dc.contributor.author
Motazacker, Mohammad Mahdi
dc.date.accessioned
2018-06-07T21:57:07Z
dc.date.available
2008-09-15T06:46:48.412Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/8665
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-12864
dc.description
1\. INTRODUCTION 1 1.1. Mental retardation 1 1.2. X-linked mental retardation
(XLMR) 2 1.3. Autosomal forms of mental retardation 5 1.4. Kainate receptors
(KARs), a subset of ionotropic glutamate receptors 7 1.5. KAR synaptic
localization and function 11 1.6. KAR interaction partners 14 1.7. KAR
trafficking 15 1.8. Pathophysiological roles of KARs 17 1.9. Aim of the study
20 2\. PATIENTS, MATERIALS AND METHODS 21 2.1. Patients 21 2.2. Materials 22
2.2.1. General reagents 22 2.2.2. Buffers and Media 24 2.2.3. Instruments 26
2.2.4. Consumables (Disposable materials) 27 2.2.5. Kits and markers 28 2.2.6.
Plasmids 30 2.2.7. Antibodies 30 2.2.8. Enzymes 30 2.2.9. Software 31 2.2.10.
Bioinformatic databases and web-based tools 32 2.3. Methods 33 2.3.1. Linkage
analysis methods 33 2.3.1.1. Pitfalls of linkage analysis 37 2.3.1.2. Whole
genome SNP typing 37 2.3.1.3. Data conversion 40 2.3.1.4. Examination of
pedigree data for consistency with genotypes 40 2.3.1.5. Data formatting for
linkage analysis 42 2.3.1.6. Parametric and non-parametric linkage analysis 43
2.3.1.7. Graphical haplotype reconstruction 43 2.3.2. Nucleic acid methods 44
2.3.2.1. DNA isolation from immortalized lymphoblastoid cells 44 2.3.2.2. RNA
extraction from lymphoblastoid cell lines 44 2.3.2.3. cDNA synthesis 45
2.3.2.4. Polymerase Chain Reaction (PCR) 46 2.3.2.5. Agarose gel
electrophoresis 47 2.3.2.6. Sequencing 47 2.3.2.7. Northern blot analysis 48
2.3.2.8. Inverse PCR 52 2.3.2.9. Southern Blot analysis 54 2.3.2.10. Cloning
of wild type GRIK2 and GRIK2 without exons 7 and 8 56 2.3.2.11. Chemical
transformation 58 2.3.2.12. Transfection 58 2.3.3. Protein methods 60 2.3.3.1.
Western blot analysis 60 2.3.3.2. Cell surface biotinylation assay 63 2.3.3.3.
Immunocytochemistry 63 3\. RESULTS 65 3.1. Linkage analysis 65 3.1.1.
Relationship evaluation based on genotype data 65 3.1.2. Linkage results 67
3.1.3. New Mental retardation (MRT) loci 78 3.2. Mutation screening in MRT
loci 87 3.3. Genomic deletion in the GRIK2 gene 88 3.3.1. Functional
characterization of the gene product of GRIK2, lacking exons 7 and 8 (GLUR6Δ)
90 3.3.2. Further characterization of the genomic GRIK2 mutation by Southern
blot and I-PCR experiments 93 3.3.3. The GRIK2 deletion is not a common
polymorphism 99 3.3.4. GRIK2 expression in lymphoblastoid cell lines of
patients 100 4\. DISCUSSION 102 4.1. Homozygosity mapping in 48 families with
NS-ARMR 102 4.2. The first GRIK2 mutation in a family with NSARMR 105 4.3.
Impairment of GLUR6 channel function as cause of MR 107 4.4. Additional GLUR6
functions that might be involved in the aetiology of MR 112 4.5. Role of GLUR6
in synapse formation and structure 115 5\. ACKNOWLEDGEMENTS 117 6\. REFERENCES
119 7\. SUPPLEMENTARY DATA 135 8\. SUMMARY 154 9\. ZUSAMMENFASSUNG 155
dc.description.abstract
Non-syndromic mental retardation is still one of the most important and
largely unresolved problems in genetic health care. Autosomal forms are far
more common than X-linked ones, but in contrast to the latter, they are still
largely unexplored. In this study, homozygosity mapping in 48 consanguineous
Iranian families with nonsyndromic autosomal recessive mental retardation (NS-
ARMR) made it possible to determine the chromosomal localization of at least 5
novel mental retardation loci (MRT4-8) for this condition. The data suggest
that in the Iranian population NS-ARMR is very heterogeneous, and they argue
against the existence of frequent gene defects that account for more than a
few percent of the cases. Furthermore, this thesis describes a complex
mutation in the ionotropic glutamate receptor 6 gene (GRIK2, GLUR6; [MIM
138244]) at the MRT6 locus, which cosegregates with mild to severe NS-ARMR in
a large consanguineous Iranian family. The predicted gene product lacks the
first ligand binding domain, the adjacent transmembrane domain and the
putative pore-loop, suggesting a complete loss of function of the GLUR6
protein, which is supported by electrophysiological data. This finding
provides the first proof that GLUR6 is indispensable for higher brain
functions in man. It can be expected that future studies of this and other
ionotropic kainate receptors will yield valuable contributions to
understanding the pathophysiology of mental retardation, but also shed light
on human brain function in general.
de
dc.description.abstract
Unspezifische geistige Behinderung ist eine der nach wie vor wichtigsten und
weitgehend ungelösten Herausforderungen für das Gesundheitswesen einer
Gesellschaft. Autosomal vererbte Formen sind dabei häufiger als X-chromosomal
vererbte Formen, aber im Gegensatz zu letzeren sind erstere noch nahezu
unerforscht. In der vorliegenden Studie wurde Homozygotiekartierung in 48
konsanguinen iranischen Familien mit unspezifischer autosomal rezessiv
vererbter mentaler Retardierung (NS-ARMR) durchgeführt, was die
Identifizierung von fünf neuen Loci (MRT4-8) für diese Behinderung
ermöglichte. Die Daten legen nahe, dass NS-ARMR in der iranischen Bevölkerung
sehr heterogen ist und stellen damit die Existenz von häufigen ursächlichen
Gendefekten die in mehr als einem geringen Prozentsatz der NS-ARMR Fälle
auftreten in Frage. Darüber hinaus wird über eine komplexe Mutation im GRIK2
(GLUR6; [MIM 138244]) Gen berichtet. GRIK2 kodiert für den ionotropen
Glutamatrezeptor 6 und liegt im MRT6 Locus, welcher in einer großen iranischen
Familie mit leichter bis mittelschwerer geistiger Behinderung kosegregiert.
Dem theoretisch zu erwartenden Produkt des defekten Gens fehlen die erste
Ligandenbindungsdomäne, der daran anschließende membranständige Teil, sowie
die mutmaßlich an der Porenbildung beteiligte Molekülschleife. Dies legt einen
vollständigen Funktionsverlust des Proteins nahe, was durch die Ergebnisse
elektrophysiologischer Experimente im Rahmen der vorliegenden Arbeit
unterstützt wird. Damit liefert diese Arbeit einen ersten Beweis dafür, dass
dem Glutamatrezeptor 6 eine fundamentale Bedeutung für höhere Hirnfunktionen
des Menschen zukommt. Es ist zu erwarten, dass weitergehende Untersuchungen
dieses und anderer ionotroper Kainatrezeptoren in der Zukunft neue wertvolle
Beiträge zum besseren Verständnis der Pathophysiologie geistiger Behinderung,
aber auch der Funktion des menschlichen Gehirns im Allgemeinen liefern werden.
de
dc.format.extent
III, III, 155 S.
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Linkage Analysis
dc.subject
Autosomal Recessive Mental Retardation
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::572 Biochemie
dc.title
Identification of novel genetic loci for non-syndromic autosomal recessive
mental retardation and molecular genetic characterization of a causative GRIK2
mutation
dc.contributor.contact
motazacker@yahoo.com
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. Hans Hilger Ropers
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Gerd Multhaup
dc.date.accepted
2008-09-23
dc.date.embargoEnd
2008-09-23
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000005264-2
dc.title.translated
Identifikation von neuen genetischen Loci für nicht-syndromische autosomal
rezessive geistige Retardierung und die molekular-genetische Charakterisierung
einer ursächlichen GRIK2 Mutation.
de
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000005264
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000004382
dcterms.accessRights.dnb
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dcterms.accessRights.openaire
open access