Die Funktion einer Zelle wird durch ihre synthetisierten Proteine definiert. Die Gesamtheit der so gebildeten Proteine wird als das Proteom bezeichnet. Die Information zum Aufbau der Pep-tidsequenz der Proteine ist in den messenger-RNA-Molekülen kodiert. Die Gesamtheit der mRNA-Moleküle wird als Transkriptom bezeichnet. Ziel der vorliegenden Arbeit ist die Etab-lierung einer Methode zur quantitativen Analyse ausgewählter Bestandteile des Transkriptoms einzelner Zellen und Klassifizierung von individuellen Ratteninterneurone des Hippocampus. Nach der Isolation und Separation Fluorophor-markierter Interneurone transgener Ratten per Fluoreszenz aktivierter Zellsortierung erfolgte der Zellaufschluss der Einzelzellen. Durch den Vergleich unterschiedlicher, kommerziell erhältlicher Bausätze zur RNA-Extraktion und rever-sen Transkription konnte eine Kombination zur Optimierung der RNA-Ausbeute gefunden wer-den. Die Anwendung der digitalen droplet PCR ermöglicht schließlich die quantitative Auswer-tung der zuvor isolierten mRNA-Moleküle einzelner Zellen, ohne den Einsatz bisher ungenauer Präamplifikationsschritte. Auch wenn mit der RNA-Sequenzierung mittlerweile ein Werkzeug zur umfangreichen Analyse des Transkripts zur Verfügung steht, so stellt die hier vorgestellte Methode eine kostengünstige, zeitsparende und vergleichsweise unkomplizierte Alternative dar.
A cells function is defined by its synthesized proteins. The entirety of these produced proteins is called proteome. The information to assemble the peptide chain of any protein resides within the respective messenger RNA molecule. The composition of all cellular mRNA is called tran-scriptome. The goal of this thesis is to establish a method to quantify parts of the transcriptome and to classify individual cells of rat-interneurons within the hippocampus. After isolation and separation fluorophore marked interneurons of transgene rats via the FACS-method, cells were disrupted. Comparing different kits for RNA-extraction and reverse tran-scription, a combination to obtain an optimal RNA-yield was discerned. Quantitative single cell results without any preamplification were achieved using digital droplet PCR. The method pre-sented a time saving, cost efficient and comparatively simple alternative, despite RNA-sequencing, a versatile tool for analyzing the transcriptome, being recently available.
