dc.contributor.author
Ran, Qidi
dc.date.accessioned
2018-06-12T08:35:32Z
dc.date.available
2018-06-12T08:35:32Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/22177
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-16
dc.description.abstract
Here we investigate the interaction between proteins and dendritic
polyglycerol sulfate by calorimetry. The thermodynamic parameters of the
complexation were measured to reveal the driving forces by varying
temperature, ionic strength, and polymer size. Firstly, the binding enthalpy
and entropy between human serum albumin and dPGS changed drastically with
temperature without evident disturbance of the secondary structure. ITC
experiments and MD simulations with implicit water agreed on the binding
affinity, which demonstrated that the binding was totally governed by
electrostatics, mainly, counterion-release. Thus the binding affinity was
stable with temperature accompanied by strong enthalpy-entropy compensation.
Secondly, lysozyme with positive net charge showed high binding affinity to
dPGS at low salt concentration. The binding number increased with the polymer
size, whereas the binding affinity showed only a weak dependence due to
similar effective charge densities of different dPGS renormalized by
counterion condensation. Here again the binding was driven by electrostatics,
mainly by counterion-release and the number of released ions determined by the
interface at the protein binding site increased very slightly with the polymer
size. The number of released counterions was temperature-independent, thus the
corresponding entropy gain increased slightly with temperature. The binding
enthalpy was found largely different from the calorimetric enthalpy due to
linked equilibria, i.e. buffer ionization and protein protonation, which
contributed to the observed overall enthalpy and heat capacity change.
de
dc.description.abstract
In dieser Arbeit wurde die Interaktion zwischen Proteinen und dendritischem
poly glycerinsulfat mittels Kalorimetrie untersucht. Die thermodynamischen
Eigenschaften der Bindungskomplexe wurden durch Variation der Temperatur,
Ionenstärke und Polymergröße bestimmt, um die Triebkräfte zu identifizieren.
Dabei ändern sich zunächst Bindungsenthalpie und -entropie von dPGS zu
Humanalbumin sehr stark mit der Temperatur ohne sichtbare Störung der
Sekundärstruktur. Die mittels ITC bestimmte freie Bindungsenergie stimmt
hierbei mit der durch MD Simulation unter Einbezug von Wasser ermittelten
öberein. Dies zeigt, dass die Bindung von elektrostatischen Effekten,
hauptsächlich von der Freisetzung von Gegenionen, bestimmt wird. Folglich ist
die freie Bindungsenergie gegen die Temperatur konstant, begleitet von starken
Enthalpie-Entropie Kompensation. Des Weiteren zeigt Lysozym mit positiver
Nettoladung eine hohe Bindungsaffinität zu dPGS bei niedrigen
Salzkonzentrationen. Die Koordinationszahl steigt mit der Polymergröße,
während die freie Bindungsenergie nur eine schwache Abhängigkeit zeigt. Grund
hierfür ist die Kondensation der Gegenionen auf den dPGS-Molekülen, die zu
eine vergleichbaren Oberflächenladungsdichte bei allen Generationen führt.
Auch hier wurde die Bindung durch Elektrostatik dominiert, hauptsächlich durch
Freisetzung von Gegenionen und weil die Anzahl freigesetzter Ionen, die durch
die Grenzfläche an der Bindungsstelle des Proteins bestimmt wird, sich mit der
Polymergröße leicht erhöht. Die Anzahl freigesetzter Gegenionen ist nicht
temperaturabhängig, wodurch sich der zugehörige Entropiegewinn mit der
Temperatur leicht erhöht. Wegen der gekoppelten Gleichgewichte, d.h. wegen der
Ionisierung des Puffers und der Protonierung des Proteins, welche zur
beobachteten Gesamtenthalpie und zur Änderung der Wärmekapazität beitragen,
weicht die Bindungsenthalpie stark von der kalorimetrischen Enthalpie ab.
de
dc.format.extent
vi, 149 Seiten
de
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
de
dc.subject
thermodynamics
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik
dc.title
Thermodynamic study of dendritic polyglycerol sulfate interacting with proteins
de
dc.contributor.gender
female
de
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. Rainer Haag
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Matthias Ballauff
dc.date.accepted
2018-05-31
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-refubium-22177-8
dc.title.translated
Thermodynamische Untersuchung von dendritischem Polyglycerolsulfat in
Interaktion mit Proteinen
de
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000107356
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access