Genexpression in primär kutanen B-Zell-Lymphomen mittels custom-made Microarrays

Abstract

In der vorliegenden Arbeit wurden die Genexpressionsmuster von zehn Patienten mit primär kutanen B-Zell-Lymphomen untersucht. Zu diesem Zweck wurde die Methode des cDNA-Labeling in der Arbeitsgruppe etabliert. Fünfzig Gene, deren Funktion bei systemischen Lymphomen bekannt war, bzw. postuliert wurde, wurden isoliert und aus diesen ein sogenanntes „custom-made“ Microarray angefertigt. Aus kryokonservierten Biopsien der Patienten wurde RNA gewonnen und diese nach Umschreiben in cDNA fluoreszenzmarkiert. Ebenso wurde mit RNA aus den Lymphozyten eines gesunden Spenders verfahren. Die markierten Proben wurden nach Inkubation auf dem Array bezüglich ihrer Expressionsmuster verglichen und im Vergleich als Über- oder Unterexpression bewertet. Aufgrund der geringen Fallzahl konnten keine Unterschiede in den einzelnen Entitäten der PCBCL gefunden werden, jedoch zeigten sich einzelne Gene als Kandidaten für weitere Untersuchungen, die an Signalprozessen der Zelle, der Angiogenese oder der Tumorsuppression beteiligt sind. Durch weitere Experimente mit spezialisierten Microarrays bzw. vergleichbaren Methoden wie RT-PCR werden die dargestellten Kandidatengene in ihrer Funktion und Interaktion im Zusammmenhang mit der Genese primär kutaner Lymphome überprüft werden müssen. Die dargestellte Verfahrensweise ist für primär kutane Lymphome noch nicht beschrieben und stellt ein mögliches Screeningverfahren für die Genexpression dieser Tumoren dar, insbesondere wenn weitere in der Lymphomgenese beteiligten Gene bekannt werden. Weitere Einsatzmöglichkeiten stellt neben der Therapiekontrolle die Möglichkeit der weiteren Forschung bezüglich neuer an der der Entstehung von Lymphomen beteiligter Gene und deren unterschiedliche Expression in den unterschiedlichen Entitäten und im Vergleich mit systemischen Lymphomen dar.

The intention of these investigations were to evaluate the gene expression profiles of ten patients with primary cutaneous B-Cell-Lymphoma. The method of cDNA-labeling needed to be established for our experiments. Fifty genes, with known or postulated functions in systemic lymphoma were isolated, and spotted to a “custom-made” microarray. RNAs were isolated from frozen tissues, converted to cDNA and labeled with fluorescent dyes. RNA from lymphocytes of a healthy donor was treated as well. The specimens were evaluated in regard to their gene expression profiles and to their levels of over- and underexpression. Because of the small number of specimens no differences could be found in the individual entities of PCBCL, but a number of genes proved to be worthy of further investigations because of their functions in signal processing, angiogenesis and tumor-suppression. Further investigations with more specialized microarrays or similiar methods like real-time pcr have to follow to evaluate their functions in regard of oncogenesis of primary cutaneous lymphoma. The described method shows a possible screening method for the gene expression profiles of PCBCL, especially when new genes of lymphogenesis will be found. Therapy management and control, gene expression profiles in different entities of primary cutaneous lymphoma and in contrast to systemic lymphoma are other possible applications.