Simulation and analysis files for simulating water filled carbon nanotubes as presented in

P. Loche, C. Ayaz, A. Schlaich, Y. Uematsu, and R. R. Netz, ‘Giant Axial Dielectric Response in Water-Filled Nanotubes and Effective Electrostatic Ion–Ion Interactions from a Tensorial Dielectric Model’, J. Phys. Chem. B, vol. 123, no. 50, pp. 10850–10857.

The scripts for creating the geometries are located inside a public repository (https://gitlabph.physik.fu-berlin.de/ploche/gmx_builder). Some Analysis scripts require the analysis toolkit MAICosS.

Simulation setup, run and analysis files for simulating the free energy of a chloride ion at a graphene interface using thermodynamic integrations as presented in P. Loche, C. Ayaz, A. Schlaich, D. J. Bonthuis, and R. R. Netz, ‘Breakdown of Linear Dielectric Theory for the Interaction between Hydrated Ions and Graphene’, J. Phys. Chem. Lett., vol. 9, no. 22, pp. 6463–6468.

Some Analysis scripts require the analysis toolkit MAICosS. The folders vdw, coul_- and coul_+ contain the input files for the Lennard-Jones the negative and positive Coulomb part of thermodynamic integration simulations.

A new model for water evaporation from solute-containing aerosol droplets is presented to investigate the effects of solutes on the droplet evaporation time. The Python scripts include two simple examples for the numerical approaches used in the calculation of the droplet evaporation time in the presence of internal concertation and diffusivity profiles. Detailed calculations and results are presented in the paper “water evaporation from solute-containing aerosol droplets: effects of internal concentration and diffusivity profiles, and onset of crust formation” and its supporting information.

We extract the folding free-energy landscape and the time-dependent friction function, the two ingredients of the generalized Langevin equation (GLE), from explicit-water molecular dynamics (MD) simulations of the α-helix forming polypeptide Alanine9 for a one-dimensional reaction coordinate based on the sum of the native H-bond distances. Folding and unfolding times from numerical integration of the GLE for the reaction coordinate agree accurately with MD results, which demonstrates the robustness of our GLE-based non-Markovian model. In contrast, Markovian models do not accurately describe the peptide kinetics and in particular cannot reproduce the folding and unfolding kinetics simultaneously, even if a spatially dependent friction profile is used. Analysis of the GLE demonstrates that memory effects in the friction significantly speed up peptide folding and unfolding kinetics, as predicted by Grote-Hynes theory, and are the cause of anomalous diffusion in configuration space. Our methods are applicable to any reaction coordinate and in principle also to experimental trajectories from single-molecule experiments. Our results demonstrate that a consistent description of protein folding dynamics must account for memory friction effects.

The Common Data Model (CDM) is the underlying data structure of the EDIT Platform for Cybertaxonomy, representing a complete model of data used in biological taxonomy and systematics. CDM-light is a set of relational tables produced by one of the export functions of the EDIT Platform. As compared to the CDM itself, the relational model is simplified and data are partially aggregated. CDM-light may be used as a transfer format, to generate statistics about the data in a CDM database, to control data quality, or to produce document-type output from CDM databases.

In the article, for which these analysis data forms the basis of what is discussed, the results of the evaluation of pXRF with regard to the limits and possibilities of reconstructing economic processes will be presented. Analysis data acquired using WDXRF showed that, for pottery from the middle Euphrates Valley, only chemical signatures partly specific to find spot could be worked out, which likely can be traced back to the geochemical conditions in the area of study. The measuring inaccuracy of pXRF, determined using comparisons with WD-XRF data, interferes with the chemical differentiability of the material.

This data repository contains experimental Raman and infrared spectra, optical spectra, as well as simulated data of layered gold nanoparticle supercrystals. The data are subdivided into three folders for 1. Experimental surface-enhanced Raman scattering (SERS) spectra and reference measurements, 2. Experimental surface-enhanced infrared absorption (SEIRAS) spectra and reference measurements, 3. Spectra and electric field enhancement from finite-difference time-domain (FDTD) simulations. Each folder contains a readme file that describes the data format and how the data were obtained.

To simulate the movement of the macroscopic magnetic moment in ferromagnetic systems under the influence of elevated temperatures, the stochastic version of the Landau-Lifshitz (LL) or the Landau-Lifshitz-Gilbert equation with a spin density of one per unit cell has to be used. To apply the stochastic LL to micromagnetic simulations, where the spin density per unit cell is generally higher, a conversion has to be performed. OOMMF sample files MIF) are provided which can be used to determine the Curie temperature for the classical bulk magnets, iron, nickel and cobalt.

Das Projekt dokumentiert Dialoge zwischen Sprechern aus mehrsprachigen Gemeinden in Lateinamerika. Um die Bearbeitung des Common Ground beobachten zu können, wurden kommunikative Spiele elizitiert, die in einer romanischen und einer anderen amerikanischen Sprache ausgeführt wurden. Das lexikalische Material wurde nach metrischen Kriterien ausgewählt. Unsere Elizitationstechniken, die in allen Sprachgemeinschaften die gleichen sind, stellen einen hohen Grad der Vergleichbarkeit zwischen den Sprachen sicher. Alle Gespräche wurden transkribiert und die nichtromanischen außerdem übersetzt und morphologisch glossiert. Auf diese Weise trägt das Projekt zu einer erhöhten Sichtbarkeit für wenig erforschte Sprachgemeinschaften bei.

Ziel der Berliner Datenbank frühneuzeitlicher Fremdsprachenlehrwerke (BDaFL) ist ein Überblick über die in der Frühen Neuzeit in Europa erschienenen Fremdsprachenlehrwerke. Die Zusammenstellung der Datenbank erfolgte kriteriengeleitet: Aufgenommen wurden nur mehrsprachige Sprachlehrwerke, die Deutsch als eine der behandelten Sprachen beinhalten und als einen ihrer Bestandteile Musterdialoge aufweisen. Verzeichnet sind alle uns aus der Fachliteratur und eigener Katalogrecherche bekannten Werke des 16. und 17. Jahrhunderts sowie einige Werke des 15. und frühen 18. Jahrhunderts. Die Datenbank umfasst einen großen Teil der erschienenen Fremdsprachenlehrwerke, erhebt jedoch keinen Anspruch auf Vollständigkeit.

This Web Appendix consist of three parts (A-C).

Part A includes tables that give an overview on the literature on single Solution Business-Specific Capabillities (SBSCs) and comprehensive categorizations of SBSCs and show how these relate to the capability elements that were empirically measured in the study.

Part B consists of tables that provide information on the sample characteristics and the measurement model evaluation for the Solution Business Fitness (SBF) construct.

Part C includes tables that give information on the analyses that were conducted to test the relation between SBF components and firm performance.

The Web Appendix provides additional information (Tables) to the paper "Solution Business Fitness: Measuring and Managing Across Business Logics" by Kleinaltenkamp, M., Nenonen, S., Raithel, M., & Storbacka, K. published in the Journal of Business & Industrial Marketing.

Using pulsed EPR techniques, the low temperature magnetic properties of the NO radical being confined in two different modified open C60-derived cages are determined. It is found that the smallest principal g value g3, being assigned to the axis of the radical, deviates strongly from the free electron value. This behaviour results from partial compensation of the spin and orbital contributions to the g3 value. The measured g3 values in the range of 0.7 yield information about the deviation 5 of the locking potential for the encaged NO from axial symmetry. The estimated 17 meV asymmetry is quite small compared to the situation found for the same radical in polycrystalline or amorphous matrices ranging from 300 to 500 meV. The analysis of the temperature dependence of spin relaxation times resulted in an activation temperature of about 3 K, assigned to temperature activated motion of the NO within the modified open C60 derived cages with coupled rotational and translational degrees of freedom in a complicated 3-dimensional locking potential.

In der historisch-archäologischen Forschung des Alten Orients sticht das assyrische Reich hervor, das sich ab etwa 900 v.Chr. zu dem ersten Weltreich der Geschichte entwickelte. Bekannt durch die aufsehenerregende Architektur seiner im heutigen Iraq liegenden ausgegrabenen Hauptstädte Assur, Nimrud, Chorsabad und Ninive ist die wissenschaftliche Sichtweise von diesen Zentren geprägt, während die Kenntnis über das Leben und die Verwaltung der Provinzen noch sehr bruchstückhaft ist. Angeregt durch eine Zufallsentdeckung war das Ziel des Langzeit-Forschungsprojektes „Ausgrabung in Tell Schech Hamad, Syrien“ dieses Defizit zu verringern. In Kooperation mit der Eberhardt-Karls-Universität Tübingen und dem National Museum Deir ez-Zor der syrischen Antikenverwaltung (Direction Générale des Antiquités et des Musées, DGAM) hat das Institut für Vorderasiatische Altertumskunde der Freie Universität Berlin unter der Federführung von Prof. Dr. Hartmut Kühne von 1978 bis 2010 Ausgrabungen auf dem Tell Schech Hamad (Tall Šēḫ Ḥamad) am Ost-Ufer des Unteren Chabur (Ḫābūr), dem größten Nebenfluss des Euphrats, in Ost-Syrien durchgeführt. Der Ort ist mit einer intramuralen Fläche von etwa 45 Hektar der größte altweltliche Siedlungsplatz im 150 km langen Flussabschnitt. Er liegt ungefähr 250 Kilometer westlich der assyrischen Hauptstädte. Oberflächenfunde zeigen an, dass er seit dem letzten Drittel des 4. Jahrtausends v.Chr. („Späte Uruk-Zeit“) besiedelt war. Das Forschungsinteresse galt schwerpunktmäßig der assyrischen Stadt Dur-Katlimmu (1300 – 540 v.Chr.), die 1977 durch die glückliche Bergung und anschließende Lesung von 32 Keilschrifttexten mit dem modernen Ort identifiziert werden konnte. Die nachfolgende Ausgrabung von zwei Archiven aus dem 13. und dem 7. Jahrh. v.Chr. bestehend aus Keilschrift- und aramäischen Buchstabenschrift-Dokumenten hat diese Identifikation bestätigt. In den Texten des 7. Jahrh. ist der aramäische Zweitname Magdalu für die Stadt belegt, der – leicht abgewandelt in Magdala – bis in die römische Kaiserzeit (3. Jahrh. n.Chr.) Verwendung fand. Sehr wahrscheinlich hat die Verheerung des Chabur-Tales durch den sasanidischen Königs Schapur I (240/242-270 n.Chr.) in der Mitte des 3. Jahrhunderts zu einer langsamen Aufgabe / Auflassung der Stadt geführt. Die Ausgrabung erfolgte in drei großen Abschnitten mit jeweils mindestens zwei Grabungsstellen. Der erste Grabungsabschnitt (1978, 1980-1984, 1987-1988) war der Zitadelle (dem Tall) gewidmet. Die beiden anderen Grabungsabschnitte liegen in der Unterstadt II: Der zweite in der Nordost-Ecke (1978, 1981-1990) und der dritte in dem mittleren Teil (1984-1987, 1992-2010). Die assyrische Stadt Dur-Katlimmu war eine Neugründung, die wahrscheinlich von dem mittelassyrischen König Adad-nirari I (1297-1265 v.Chr.) auf der von ihm eroberten Stadt Dur-Iggit-Lim vorgenommen wurde. Iggit-Lim war ein König der Dynastie von Chana im 14. Jahrh. v.Chr., der seinerseits dem Ort seinen Namen gegeben hatte. Wie der Ort vor dieser Namengebung hieß, ist unbekannt. Die Assyrer schliffen die repräsentativen Vorgängerbauten auf der Zitadelle und errichteten einen neuen Palast und einen Tempel. Ausgegraben wurde die Kanzlei des Palastes. Der Stadtgott von Dur-Katlimmu war der bis dato unbekannte Gott Salmanu. Da sein Name als Element im Königsnamen Salmanu-aschared erscheint, der von fünf assyrischen Königen angenommen worden ist (zwischen 1264 und 726 v.Chr.), kann der Stadt eine besondere Bedeutung im Verhältnis zum assyrischen Königshaus zugesprochen werden. Mit der östlich und südlich anliegenden Unterstadt dehnte sich das Stadtgebiet über eine Fläche von maximal 15 Hektar aus. Die erste Blütezeit der Stadt Dur-Katlimmu lag im 13. Jahrhunderts v.Chr.; über einen Zeitraum von etwa 30 Jahren war sie die zweitwichtigste Stadt des mittelassyrischen Reiches, weil ihren Protagonisten die Verwaltung, Konsolidierung und Sicherung des neu eroberten West-Reiches im Gebiet der heutigen Djezire oblag. Im 10./9. Jahrh. v.Chr. erfolgte auf einer Fläche von 30 Hektar eine Stadterweiterung um die Unterstadt II. Da die Ruinen direkt unter der Oberfläche anstanden, galt das Forschungsinteresse der Untersuchung der urbanen Struktur und Funktion der im neuassyrischen Reich als Provinzzentrum und Garnisonsstandort fungierenden Stadt Dur-Katlimmu/Magdalu. Flächengrabungen auf etwa 22.000 qm wurden durch geomagnetische Aufnahmen ergänzt. Das Ergebnis zeigt, dass nicht – wie erwartet – die Bevölkerung in der Stadterweiterung angesiedelt war, sondern die Amtsträger und Eliten. Die Bevölkerung lebte offensichtlich in den extramuralen Vorstädten und in den umliegenden Dörfern. In der zweiten Blütezeit der Stadt im 8./7. Jahrh. v.Chr. belegen die Textfunde, dass die Stadt polyglott aufgestellt war. Fünf Sprachen liegen verschriftet vor: Assyrisch, Aramäisch, Babylonisch, Phönizisch und Proto-Arabisch. Vier weltweit einmalige Keilschrifttexte haben Licht in das Dunkel geworfen, das der spektakuläre Zusammenbruch der assyrischen Reichsregierung im Jahr 612 v.Chr. hervorgebracht hat. Ungleich der assyrischen Hauptstädte überstand die Stadt das Ende dieses ersten Weltreiches schadlos. Der neue Souverän, der babylonische König, beließ die lokalen assyrischen Eliten im Amt. Sie ermöglichten die Fortsetzung der Vollbesiedelung; erst gegen Ende des spätbabylonischen Reiches schrumpfte die Stadt. In der Zeit des achämenidischen Großreiches (6.-4. Jahrh.v.Chr.) war die Unterstadt II nur noch punktuell besiedelt. Die Hauptsiedlung dehnte sich über den Bereich der Zitadelle und der Unterstadt I aus. Ab der hellenistisch/frühparthischen Zeit (3./2. Jahrh. v.Chr.) diente die Unterstadt II als Bestattungsgrund. Etwa 800 Gräber wurden ausgegraben. Das Material bietet eine einmalige Vielfalt an Informationen. Parallel zu dem DFG-geförderten Langzeit-Ausgrabungsprojekt ist im Rahmen eines von der Freien Universität Berlin geförderten interdisziplinären Projektes Grundlagenforschung zur Rekonstruktion der Paläo-Umwelt des Spätholozäns im Flussabschnitt des Unteren Habur (Ost-Syrien) geleistet worden. Die aktuell erhobenen Daten zur Flora, Fauna, Geomorphologie, Sedimentologie, Pedologie etc. wurden mit den Paläodaten aus der Ausgrabung und aus Bohrungen verglichen um ein Bild von den Umweltbedingungen und natürlichen Ressourcen im 2. und 1. Jahrtausend v.Chr. zu bekommen. Die Veröffentlichungen der Ergebnisse der Ausgrabung erfolgen in der Serie „Berichte der Ausgrabung Tall Schech Hamad“ (BATSH). Bis 2020 sind 17 Bände erschienen.