dc.contributor.author
Alsuleiman, Mohamad
dc.date.accessioned
2018-06-07T19:23:53Z
dc.date.available
2012-09-26T08:16:10.787Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/6057
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-10256
dc.description
Inhaltsverzeichnis 1 Einleitung 1 1.1 Kältestreß und Härtungsphänome bei
Pflanzen 1 1.2 Frostschaden und Frosttoleranz 2 1.3 Chemische und
physikalische Gefrierschäden an Thylakoiden 4 1.4 Kryoprotektine und
Lipidtransfer-Proteine 7 2 Zielsetzung der Arbeit 12 3 Material und Methoden
13 3.1 Geräte und Apparaturen 13 3.2 Chemikalien, Kits, Gene, Antikörper 13
3.2.1 Chemikalien 13 3.2.2 Kits 13 3.2.3 Gene 13 3.2.4 Antikörper 13 3.3
Verwendete Organismen und Kulturen 14 3.3.1 Stamm und Kulturen von E. coli 14
3.3.2 Stamm und Kulturen von Pichia pastoris 14 3.3.3 Anzucht der Pflanzen und
Isolierung von Proteinen und Thylakoiden 15 3.4 Plasmide 17 3.4.1
pJET1.2/blunt cloning Vektor 17 3.4.2 Expressionsvektor pPICZα 17 3.5
Molekularbiologische Methoden 17 3.5.1 Extraktion genomischer DNA aus
Wirsingkohl mittels CTAB-Methode 17 3.5.2 Fällung und DNA-
Konzentrationsbestimmung 18 3.5.3 Polymerase-Kettenreaktion PCR zur
Vervielfältigung der DNA 19 3.5.4 Reinigung der PCR-Produkte 20 3.5.5 Trennung
von DNA-Fragmenten mittels Agarose-Gelelektrophorese 20 3.5.6 Klonierung des
wax9-Gens in den pJET1.2/blunt cloning Vektor 22 3.5.7 Klonierung des
wax9-Gens in den Expressionsvektor pPICZα Vektor 25 3.5.8 Herstellung
kompetenter Pichia pastoris-Zellen und Transformation 28 3.5.9 Expression von
rekombinantem Protein in Pichia pastoris 30 3.6 Proteinbiochemische Methoden
33 3.6.1 Zentrifugation und Lagerung 33 3.6.2 Entsalzung über Gelfiltration 33
3.6.3 Auftrennung von Proteinen bei der Ionenaustauschchromatographie 34 3.6.4
Reversed-Phase-Chromatographie über Amberlite XAD7 Matrix 35 3.6.5
Kolorimetrische Proteinkonzentrationsbestimmung nach Bradfordtest 38 3.6.6
Proteinfällung 38 3.6.7 SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese (SDS-PAGE) 38
3.6.8 Western-Blot 41 3.6.9 Molekulargewichtsbestimmung von Proteinen über
Gelfiltration 43 3.6.10 Test zum Nachweis von Proteinen mit
Frostschutzaktivität 44 3.6.11 Test zum Nachweis von Proteinen mit Lipid-
Transfer-Aktivität 45 3.6.12 Bindungsstudien von Proteinen an
Thylakoidmembranen 47 3.6.13 Verwendete Mutanten 50 4 Ergebnisse 52 4.1
Klonierung der wax9-Gene 52 4.1.1 Isolation genomischer DNA und PCR-
Amplifikation des wax9A-Gens 52 4.1.2 Klonierung in den pJet1.2/Blunt-Vektor
und DNA-Sequenzierung 56 4.1.3 Klonierung im Expressionsvektor pPICZα 57 4.1.4
Transformation von Pichia pastoris mit pPICZα-Vektor 58 4.2 Expression des
rekombinanten WAX9Am-Proteins in Pichia pastoris 58 4.2.1 Prüfung der
Überexpression von WAX9-Proteinen 59 4.3 Reinigung von WAX9-Proteinen 60 4.3.1
Entsalzung von WAX9 an einer Sephadex-Matrix G25 60 4.3.2 Auftrennung von WAX9
mit dem Kationenaustauscher CM52 61 4.3.3 Auftrennung von WAX9 mit dem
Kationenaustauscher SP-Sepharose 62 4.3.4 Auftrennung von WAX9 mit der
Reverse-Phase Amberlite XAD7-Säule 64 4.4 Isolierung und Reinigung von
Kryoprotektin aus dem Wirsingkohl 65 4.5 Bradfordtest und die Ausbeute von
Proteinen 66 4.6 Molekulargewichtsbestimmung von CPP und WAX9-Proteinen 67 4.7
Frostschutzaktivität von WAX9-Proteinen 74 4.8 Lipidtransferaktivität von
WAX9-Proteinen 77 4.9 Prüfung der Aktivitäten mit und ohne Calcium und Mangan-
Ionen 80 4.10 Mischung aller WAX9-Proteine und Prüfung der Aktivitäten 82 4.11
Bindungsstudien von WAX9 und CPP an den Thylakoidmembranen 84 4.12 Prüfung der
Aktivitäten nach dem Bindungsversuch 89 4.13 Test zum Nachweis von
modifizierten Proteinen 92 5 Diskussion 98 5.1 Klonierung und Expression und
von WAX9-Proteinen 98 5.2 Struktur- und Sequenzanalysen von WAX9-Proteine 100
5.2.1 Nucleotidsequenzen 100 5.2.2 Struktur und Aminosäuresequenzen der
WAX9-Proteine 102 5.3 Entwicklung einer Reinigungsmethoden der WAX9-Proteinen
und CPP 107 5.4 Molekulargewicht von CPP und WAX9-Proteinen 109 5.5 Analyse
der Aktivitäten von WAX9-Proteinen und CPP 110 5.6 Bindungsstudien an den
Thylakoidmembranen 112 5.7 Prüfung der modifizierten Proteine 113 6
Zusammenfassung 115 7 Abbildungsverzeichnis 119 8 Tabelleverzeichnis 121 9
Abkürzungsverzeichnis 122 10 Literaturverzeichnis 124
dc.description.abstract
Kryoprotektine sind Polypeptide, die zur LTP-Proteinfamilie gehören. Diese
Proteinfamilie besteht bei B. oleracea aus fünf Polypeptiden, die als
WAX9-Protein bezeichnet werden. Von diesen fünf Proteinen wurden in dieser
Arbeit vier Proteine auf ihre LTP- bzw. Frostschutz-Eigenschaften, ihre
Bindungsfähigkeiten an die Thylakoidmembranen und ihr Molekulargewicht hin
untersucht. Neben den WAX9-Proteinen wurde das aus gehärteten
Wirsingkohlblättern gewonnene CPP mitgeprüft. Wegen der auftretenden
Schwierigkeiten und der geringen erhaltenen Proteinausbeute mit der Verwendung
von prokaryotischen E. coli-Expressionssystem habe ich in dieser Arbeit das
eukaryotische Expressionssystem in Pichia pastoris verwendet. Nach der
Entwicklung des Reinigungsvorgangs über eine Amberlitesäule konnte ich die
rekombinanten WAX9-Protein bzw. das aus Wirsingkohlblättern isolierte CPP in
trockener und löslicher Form erhalten, die bis 4 Monate aktiv bleiben können.
In Rahmen dieser Arbeit könnte ich in vitro zeigen, dass neben der Ähnlichkeit
in der Sequenz die beiden WAX9A und WAX9E sehr ähnlich in ihren Aktivitäten
waren. Beide zeigten eine hohe Lipidtransfer-Aktivität und besaßen keine
Frostschutzaktivität. Die Bindungsfähigkeit von beiden lipidtransferaktiven
Proteinen an die Thylakoidmembranen war schwach. Ebenfalls verhielten sich die
weiteren Proteine WAX9B und WAX9D, die in der Nucleotidsequenzen auch ähnlich
sind, wie die Kryoprotektine und zeigten im Gegensatz zu den vorherigen
Proteinen keine Lipidtransferaktivität. Diese beiden kryoprotektiven Proteine
zeigten in vitro eine starke Bindung an die Thylakoidmembranen sowie eine
Resistenz gegen die Waschungsschritte. Das CPP zeigt einen hohen Schutz von 70
% der Thylakoidmembranen gegen Frost und auch eine deutliche starke Bindung an
die Thylakoidmembranen, besitzt aber in vitro keine Lipidtransferaktivität. Es
konnte kein Mitglied der WAX9-Proteine identifiziert werden, das die beiden
Eigenschaften von Kryoprotektion und Lipidtransferaktivität besitzt, was zu
einer klaren funktionalen Unterscheidung von Kryoprotektin und LTP führt.
Durch die Computersimulation der Bindung von Proteinen an die Membranen konnte
Herr Dr. De Lamotte vorhersagen, dass zwei Aminosäuren bei der kryoprotektiven
WAX9D (an Position 27 des reifen Proteins ein Threonin (T) und an Position 35
ein Serin (S)) eine vermutete Rolle bei der Bindung an die Membranen spielen
können. Diese beiden Aminosäuren würden einzeln und zusammen durch die
gerichtete Mutagenese zwischen dem kryoprotektiven WAX9D und
lipidtransferaktiven WAX9E vertauscht und geprüft, wobei die Aminosäuresequenz
von WAX9D erhalten blieb. Die beiden einzelnen Mutanten zeigten keinen
Unterschied in ihrer Frostschutz- und Lipidtransferaktivität sowie in ihrer
Bindungsfähigkeit an die Thylakoidmembranen, verglichen mit dem
kryoprotektiven WAX9D. Eine deutliche Änderung zeigte die doppelte Mutante in
beiden Aminosäuren. Sie hat deutlich ihre Frostschutzaktivität sowie ihre
Bindungsfähigkeit an die Thylakoidmembranen verloren und hat eine schwache
Lipidtransfer-Aktivität gewonnen.
de
dc.description.abstract
Cryoprotectins are polypeptides that belong to the lipid transfer protein
family (LTP). This protein family consists from five polypeptides in B.
oleracea, which are called WAX9 protein. Of these five proteins in this work
four proteins were tested for lipid transfer or cryoprotective properties,
their binding abilities to the thylakoid membranes and their molecular weight.
Cryoprotectin (CPP) isolated from hardened cabbage leaves was used as a
positive control. WAX9 proteins were expressed in Pichia pastoris and purified
by reverse phase chromatography. The purified proteins remained active for at
least 4 months. In this work, I could show in vitro that in addition to the
similarity in the nucleotide sequence the two WAX9A and WAX9E proteins were
very similar in their activities. Both showed a high degree of lipid transfer
activity and had no cryoprotective activity. The binding capacity of two lipid
transfer proteins to the thylakoid membranes was weak. The other two proteins
WAX9B and WAX9D, which are similar in nucleotide sequence, behaved as
cryoprotectins and showed no lipid transfer activity. These two cryoprotective
proteins showed in vitro strong binding to the thylakoid membranes. The WAX9
proteins studied had either lipid transfer or cryoprotective activity but not
both activities, resulting in a clear functional distinction between
cryoprotection and lipid transfer. Molecular modelling of the binding of
proteins to the membranes (Dr. De Lamotte, personal communication) predicted
that two amino acids in the cryoprotective WAX9D (position T27 and S35 of the
mature protein) play a crucial role in the binding to the membranes. These two
amino acids were exchanged individually and together by directed mutagenesis.
When the corresponding amino acids from the lipid transfer protein WAX9E were
inserted at positions 27 and 35 of the cryoprotective WAX9D protein, the
single amino acid substitutions did neither change the cryoprotective behavior
of WAX9D, nor did they increase the residual lipid transfer activity. The
double mutant, however, lost cryoprotective activity and gained a weak lipid
transfer activity. The experimental results confirmed the prediction from
molecular modelling about the strength of membrane binding of the WAX9
proteins and also showed the close correlation between weak membrane binding
and lipid transfer activity versus strong membrane binding and cryoprotective
activity.
en
dc.format.extent
V, 128 S.
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Wax9 gene family
dc.subject
Lipid Transfer Protein
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik
dc.title
Die wax9-Genfamilie; Klonierung, Expression und funktionale Charakterisierung
von Lipidtransfer und Kryoprotektion
dc.contributor.contact
mohamadsuleman@hotmail.de
dc.contributor.firstReferee
Prof. J. M. Schmitt
dc.contributor.furtherReferee
PD Dr. D. K. Hincha
dc.date.accepted
2012-09-14
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000039167-7
dc.title.translated
The wax9 gene family, cloning, expression and functional characterization of
lipid transfer and cryoprotection
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000039167
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000012092
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access