dc.contributor.author
Müller, Matthias
dc.date.accessioned
2018-06-08T00:51:23Z
dc.date.available
2016-07-15T09:18:36.562Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/12570
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-16768
dc.description
Abstract VII Kapitel 1 Einleitung 1 1.1 Die Entstehung von Metastasen aus
Primärtumoren 1 1.1.1 Primärtumoren 1 1.1.2 Die Invasions-Metastasierungs-
Kaskade 2 1.1.3 Epitheliale-mesenchymale-Transition und Tumormikroumgebung 2
1.1.4 Die invasive Signatur 4 1.2 Das Aktin-Zytoskelett in der Migration 5
1.2.1 Aktinsynthese 7 1.2.1.1 Nukleation 8 1.2.1.2 Elongation 11 1.2.2 Ena
/VASP-Proteine als zentraler Angelpunkt in der Aktingerüst-reorganisation und
Migration. - Aufbau und Funktion 12 1.2.2.1 Ena/VASP-Proteine in der fokalen
Adhäsion 16 1.2.2.2 Ena/VASP-Proteine in den Scheinfüßchen und Invadopodien 17
1.3 Therapie der Metastasierung am Beispiel des Mammakarzinoms 19 1.4 Die Ena
/VASP-EVH1-Domäne und die Inhibierung der von ihr adressierten Protein-
Protein-Interaktionen 23 1.5 Zielsetzung 26 Kapitel 2 Material und Methoden 29
2.1 Material 29 2.1.1 Chemikalien 29 2.1.2 Lösungen, Puffer und Medien 29
2.1.3 Enzyme 30 2.1.4 Reaktionschemikaliensätze 30 2.1.5 Vektoren 30 2.1.6
Oligonukleotide 31 2.1.7 DNA-Konstrukte 31 2.1.8 Organismen 32 2.1.9
Antikörper und Zellfarbstoffe 33 2.1.10 Inhibitoren 34 2.1.11 Peptide 34
2.1.12 Isotope 34 2.1.13 Geräte 34 2.1.14 Verbrauchsmaterialien 38 2.1.15
Wissenschaftliche Software und Datenbanken 38 2.2 Molekularbiologische
Methoden 40 2.2.1 Klonierung von EnaH- und EVL- EVH1 40 2.2.1.1 Amplifizierung
der EVH1 aus einer cDNA-Bibliothek mittels PCR 40 2.2.1.2
Restriktionsendonuklease-Verdau 40 2.2.1.3 Ligation 41 2.2.2 Transformation
von E. coli 41 2.2.3 Plasmid-DNA-Extraktion 41 2.2.4 DNA-Sequenzierung 42
2.2.5 Konzentrationsbestimmung von DNA 42 2.2.6 Agarosegelelektrophorese 42
2.2.7 Herstellung elektrokompetenter E. coli 43 2.2.8 Bakterienkultivierung 43
2.3 Biochemische Methoden 44 2.3.1 Expression und Aufreinigung 44 2.3.1.1
Expression 44 2.3.1.2 Lyse der Bakterien 44 2.3.1.3
Affinitätschomatographische Aufreinigung 45 2.3.1.4 Abspalten des Markers GST
mittels Thrombin 45 2.3.1.5 Aufkonzentrieren von Proteinen 45 2.3.1.6
Größenausschlusschromatographie 46 2.3.2 Auftauen und Konzentrationsbestimmung
von Proteinen 46 2.3.3 SDS-Polyacrylamidgelelektrophorese (SDS-PAGE) 46
2.3.3.1 Fixierung, Färbung, Aufnahme 47 2.3.4 Pulldown-Versuche 48 2.3.5
Western Blot 49 2.3.6 Tryptischer Verdau und 18O-Markierung von Proteinen 50
2.3.7 Peptid-Spot-Arrays 51 2.3.8 HPLC-Analyse von NBD-markierten Verbindungen
in Zellen 52 2.4 Biophysikalische Methoden 54 2.4.1 Bestimmung von
Bindungskonstanten mittels ITC 54 2.4.2 18O-Quantifizierung mittels
Massenspektrometrie 54 2.5 Zellbiologische Methoden 56 2.5.1 Kultivierung von
eukaryotischen Zelllinien 56 2.5.2 Vitalitätsassay 56 2.5.3 Adhäsionsassay 56
2.5.4 Immunofluoreszenzanfärbung und Zellmembranpermeabili-tätsassay 57 2.5.5
Untersuchung der Zellgröße 58 2.5.6 Invasionsassay 58 2.5.7
Echtzeitbeobachtung der Migration 59 2.5.8 Mikroskopeinstellungen bei den
zellbiologischen Methoden 59 Kapitel 3 Ergebnisse 61 3.1 Proteinpräparation 61
3.2 Auswahl geeigneter Zelllinien 64 3.3 In vitro-Verdrängung bekannter
Zielproteine der Ena/VASP-EVH1-Domäne mittels der neuartigen Inhibitoren 66
3.4 Proteomweite Untersuchung des Interaktionsmusters der Ena/ VASP-EVH1
Domänen mittels 18O-Massenspektrometrie und unter Verwendung der neuartigen
Inhibitoren 67 3.5 Zellgängigkeit der verwendeten Inhibitoren, deren intra-
zelluläre Stabilität und Vitalität der verwendeten Zelllinien: Voraussetzung
für Studien in cellulo 70 3.6 in vitro-ADME-Parameter der neuen
EVH1-Inhibitoren: Plasmastabilität, Plasmaproteinbindung, metabolische
Caco-2-Permeation und Stabilität in Lebermikrosomen 73 3.7 Interferenz der
Protein-Protein-Wechselwirkung der Ena/ VASP-Proteine mit ihren Zielproteinen
durch die neu-artigen Inhibitoren in cellulo 78 3.8 Charakterisierung
phänotypischer Veränderungen der unter-suchten Zelllinien durch die Inkubation
mit den zellgängigen Inhibitoren der Ena/VASP-EVH1-Domäne 83 3.8.1 Zell-Zell-
Kontakte und das cortikale Aktin-netzwerk 83 3.8.2 Der Einfluss der Ena/VASP-
Proteine auf Stress-fasern von HCT-116 84 3.8.3 Veränderung der beobachteten
Zellfläche unter Einfluss der zellgängigen Inhibitoren 85 3.9 Einfluss der
Inhibitoren der Ena/VASP-EVH1-Domäne auf die Beweglichkeit der migrierenden
Zelllinie MDA-MB-231 87 3.10 Die neuartigen Inhibitoren der Ena/VASP-
EVH1-Domäne als chemical tool: Validierung neuer Interaktionspartner 92 3.10.1
Epitopkartierung 92 3.10.2 Bestimmung von Bindungskonstanten 93 Kapitel 4
Diskussion 97 4.1 EVH1-Bindungspartner: Charakterisierung und Kompetition mit
den neuen EVH1-Inhibitoren in vitro und in cellulo 97 4.2 Phänotypische
Veränderungen von EVH1-Inhibitor-inkubie-renden Zellen 100 4.3 Ena/VASP-
Proteine als zentraler Knotenpunkt in der Migration 103 4.4 Pharmakologische
Parameter der EVH1-Inhibitoren 107 4.5 Fazit 109 Zusammenfassung 111
Danksagung 113 Anhang I Publikationen 115 II Abbildungsverzeichnis 116 III
Tabellenverzeichnis 117 IV Abkürzungsverzeichnis 118 V Literaturverzeichnis
121
dc.description.abstract
Ein Kennzeichen der neoplastischen Erkrankung Krebs ist die Fähigkeit
Metastasen auszubilden. Hierbei erfahren Zellen des Primärtumors eine Änderung
in ihrem entwicklungsregulatorischen Programm. Eine bestimmte genetische
Signatur dieser Änderung namens EMT beinhaltet das Hochregulieren von
Proteinen, welche die Aktin-Zytoskelett-Modulierung regulieren und der Zelle
damit die Fähigkeit geben zu migrieren. Eine zentrale Rolle spielt bei diesen
Proteinen die Ena/VASP-Familie. Es handelt sich hierbei um Proteine, welche
die Aktinfilamentsynthese regulieren. Über ihre EVH1-Domäne werden sie in
bestimmte Bereiche der Zelle wie Lamellipodien, Filopodien, Invadopodien und
fokale Adhäsionskontakte lokalisiert, wo sie ihren Wirkungsort haben. Eben
diese Bereiche sind so essentiell für die Migration. EVH1-Domänen stellen
daher ein interessantes Ziel für die Entwicklung von Inhibitoren dar. Bisher
ist es jedoch noch nicht gelungen, geeignete Inhibitoren zu finden. In dieser
Arbeit soll ein neuer Ansatz zur Entwicklung von EVH1-Inhibitoren vorgestellt
werden. Es handelt sich hierbei um neue chemische Entitäten. Zwei Proline sind
hier über eine Vinyliden-Brücke in ihrer Sekundärstruktur der Polyprolin-II-
Helix, dem Erkennungsmotiv der EVH1-Domänen, fixiert. Das flankierende Epitop
dieses Motivs konnte gegen die unnatürliche Aminosäure 2-Chlor-Phanylalanin
ersetzt werden. In Pulldown-Versuchen konnten die so erhaltenen neuen
Inhibitoren die natürlichen Bindungspartner Zyxin und RAPH1 von den
EVH1-Domänen verdrängen. In einem proteomweiten Ansatz dieses Versuches mit
angeschlossener MS-Analyse konnten neben den bekannten EVH1-Interakteuren auch
WAVE2 und die Formine DIAPH1 und INF2 als Partner identifiziert werden, die
mit den Inhibitoren von den Domänen verdrängbar sind. Im Falle von WAVE2
konnte eine Epitopkartierung eine Peptidsequenz identifizieren, welche direkt
mit EVH1 interagiert, was mittels ICT validiert wurde. In Zellexperimenten
wurde eine Zellmembran-permeabilität erreicht, indem die negative Ladung des
freien C-Terminus der peptidoiden Verbindungen mit einem Ethylester maskiert
wurde. HPLC-Untersuchungen der Lysate von Zellen, welche den Inhibitor
inkubierten, zeigten einen zeitabhängigen Abbau der Inhibitoren hin zur
entesterten Form. Immunofluoreszenzaufnahmen von invasiven Krebszellen wiesen
signifikante Veränderungen in der Lokalisierung von Ena/VASP auf. Durch die
Inhibitoren konnte das Ena/VASP-Mitglied VASP aus den Lamellipodien und
fokalen Adhäsionspunken delokalisiert werden, während die jeweiligen
Bindungspartner in diesen Regionen keine Veränderung in ihrer Lokalisation
erfuhren. Phänotypische Effekte der Inhibitoren sind die verminderte Anzahl
von Stressfasern, eine verringerte Zellgröße sowie die Inhibition der Invasion
im Boyden-Kammer-Versuch um bis zu 80%. Echtzeitbeobachtungen der migrierenden
Zellen entlang eines Lockstoffgradienten zeigten, dass sowohl die Fähigkeit
Chemotaxis zu betreiben, wie auch die Migration selbst durch die
EVH1-Inhibitoren zum Erliegen kommen. Die Inhibition der Chemotaxis ist dabei
vergleichbar mit dem Effekt eines PI3K-Inhibitors, welcher weiter oben in der
Signalkaskade der Regulation der Lamellipodien wirkt. Die Migration selbst
konnte genauso inhibiert werden wie durch einen Inhibitor der FAK, welcher die
fokalen Adhäsionspunkte in ihrer Reifung behindert und ebenfalls weiter oben
in der dazugehörigen Signaltransduktionskaskade wirkt. Bei den Ena/VASP-
Proteinen handelt es sich um Proteine, die als letzte Stufe in der
Aktinsynthese und Regulation der Migration und Invasion agieren. Der Vorteil
der EVH1-Inhibitoren gegenüber allen anderen derzeit in der Krebsmedikation
zugelassenen Medikationen und den PI3K- sowie FAK-Inhibitoren ist die Stellung
der Ena/VASP-Proteine in den behandelten Signalkaskaden. Sie befinden sich am
zusammenlaufenden Ende der einzelnen Kaskaden und sind somit weder durch
andere Signalwege noch durch ausweichende Wege in den Kaskaden selbst
umgehbar. Eventuell erwartete Effekte auf die Ausbildung von Zell-Zell-
Kontakten konnten ausgeschlossen werden. Ebenso wurden die Inhibitoren
hinsichtlich ihrer Toxizität untersucht, was zum Ergebnis hatte, dass
keinerlei toxische Effekte zu beobachten waren. Diese Arbeit kommt zu dem
Schluss, dass EVH1-Domänen der Ena/VASP-Proteine geeignete Ziele zur
Entwicklung von Migrations- und Invasions-Inhibitoren sind.
de
dc.description.abstract
A hallmark of cancer is the ability to form metastases. Cells of a primary
tumor undergo a developmental regulatory program called epithelial-mesenchymal
transition (EMT) which leads to a specific signature of gene expression. This
involves the upregulation of actin remodeling proteins and results in a
migration state of cancer cells. Pivotal in this process are the Ena/VASP
family proteins involved in regulation of actin polymerisation. They localise
to regions of lamellipodia, filopodia, invadopodia and focal adhesions where
they influence actin dynamics and thus migration. Since the localisation of
Ena/VASP to certain regions in the cell is dependent on their EVH1 domains,
these structures are favourable targets in drug discovery. Until now, no
suitable inhibitors could be found to interfere with EVH1 interactions. This
work presents a new strategy of EVH1 inhibitor design. New proline mimetics
(ProM’s) have been designed in which two consecutive prolines are linked by a
vinylidene bridge thus forcing the three-dimensional structure to adopt a poly
proline II helix which is recognised by EVH1 domains. Molecules containing
these structures abolish EVH1 interactions to natural binding partners. The
aim of this work was the investigation of molecules that interfere with EVH1
interactions as well as the identification of new EVH1 interactors using
pulldown techniques. Their cell membrane permeability and toxicity were
examined in a cellular context. The influence of these molecules on Ena/VASP
localisation within the cell and their effects on the resulting behaviour in
migration and invasion of metastasizing cancer cells was analysed. The cell
invasion of a breast cancer cell line was reduced by up to 80% using
EVH1-inhibitors. This has a great potential in the development of new drugs in
cancer treatment.
en
dc.format.extent
VIII, 140 Seiten
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
actin dynamics
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::572 Biochemie
dc.title
Charakterisierung und Validierung von Ena/Vasodilatator stimulierendes
Phosphoprotein (VASP) Homologie 1 (EVH1)-Domänen-Inhibitoren
dc.contributor.firstReferee
Dr. Ronald Kühne
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Christian Freund
dc.date.accepted
2016-06-21
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000102493-0
dc.title.translated
Characterisation and validation of Ena/Vasodilator-stimulated phosphoprotein
(VASP) homology 1 (EVH1) domain inhibitors
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000102493
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