dc.contributor.author
Franz, Sandra
dc.date.accessioned
2018-06-07T21:23:25Z
dc.date.available
2008-11-13T16:30:19.253Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/7814
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-12013
dc.description
1 Einleitung 1 1.1 Signaltransduktion in Pflanzen – Calcium 1 1.2 Calcium-
abhängige Protein-Kinasen (CDPKs) 2 1.2.1 Proteinaufbau von CDPKs 3 1.2.2
Biochemische Aktivierung 4 1.2.2.1 Biochemische Aktivierung – Calciumbindung 4
1.2.2.2 Biochemische Aktivierung – Autophosphorylierung 5 1.2.3 Biologische
Funktionen von CDPKs 6 1.3 Abiotischer Stress 8 1.3.1 Salzstress 8 1.3.2
Osmotischer Stress 11 1.3.3 ABA als Signalhormon für abiotischen Stress 12 1.4
Zielstellung dieser Arbeit 13 2 Material und Methoden 14 2.1 Material 14 2.1.1
Chemikalien und Oligonukleotide 14 2.1.2 Pflanzenmaterial 14 2.1.3 Arabidopsis
thaliana 14 2.1.4 Enzyme, Proteine, Antikörper 15 2.1.5 Nährmedien, Stämme,
Plasmide 16 2.2 Molekularbiologische Methoden 19 2.2.1 Isolierung von RNA aus
Pflanzenmaterial mit der Trizol-Methode (nach Chomczynski und Sacchi, 1987) 19
2.2.2 DNase I-Behandlung und Einzelstrang cDNA-Synthese 19 2.2.3 Isolierung
genomischer DNA aus A. thaliana 20 2.2.4 Amplifizierung von DNA 20 2.2.5
Agarose-Gelelektrophorese zur Auftrennung von DNA-Fragmenten 21 2.2.6
Reinigung von DNA-Fragmenten aus Agarosegelen 21 2.2.7 Restriktionsverdau von
Plasmiden 21 2.2.8 Dephosphorylierung des restriktionsverdauten Vektors 22
2.2.9 Ligation 22 2.2.10 GATEWAY Klonierungen 22 2.2.11 Zielgerichtete
Mutagenese 22 2.2.12 Plasmidkonstrukte 23 2.2.13 Kultivierung von Escherichia
coli 24 2.2.14 Kultivierung von A. tumefaciens 24 2.2.15 Herstellung chemo-
kompetenter E. coli Zellen 24 2.2.16 Herstellung elektro-kompetenter A.
tumefaciens Zellen 25 2.2.17 Transformation von Plasmid-DNA in E. coli Zellen
mit der Hitzeschockmethode 25 2.2.18 Transformation von Plasmid-DNA in A.
tumefaciens Zellen mittels Elektroporation 25 2.2.19 Protoplastentransfektion
26 2.2.20 Isolierung von Plasmid-DNA aus E. coli Zellen 27 2.2.21
Histochemische Färbung der Glucuronidase-Aktivität 27 2.2.22 Computergestützte
Sequenzanalyse 27 2.3 Proteinchemische Methoden 27 2.3.1 Transiente Expression
in N. benthamiana Blättern 27 2.3.2 Proteinextraktion nach transienter
Expression Strep II markierter Proteine in Nicotiana benthamiana 28 2.3.3
Proteinextraktion StrepII markierter Proteine aus stabil transformierten
Arabidopsis thaliana Pflanzen 28 2.3.4 Kinaseaktivitätsbestimmung 29 2.3.5 In
Gel Kinase Test ( nach Romeis et al., 2000) 29 2.3.6 Proteinbestimmung
(Bradford-Methode) 30 2.3.7 Denaturierende SDS-PAGE 30 2.3.8 Western Blot 31
2.3.9 Immunodetektion von StrepII markierten Proteinen 31 2.3.10
Immunodetektion phosphorylierter MAP-Kinasen (TEY Western) 32 2.3.11 Colloidal
Coomassie Färbung 32 2.3.12 Silberfärbung von SDS-Gelen 32 2.4 Pflanzenanzucht
33 2.4.1 Pflanzenwachstumsbedingungen 33 2.4.2 Oberflächensterilisierung von
Samen 33 2.4.3 Stabile A. thaliana Transformation 34 2.4.4 Selektion stabiler
transgener A. thaliana auf Erde 34 2.4.5 Segregationsanalyse auf MS-Medium 34
2.4.6 Schüttelkultur 34 2.4.7 Keimungstests 35 2.4.8 Wachstumstests 35 2.4.9
Phänotypische Charakterisierung auf Erde gewachsener Pflanzen 35 2.4.10
Pflanzenanzucht und Probenaufarbeitung für Natrium- und Kaliummessungen
mittels ICP-MS 36 2.4.11 Blatttrocknungstests 36 2.4.12 Fluoreszensmikroskopie
36 2.4.13 Kreuzung von Arabidopsis-Linien 36 3 Ergebnisse 37 3.1
Charakterisierung derT-DNA Insertionslinien cpk21 (SALK_029412) und cpk23
(SALK_007958) 37 3.2 Phänotypische Charakterisierung von Col-0, cpk21
(SALK_029412) und cpk23 (SALK_007958) 39 3.3 Phänotypische Analyse von
Überexpressionslinien/ Komplementationslinien von CPK21 in cpk21 (SALK_029412)
und CPK23 in cpk23 (SALK_007958) mit verschiedenen Enzymversionen 43 3.4
Transkriptionsanalyse nach Stressapplikation 47 3.5 Untersuchungen zur
gewebsspezifischen Expression von CPK21 und CPK23 51 3.6 Intrazelluläre
Lokalisation von CPK21 und CPK23 53 3.7 Bestimmung des Na+/ K+ -Gehalts in den
grünen Geweben von Col-0, cpk21, cpk23 und 35S::CPK21-StrepII 1.5.9 55 3.8
Biochemische Charakterisierung von CPK21 56 3.8.1 Substratspezifität von CPK21
57 3.8.2 Biochemische Aktivität von CPK21-EF-Hand Varianten mit Syntide 2 als
Substrat 58 3.8.3 Biochemische Aktivität von CPK21-EF-Hand Varianten mit
Histon H1 als Substrat 60 3.8.4 Elektrophoretisches Lauf-Verhalten der EF-Hand
Varianten nach Calciumbindung in der SDS-PAGE 61 3.8.5 Einfluss der
Autophosphorylierung auf die biochemische Aktivität von CPK21 62 3.9
Biochemische Aktivität von CPK21 nach abiotischem Stress 63 3.9.1 In vitro
Aktivität von CPK21 nach Salzstress 63 3.9.2 In vivo Aktivität von CPK21 nach
Salz-Stressapplikation 64 3.9.3 In vivo Aktivität von CPK21 nach
hyperosmotischem, hypoosmotischem Stress und mechanischem Stress 66 3.9.4 In
vivo Aktivität von CPK21 nach ABA-Applikation 67 3.10 Crosstalk mit MPKs 67 4
Diskussion 69 4.1 Phänotypische Charakterisierung der cpk21 (SALK_029412) und
cpk23 (SALK_007958) T-DNA Insertionslinien 69 4.1.1 Phänotypische
Charakterisierung adulter, auf Erde gewachsener Pflanzen 70 4.1.2
Langzeitstressadaption nach Wachstum auf 1 MS-Medium 71 4.1.3 Keimungstests 72
4.2 Expression von CPK21, CPK23 und ausgewählter Stressmarkergene nach Salz-
und hyperosmotischem Stress sowie ABA-Applikation 73 4.2.1 Untersuchung der
Genexpression nach Zugabe von 100 mM NaCl, 200 mM Mannitol bzw. 50 µM ABA zu 2
Wochen alten Pflanzen 73 4.2.2 Untersuchung der Genexpression nach
Langzeitstressadaption 74 4.3 Substratphosphorylierungsaktivität von CPK21
nach Stressapplikation 78 4.4 Crosstalk mit MAP Kinasen 79 4.5 CPK21
Enzymaktivität in Abhängigkeit der Calciumbindefähigkeit und
Autophosphorylierung 80 4.5.1 Hinweise auf die Calciumbindeaffinitäten der C-
und N-terminalen EF-Hände 80 4.5.2 Biochemische Aktivität der CPK21 EF-Hand
Varianten 81 4.5.3 Einfluss der Autophosphorylierung auf die biochemische
Aktivität von CPK21 83 4.6 In vivo Funktion der Enzymvarianten von CPK21 und
CPK23 84 4.7 Putative Funktionen von CPK21 und CPK23 in der Salzstressantwort
85 4.7.1 Putative Funktionen von CPK21 und/oder CPK23 in der Regulation der
Stomataöffnung 85 4.7.2 Putative Funktionen von CPK21 und CPK23 in der
Regulation von Na+- und K+-Transportprozessen 89 4.8 Ausblick 96 5 Literatur
97 6 Anhang 108 7 Danksagung 116 8 Lebenslauf 117
dc.description.abstract
Calcium-abhängige Proteinkinasen (CDPKs) sind Ser/Thr Protein Kinasen, die
stress-spezifische Änderungen cytoplasmatischer Calcium Konzentrationen
erkennen und in definierte Phosphorylierungsmuster zur Signalweiterleitung
übersetzten, worauf eine angemessene adaptive Antwort auf sich ständig
verändernde Umweltbedingungen erfolgt. In dieser Doktorarbeit wurde die Rolle
der beiden nahesten verwandten CDPKs CPK21 und CPK23 aus Arabidopsis thaliana
innerhalb der Signaltransduktion von Salz- und hyperosmotischem Stress
untersucht. Mittels phänotypischer Charakterisierung adulter Pflanzen der
beiden T-DNA-Insertionslinien cpk21 (SALK_029412) und cpk23 (SALK_007958)
wurden CPK21 und CPK23 als putative Negativregulatoren der Salzstressantwort
identifiziert, die insbesondere eine Rolle in der Antwort auf die osmotische
Komponente des Salzstresses spielen. Messungen des Natrium- und Kaliumgehaltes
in den grünen Geweben von Col-0, cpk21 und cpk23 zeigten ein höheres
K+/Na+-Verhältnis in cpk23 verglichen mit Col-0 nach eintägiger Exposition mit
100 mM NaCl. Auf RT-PCR basierende Expressionsstudien zeigten, dass die
Expression von CPK21 als Antwort auf Salz- und hyperosmotischen Stress sowie
ABA-Applikation aktiviert wird. CPK23 Transkriptakkumulation wurde als Antwort
auf hyperosmotischen Stress sowie ABA-Applikation beobachtet. Auf eine Rolle
von CPK21 in der Salzstressantwort weist auch die beobachtete biochemische in
vivo Aktivierung des Enzyms nach Salz- und hyperosmotischem Stress, sowie nach
ABA-Applikation hin. Zur weiteren biochemischen Charakterisierung von CPK21
wurde der Einfluss der Calciumbindung auf die Enzymaktivität untersucht. Dafür
wurden verschiedene StrepII-markierte Versionen, in denen die Calciumbindung
an eine (EF1, EF2, EF3 oder EF4) oder zwei EF-Hände (C-terminales oder
N-terminales EF-Hand Paar) verhindert wurde, transient in N. benthamiana
exprimiert. Nach Aufreingung dieser Enzymvarianten und anschließendem
Kinasetest mit unterschiedlichen Calciumkonzentrationen konnte gezeigt werden,
das die N-terminalen EF-Hände für die biochemische Aktivierung des Enzyms
essentiell sind. In vergleichenden physiologischen Studien unter Verwendung
von Col-0, den beiden T-DNA Insertionslinien cpk21 und cpk23 sowie cpk21 und
cpk23, welche die generierten CPK21- und CPK23- Enzymvarianten unter Kontrolle
des 35S-Promoters exprimierten, konnte gezeigt werden, dass die Enzymvarianten
in Abhängigkeit ihrer in vitro Kinaseaktivität, unterschiedliche Fähigkeiten
besaßen, den Mutantenphänotyp zu komplementieren. Damit konnte zum ersten Mal
eine Korrelation zwischen Ca2+ - abhängiger in vitro Kinaseaktivität und in
vivo Funktion für CDPKs gezeigt werden.
de
dc.description.abstract
Calcium-dependent protein kinases (CDPKs) are Ser/Thr protein kinases which
perceive changes in cytoplasmic calcium concentrations and translate them into
defined phosphorylation patterns for signaltransduction in a continuously
changing environment. This PhD thesis addresses the role of the two closest
homologs CPK21 and CPK23 from Arabidopsis thaliana in signaltransduction
events upon salt - and hyperosmotic stress. Phenotypical characterisation of
two T-DNA insertion lines cpk21 (SALK_029412) and cpk23 (SALK_007958)
identified CPK21 and CPK23 as putative negative regulators in the salt stress
response, with an unknown function in particular in response to the osmotic
component of salt stress. Measurements of the sodium- and potassium content in
green tissues of Col-0, cpk21 and cpk23 showed a higher K+/Na+-ratio in cpk23
compared to Col-0 after one day exposure to 100 mM NaCl. RT-PCR based
expression studies showed an induction of CPK21 expression after salt – and
hyperosmotic stress and ABA application. CPK23 transcript accumulation was
observed in response to hyperosmotic stress and ABA application. The
biochemical in vivo activation of CPK21 after ABA application, salt – and
hyperosmotic stress additionally refers to a role of the enzyme in salt
signaltransduction. For further biochemical characterisation of AtCPK21 the
role of calcium binding for enzyme activity was investigated. Therefore
different StrepII-tagged enzyme variants, with single mutations in all four
EF-hands (EF1, EF2, EF3 oder EF4) and double mutations in either the
C-terminal or N-terminal EF-hand pair, preventing calcium binding, were
transiently expressed in N. benthamiana. After purification a kinase assay
with different calcium concentrations was performed. It was shown that the
N-terminal EF-hands were essential for biochemical activation of CPK21.
Physiological studies using Col-0, the two T-DNA insertion lines cpk21 and
cpk23 and cpk21 and cpk23, expressing the generated CPK21- and CPK23- enzyme
variants under control of the 35S-promoter showed different abilities of the
enzyme variants to complement the mutant phenotype dependent on their in vitro
enzyme activity. This study showed for the first time a correlation between
Ca2+ - dependent in vitro kinase activity and in vivo function for CDPKs.
en
dc.format.extent
[3], IV, 117 S.
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Arabidopsis thaliana
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie
dc.title
Charakterisierung der CDPKs CPK21 & CPK23 aus Arabidopsis thaliana
dc.contributor.inspector
Prof. Kürsad Turgay
dc.contributor.inspector
Prof. Wolfgang Schuster
dc.contributor.firstReferee
Prof. Tina Romeis
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Rupert Mutzel
dc.contributor.furtherReferee
Dr. Claus-Peter Witte
dc.date.accepted
2008-11-04
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000006037-4
dc.title.translated
Characterisation of the CDPKs CPK21 & CPK23 from Arabidopsis thaliana
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000006037
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000004632
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access