While the former one is a racemic mixture of the same
number of left- and right handed adsorption isomers, the latter one is
enantiomerically pure, i.e. with either only left- or only right handed
molecules. Both phases show an identical unit cell and indications exist that
they are also energetically equivalent. At low temperatures all phases can be
simultaneously detected on the surface. After thermal activation only the
herringbone phase is present.
In the last part of my thesis I report on a method that allows to determine
directly the handedness (chirality) of adsorbed chiral molecules. In C1s core
level spectroscopy the emission from the chiral centers exhibit an intensity
difference for left- and right circular polarized light. This circular
dichroism is angular dependent. Right handed molecules have a negative
asymmetry at negative emission angles and vice versa.
de
dc.description.abstract
Diese Dissertation behandelt die Konformationseigenschaften adsorbierter
Moleküle. Das Verhalten von Molekülen mit C=C Doppelbindung auf Halbleiter-
und Metalloberflächen wird untersucht und über die "Händigkeit" intrinsisch
chiraler und achiraler Moleküle nach Adsorption wird berichtet.
Stilben mit seinen beiden Phenylgruppen, die durch eine C=C Brücke verknüpft
sind, ist ein sehr gutes Beispiel für einen photochromen "molekularen
Schalter". Nahkanten-Röntgenabsorption (NEXAFS) wurde benutzt, um Stilbene in
der Gasphase und adsorbiert af Si(100) und Cu(110) zu untersuchen. Die
pi*-Resonanz zeigt eine charakteristische Linienform, mit der die beiden
Isomere, cis- und trans-Stilben eindeutig unterschieden werden können.
Bindungen zum Substrat finden ausschließlich durch das pi-System an den
Brückenatomen statt. In Abhängigkeit vom Substrat wird dadurch das Vermögen
zur Isomerisation mehr oder weniger stark beeinusst. Auf der Si(100)-Oberäche
mit ihren gerichteten Bindungen adsorbieren die Stilben-Moleküle entlang der
Si Dimerreihen. Die Si-pi-Wechselwirkungen sind vergleichsweise stark.
Mithilfe von winkelaufgelösten NEXAFS Spektren lässt sich zeigen, dass das
cis- und trans-Isomer nur über die C=C Brücke binden und deshalb einer
intramolekularen Verbiegung unterliegen. Beim zuvor flachen trans-Stilben
fällt diese Verbiegung geringer aus als beim cis-Isomer. Aufgrund dieser
starken Wechselwirkung mit dem Substrat wird die Isomerisation komplett
verhindert. Die Wechselwirkungen mit der Cu(110) Oberfläche sind schwächer, da
die Metall-Bindungen im Vergleich zum Silizium verschmiert sind. Daher lässt
sich auf dieser Oberfläche cis-Stilben zu 25% photoinduziert in trans-Stilben
umwandeln. Diese Umwandlung findet bedeckungsunabhängig statt. Die
Gegenreaktion lässt sich nicht beobachten. Um die Fähigkeit zur Isomerisation
zu verbessern, muss die Wechselwirkung zwischen Substratatomen und dem pi-
System der Moleküle verändert werden. Dies kann durch den Einbau von
Substituenten mit definierter Bindungsfunktionalität geschehen.
Wird Stilben um zwei Carbonsäure-Substituenten erweitert, so findet die
Bindung zum Kupfer ausschließlich durch die deprotonierten Säuregruppen statt.
Dieses Molekül, 4,4'-Stilbene-Dicarbonsäure (DCSB), adsorbiert dergestalt auf
Cu(110), dass die C=C Bindung links- oder rechtsgerichtet orientiert ist.
Dabei können zwei unterschiedliche Adsorptionsplätze eingenommen werden,
entweder entlang oder quer zu den Kupferreihen. Supramolekulare Netzwerke sind
aus Kombinationen dieser vier "Bausteine" zusammengesetzt. Mit dem STM konnten
zwei unterschiedliche chirale Adsorptionsphasen nachgewiesen werden: die
Fischgrätphase H (aus dem Englischen: herringbone) und die Parkett-Phase P (im
Englischen ebenfalls: parquet). Erstere ist eine racemische Mischung aus
gleichen Anteilen links- und rechtshändiger DCSB-Moleküle, während letztere
enantiomerenrein ist, d.h. nur aus rechts- bzw. linkshändigen Adsorbaten
besteht. Beide Phasen haben die gleiche Einheitszelle auf der Oberfläche, und
es gibt Anzeichen, dass sie auch die gleiche Energie besitzen. Bei geringen
Substrattemperaturen können alle Phasen gleichzeitig nachgewiesen werden. Nach
thermischer Aktivierung ist nur noch die Fischgrätphase vorhanden.
In dieser Arbeit wird abschließend eine spektroskopische Methode gezeigt, mit
der es möglich ist, die Händigkeit chiraler Zentren in Molekülen direkt zu
bestimmen. Die Emission vom Kohlenstoffrumpfniveau zeigt an der Stelle des
chiralen Zentrums einen Intensitätsunterschied für links- und rechtszirkular
polarisiertes Synchrotronlicht. Dieser zirkulare Dichroismus ist
winkelabhängig, woraus die Händigkeit des betreffenden C-Atoms bestimmt werden
kann. Rechtshändige Moleküle zeigen bei negativen Emissionswinkeln eine
negative Asymmetrie im Spekrum und umgekehrt.
de
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
molecular adsorbates
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::530 Physik::530 Physik
dc.title
Functionalisation of Surfaces
dc.contributor.firstReferee
Prof. Karsten Horn
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Jose Ignacio Pascual
dc.date.accepted
2008-02-11
dc.date.embargoEnd
2008-03-12
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000003498-1
dc.title.subtitle
Isomerisation and Chirality of Adsorbed Molecules
dc.title.translated
Funktionalisierung von Oberflächen
de
dc.title.translatedsubtitle
Isomerisation und Chiralität adsorbierter Moleküle
de
refubium.affiliation
Physik
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000003498
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2008/174/
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FUDISS_derivate_000000003498
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