dc.contributor.author
Schmidt-Gönner, Tobias
dc.date.accessioned
2018-06-07T21:23:59Z
dc.date.available
2010-06-01T11:43:56.225Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/7844
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-12043
dc.description.abstract
Im Rahmen dieser Arbeit wurde das nicht sequenziell arbeitende
Proteinstrukturalignmentprogramm GANGSTA vorgestellt und auch sein Nachfolger
GANGSTA+ diskutiert. Es wurde gezeigt das beide Programme, trotz des größeren
Suchraums, der für nicht sequenzielle Strukturalignments abgetastet werden
muss, eine mit etablierten sequenziell arbeitenden Strukturalignmentprogrammen
vergleichbare Leistung bei Alignmentqualität und Klassifizierungsfähigkeit von
Proteinen erzielen. Durch den Geschwindigkeitsgewinn gegenüber dem Vorgänger
ist GANGSTA+ auch bei der rechnerischen Performance zu sequentiell arbeitenden
Strukturalignmentprogrammen gleichwertig. Es wurde außerdem nachgewiesen, dass
durch die Berücksichtigung nicht sequenzieller Strukturalignments auch
Probleme in der Biochemie behandelt werden können, die sequentiell nicht
lösbar sind. Dies ist exemplarisch anhand der vielfältig sequentiell
unterschiedlichen Strukturalignments des Rossmann-Folds für ein biologisch
relevantes Proteinstrukturmotiv gezeigt worden. Mit der Analyse der Häufigkeit
zirkulär permutierter Proteine im uns bekannten Proteinuniversum ist ein
wichtiger Typ evolutionärer Verwandtschaften untersucht worden, die sich
konventionellen Methoden des Strukturalignments verschließt. Die gefundene
Zahl der zyklisch permutierten Proteinpaare erweist sich dabei als höher als
bisher angenommen. GANGSTA+ ist unter http://agknapp.chemie.fu-
berlin.de/gplus/ für die Öffentlichkeit verfügbar.
de
dc.description.abstract
In this work, GANGSTA, a non-sequentially working protein structure alignment
tool, was introduced and his successor GANGSTA+ was shortly discussed. It has
been shown that both programs are comparable to established sequentially
working structure alignment tools, in quality and in their ability to classify
the proteins in different super families, although non-sequential alignments
need to explore a much larger search space. Due to the performance enhancement
of GANGSTA+ calculation times are in the same range as sequentially working
tools. It was shown that including non sequential alignments allows GANGSTA to
tackle certain biological problems, which can not be solved by using programs
that are restricted to sequential alignments only. This has been exemplified
by the non sequential alignments of the Rossmann folds, a biological relevant
structural motif involved in energy transfer in the cell. The analysis of the
occurrence of circular permuted proteins in the known universe of protein
structure detected a larger number of circular permuted protein pairs than
expected. GANGSTA+ is available at http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/gplus/.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
protein alignment tool
dc.subject
circular permutation
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik
dc.subject.ddc
000 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften
dc.title
Eine neue Methode zum Proteinstrukturalignment und ihre Anwendung auf zirkulär
permutierte Proteine
dc.contributor.firstReferee
E.W. Knapp
dc.contributor.furtherReferee
U. Heinemann
dc.date.accepted
2010-05-26
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000017626-1
dc.title.translated
A new protein structure alignment method and its application to circular
permuted proteins
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000017626
refubium.note.author
Die gedruckte Ausgabe entält Original-Zeitschriftenartikel, die in der Online-
Ausgabe nicht enthalten sind.
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000007649
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access