dc.contributor.author
Ratert, Nadine
dc.date.accessioned
2018-06-07T21:20:14Z
dc.date.available
2014-01-17T11:54:31.709Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/7749
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-11948
dc.description.abstract
Reverse transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR) is widely used in
microRNA (miRNA) expression studies on cancer. To compensate for the
analytical variability produced by the multiple steps of the method, relative
quantification of the measured miRNAs is required, which is based on
normalization to endogenous reference genes. No study has been performed so
far on reference miRNAs for normalization of miRNA expression in urothelial
carcinoma. The aim of this study was to identify suitable reference miRNAs for
miRNA expression studies by RT-qPCR in urothelial carcinoma. Methods:
Candidate reference miRNAs were selected from 24 urothelial carcinoma and
normal bladder tissue samples by miRNA microarrays. The usefulness of these
candidate reference miRNAs together with the commonly for normalization
purposes used small nuclear RNAs RNU6B, RNU48, and Z30 were thereafter
validated by RT-qPCR in 58 tissue samples and analyzed by the algorithms
geNorm, NormFinder, and BestKeeper. Principal Findings: Based on the miRNA
microarray data, a total of 16 miRNAs were identified as putative reference
genes. After validation by RT-qPCR, miR-101, miR-125a-5p, miR-148b,
miR-151-5p, miR-181a, miR-181b, miR-29c, miR-324-3p, miR-424, miR-874, RNU6B,
RNU48, and Z30 were used for geNorm, NormFinder, and BestKeeper analyses that
gave different combinations of recommended reference genes for normalization.
Conclusions: The present study provided the first systematic analysis for
identifying suitable reference miRNAs for miRNA expression studies of
urothelial carcinoma by RT-qPCR. Different combinations of reference genes
resulted in reliable expression data for both strongly and less strongly
altered miRNAs. Notably, RNU6B, which is the most frequently used reference
gene for miRNA studies, gave inaccurate normalization. The combination of four
(miR-101, miR-125a-5p, miR-148b, and miR-151-5p) or three (miR-148b, miR-181b,
and miR-874,) reference miRNAs is recommended for normalization.
de
dc.description.abstract
Die quantitative reverse Transkriptions-Polymerase-Kettenreaktion (RT-qPCR)
ist eine häufig verwendete Methode zur Untersuchung von
microRNA(miRNA)-Expressionen bei Tumorerkrankungen. Die relative
Quantifizierung der gemessenen miRNAs, basierend auf endogenen Referenzgenen,
ist dabei unerlässlich, um die Variabilität, bedingt durch die einzelnen
Teilschritte der Analyse, zu kompensieren. Eine Literaturrecherche ergab, dass
bis zum jetzigen Zeitpunkt keine Studien zur Ermittlung von Referenz-miRNAs
für das Harnblasenkarzinom vorliegen. Das Ziel dieser Studie war es, in
systematischer Weise geeignete Referenz-miRNAs für RT-qPCR basierte miRNA-
Expressionsstudien des Harnblasenkarzinoms zu identifizieren. Methodik: Unter
Zuhilfenahme eines miRNA-Microarrays wurden aus insgesamt 24 Karzinom- und
Normalgewebeproben der Harnblase Kandidaten von Referenz-miRNAs anhand ihrer
Invarianz in der Expressionsstabilität zwischen den Proben ermittelt. Die
Validierung dieser potenziellen Referenz-miRNAs erfolgte zusammen mit den
häufig in der Literatur verwendeten small RNAs, RNU6B, RNU48 und Z30, an 58
Gewebeproben mittels RTqPCR. Die anschließende bioinformatorische Analyse
wurde mit den Computerprogrammen geNorm, NormFinder und BestKeeper
durchgeführt. Grundlegende Ergebnisse: Insgesamt wurden 16 potenzielle
Referenz-miRNAs auf der Grundlage der miRNAMicroarraydaten identifiziert. Nach
der Validierung mittels RT-qPCR zeigten miR-101, miR-125a-5p, miR-148b,
miR-151-5p, miR-181a, miR-181b, miR-29c, miR-324-3p, miR- 424, miR-874, RNU6B,
RNU48 und Z30 keine Unterschiede zwischen den Gewebeproben, sodass ihre
Eignung als Referenzgene mit den drei Programmen ermittelt werden konnte.
Daraus resultierten unterschiedliche Referenzgenkombinationen.
Schlussfolgerungen: Die vorliegende Studie lieferte die erste systematische
Analyse zur Identifizierung geeigneter Referenz-miRNAs für miRNA-
Expressionsstudien des Harnblasenkarzinoms mittels RT-qPCR. Verschiedene
Referenzgenkombinationen ergaben sowohl für starkals auch für schwach-
regulierte miRNAs vergleichbare Expressionsergebnisse. Besonders eindrucksvoll
konnte die fehlerhafte Normalisierung mit der RNU6B belegt werden, die bisher
am häufigsten in miRNA-Studien als Referenzgen zum Einsatz kam. Die
Kombination aus vier (miR-101, miR-125a-5p, miR-148b und miR-151-5p) bzw. aus
drei (miR-148b, miR-181b und miR-874) Referenz-miRNAs wird für die
Normalisierung von Expressionsstudien beim Harnblasenkarzinom empfohlen.
de
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
urothelial carcinomas
dc.subject
reference genes
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::610 Medizin und Gesundheit::610 Medizin und Gesundheit
dc.title
Reference miRNAs for miRNAome analysis of urothelial carcinomas
dc.contributor.firstReferee
N.N.
dc.contributor.furtherReferee
N.N.
dc.date.accepted
2014-02-14
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000095569-2
dc.title.translated
Referenz-miRNAs für die miRNAome Analyse des Urothelkarzinoms
de
refubium.affiliation
Charité - Universitätsmedizin Berlin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000095569
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000014420
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access