The modification of peptides and proteins using side-chain fluorinated amino acids is a widely used strategy to modulate their biophysical and pharmaceutical properties. Systematic investigations can provide valuable insights into the behavior of these non-canonical amino acids in natural protein environments. To this end, the research conducted in this doctoral thesis made use of two well established model systems to evaluate the impact on coiled-coil structure and stability, and proteolytic stability of single substitutions with sterically demanding and highly fluorinated amino acids. First, the incorporation of hexafluoroleucine and two trifluorovaline stereoisomers at two different positions of the hydrophobic core of a parallel heterodimeric coiled-coil model system showed that these amino acids are readily accommodated into stable dimeric α-helical bundles. Remarkably, the single substitution of leucine with hexafluoroleucine leads to a significant increase in thermal stability due to its greater hydrophobicity and efficient packing. Second, fluorinated leucine and isoleucine derivatives in some cases improve the resistance of a model peptide towards different proteases; however, fluorine’s impact cannot be generalized as destabilization was also observed for certain sequences. This might be explained by specific interactions between the fluorinated residues and the respective enzyme binding sites. Noteworthy is that trifluoroisoleucine is able to significantly protect peptides from proteolysis by all tested enzymes when positioned N-terminal to the cleavage site. Finally, studies were carried out towards developing stable, fluorinated peptide based HIV-1 fusion inhibitors. Envelope protein subunit gp41 plays a key role in host cell infection due to the formation of a six-helical bundle consisting of three N-terminal (NHR) and three C-terminal heptad repeat (CHR) sequences. By generating synthetic, judiciously fluorinated CHR-analogues bundle formation and, therefore, cell entry may be inhibited. The previously designed CHR-derived peptide C31 serves as starting point for single substitutions with difluoroethylglycine, trifluoroisoleucine or hexafluoroleucine at a position crucial for helix bundle formation. The resulting fluorinated C31 peptides indeed undergo helix bundle formation with an NHR-peptide, but the resulting complexes exhibit decreased thermal stabilities. Although binding is entropically disfavored, the large negative enthalpy enables a spontaneous binding process. Two of the fluorinated analogues exhibit even higher binding affinities to the NHR-region compared to the native, non-fluorinated parent. Moreover, a hetero-tetrameric scaffold was synthesized that enables a trimeric oligomerization of the NHR-derived segment and will be applied in surface plasmon resonance experiments for a more detailed analysis of the kinetic parameters underlying helical assembly. The results of this thesis will contribute to the rational application of fluorinated amino acids to the development of stable, peptide-based drug candidates.
Die Modifikation von Peptiden und Proteinen mit Seitenketten-fluorierten Aminosäuren ist eine weit verbreitete Strategie um biophysikalische und pharmazeutische Eigenschaften dieser anzupassen. Systematische Untersuchungen können dabei wertvolle Einsichten in das Verhalten dieser nicht-kanonischen Aminosäuren in natürlichen Proteinumgebungen liefern. Dazu werden in dieser Doktorarbeit zwei bewährte Modellsysteme genutzt, um den Einfluss einfacher Substitutionen mit sterisch anspruchsvollen und hoch-fluorierten Aminosäuren auf die coiled-coil Struktur und Stabilität sowie auf die Stabilität gegenüber Proteasen zu beurteilen. Zunächst zeigte der Einbau von Hexafluoroleucin und zwei Trifluorovalin-Diastereoisomeren an zwei verschiedenen Positionen im hydrophoben Kern eines parallelen, heterodimeren coiled-coil Modellsystems, dass diese Aminosäuren problemlos in stabilen, dimeren α-helikalen Bündeln akzeptiert werden. Die einfache Substitution von Leucin mit Hexafluoroleucin führt zu einem deutlichen Anstieg der thermischen Stabilität, bedingt durch die größere Hydrophobie und effiziente Packung. Zweitens verbessern fluorierte Leucin- und Isoleucin-Derivate in einigen Fällen die Resistenz eines Modellpeptides gegenüber verschiedenen Proteasen. Der Einfluss von Fluor kann jedoch nicht verallgemeinert werden, da ebenfalls Destabilisierungen für bestimmte Sequenzen beobachtet wurden. Dies könnte durch spezifische Wechselwirkungen zwischen den fluorierten Resten und den entsprechenden Enzymbindungstaschen erklärt werden. Bemerkenswert ist, dass Trifluoroisoleucin die Peptide gegen die Proteolyse durch alle getesteten Enzyme deutlich schützen kann, wenn es N-terminal zur Spaltstelle positioniert wird. Schließlich wurden Studien zur Entwicklung stabiler, fluorierter, peptid-basierter HIV-1 Fusionsinhibitoren durchgeführt. Die Hüllproteinuntereinheit gp41 spielt eine Schlüsselrolle in der Infektion der Wirtszelle durch die Ausbildung eines Sechs-Helix-Bündels, welches aus drei N-terminalen (NHR) und drei C-terminalen Heptad Repeat (CHR) Sequenzen besteht. Mit der Erzeugung von synthetischen, fluorierten CHR-Analoga kann die Bündelbildung und damit der Zelleintritt verhindert werden. Das zuvor konzipierte, aus CHR-abgeleitete Peptid C31 dient hier als Startpunkt für rationale Substitutionen mit Difluoroethylglycin, Trifluoroisoleucin oder Hexafluoroleucin an einer Position, die wichtig für die helikale Bündelbildung ist. In der Tat bilden die daraus resultierenden fluorierten C31 Peptide helikale Bündel mit einem NHR-Peptid aus, allerdings zeigten die entstandenen Komplexe eine verringerte thermische Stabilität. Obwohl die Bindung entropisch nicht begünstigt ist, ermöglicht die hohe negative Enthalpie einen spontanen Bindungsprozess. Zwei der fluorierten Analoga weisen sogar eine höhere Bindungsaffinität zur NHR-Region im Vergleich zum nativen, nicht fluorierten System auf. Zudem wurde ein hetero-tetrameres Gerüst synthetisiert, welches eine trimere Oligomerisierung des NHR-Segmentes ermöglicht und für eine genauere Analyse der kinetischen Parameter der Helixbildung mittels Oberflächenplasmonenresonanzspektroskopie genutzt werden soll. Die Ergebnisse dieser Arbeit tragen so zu einer rationalen Anwendung fluorierter Aminosäuren bei der Entwicklung stabiler, peptid-basierter Wirkstoffkandidaten bei.
