dc.contributor.author
Arnold, Alexander
dc.date.accessioned
2018-06-08T01:43:37Z
dc.date.available
2016-08-26T10:34:31.924Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/13785
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-17983
dc.description.abstract
Um Gemeinsamkeiten und Unterschiede zwischen intrahepatischen (IH-CCC) und
extrahepatischen (EH-CCC) Cholangiokarzinomen zu untersuchen, wurden 24
Formalin-fixierte (13 IH-CCC, 11 EH-CCC) Tumorproben hinsichtlich genomweiter
Copy Number Variations (CNVs) mit Hilfe der hochauflösenden Molecular
Inversion Probe Single Nucleotide Polymorphism (MIP SNP) Technologie
analysiert. In beiden Tumorsubtypen wurden die häufigsten DNA Verluste auf
Chromosom 1p, 3p, 6q und 9 detektiert, während die DNA Gewinne auf Chromosom
1q, 8q und den kompletten Chromosomen 17 und 20 lokalisiert waren. Mit Hilfe
des statistischen Algorithmus GISTIC (Genomic Identification of Significant
Targets In Cancer) konnten innerhalb dieser Regionen mit chromosomaler
Instabilität mögliche neue Tumorsuppressor- (DBC1, FHIT, PPP2R2A) und Onkogene
(LYN, FGF19, GRB7, PTPN1) identifiziert werden. Neben den gemeinsamen Copy
Number Aberrationen in IH-CCC und EH-CCC wurden signifikante Unterschiede
bezüglich der DNA-Kopienzahl zwischen den Tumorsubtypen auf Chromosom 3 und 14
gefunden. Des Weiteren wurden im vorliegenden Tumorkollektiv Mutationen in den
Isocitrate dehydrogenase (IDH-1 und IDH-2) Genen häufiger in IH-CCC als in EH-
CCC detektiert, sodass ein unterschiedliches subtypenspezifisches
molekularpathologisches Profil der Tumorsubtypen angenommen werden kann.
Zusammenfassend konnten mit Hilfe der Molecular Inversion Probe Single
Nucleotide Polymorphism (MIP SNP) Technologie innerhalb signifikanter Copy
Number Aberrationen neue potentielle Zielgene in Cholangiokarzinomen
identifiziert werden. Durch diese Methode wird die Perspektive einer
zukünftigen schnellen, in der Routine einsetzbaren Bestimmung von DNA Copy
Number Status und Markergen-Identifizierung zur individualisierten, Marker-
basierten Therapie eröffnet.
de
dc.description.abstract
In order to study molecular similarities and differences of intrahepatic (IH-
CCA) and extrahepatic (EH-CCA) cholangiocarcinoma, 24 FFPE tumor samples (13
IH-CCA, 11 EH-CCA) were analyzed for whole genome copy number variations
(CNVs) using a new high-density Molecular Inversion Probe Single Nucleotide
Polymorphism (MIP SNP) assay. For both tumor subtypes, the most frequent
losses were detected on chromosome 1p, 3p, 6q and 9 while gains were mostly
seen in 1q, 8q as well as complete chromosome 17 and 20. Applying the
statistical GISTIC (Genomic Identification of Significant Targets In Cancer)
tool we identified potential novel candidate tumor suppressor- (DBC1, FHIT,
PPP2R2A) and oncogenes (LYN, FGF19, GRB7, PTPN1) within these regions of
chromosomal instability. Next to shared aberrations in IH-CCA and EH-CCA, we
additionally found significant differences in copy number variations on
chromosome 3 and 14. Moreover, due to the fact that mutations in the
Isocitrate dehydrogenase (IDH-1 and IDH-2) genes are more frequent in our IH-
CCA than in our EH-CCA samples, we suggest that the tumor subtypes have a
different molecular profile. In conclusion, new possible target genes within
regions of high significant copy number aberrations were detected using a
high-density Molecular Inversion Probe Single Nucleotide Polymorphism (MIP
SNP) assay, which opens a future perspective of fast routine copy number and
marker gene identification for gene targeted therapy.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
cholangiocarcinoma
dc.subject
molecular inversion probe
dc.subject
copy number variation
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::610 Medizin und Gesundheit
dc.title
Genomweite molekulargenetische Untersuchung von DNA Copy Number Variations
(CNVs) in cholangiozellulären Karzinomen
dc.contributor.contact
alexander.arnold@charite.de
dc.contributor.firstReferee
N.N.
dc.contributor.furtherReferee
N.N.
dc.date.accepted
2016-09-09
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000102351-2
dc.title.translated
Genome wide DNA copy number analysis in cholangiocarcinoma using high
resolution molecular inversion probe single nucleotide polymorphism assay
en
refubium.affiliation
Charité - Universitätsmedizin Berlin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000102351
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000019398
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access