dc.contributor.author
Telgmann, Regina
dc.date.accessioned
2018-06-07T19:14:19Z
dc.date.available
2008-01-09T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/5894
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-10093
dc.description
0\. Titel und Inhaltsverzeichnis
1\. Einleitung 1
I Overlap-Konzept zur Modellbewertung 8
2 Modellierung in der chemischen Anwendung 9
2.1 Von der Modellidee zum DGL-System 9
2.2 Messdaten und Messfehler 11
3 Parameterschätzung und Modelldiskriminierung 14
3.1 Ziel-Baum der Modellierung 14
3.2 Rolle der Parameterschätzung 16
3.3 Modelldiskriminierung 18
4 Das Overlap-Konzept 21
4.1 Der Overlap 22
4.2 Bestimmung der Datenvariabilität 23
4.3 Bestimmung der Modellvariabilität 24
4.4 Wahl von Parametern und Parametervarianzen 27
5 Modellentwicklung und Modelldiskriminierung in Presto-Kinetics 29
5.1 Angewandtes Gauss-Newton-Verfahren für das Residuums-Funktional 30
5.2 Gauss-Newton-Verfahren für das Overlap-Funktional 36
5.3 Reduzierte Richtungen als Hilfsmittel 43
5.4 Erweiterung der Software 47
6 Analytische Untersuchungen 51
6.1 Ableitungen des Overlap-Anteils 51
6.2 Analytische Ableitung der sigma_sim 53
6.3 Übertragung der Normalverteilung von den Parametern auf die Zustände 54
6.4 Hesse-Matrix 55
7 Beispiel Reduzierte Richtungen 56
7.1 Parameterschätzung ohne Reduzierung der Richtungen 57
7.2 Parameterschätzung mit Verfahren der Reduzierten Richtungen 58
7.3 Bewertung 59
II Modellierung in der Pharmakokinetik 61
8 Modularität und Orthogonalität als Konstruktionsprinzip der
computergestützten Modellierung 61
9 Modellierung in der Pharmakokinetik 66
9.1 Erste Pharmakokinetische Modelle 67
9.2 Physiologie-basierte PK-Modelle und Strukturbildung 72
10 Kalkül zum automatischen Aufstellen des DGL-Systems 78
10.1 Elementare Prozesstypen 80
10.2 Pharmakokinetischer Operator PK im Subkompartiment 92
10.3 Operator PK im Kompartiment 93
10.4 Vollständiges Körper-Modell 94
10.5 Gesamtdifferentialgleichungssystem 96
11 Konzept der Orthogonalen Parameterbasis 100
12 In silico-Modellierung mit MEDICI-PK 104
12.1 Zuordnung der Strukturen 104
12.2 Simulationsobjekt 112
12.3 Auswertung und Ergebnisse 116
12.4 Intelligenz in der Software 119
12.5 Annahmen und Möglichkeiten in Medici-PK 120
12.6 Sicherheitsaspekte 122
12.7 Numerische Lösung 122
13 Effektiver Wissenserwerb am Beispiel 125
13.1 Das Beispiel: Diazepam in der Ratte 125
13.2 Vorarbeiten in MEDICI-PK 127
13.3 Anlegen eines Projekts für das Beispiel 130
13.4 Untersuchungen durch Kompontenwechsel 133
14 Beispiel Overlap-Konzept in der PK 138
14.1 Residuen-Ergebnisse der PE 140
14.2 Overlap-Auswertung in der PE 141
14.3 Bewertung 148
15 Abschliessende Bemerkungen 149
16 Zusammenfassung 151
III Anhang 153
17 EULSIM-Anwendung auf Pharmakokinetische Problemstellung 153
17.1 Rechte Seite und Dimensionen 153
17.2 Ableitung 154
18 Klassische Numerische Methoden der Modelldiskriminierung 160
18.1 Newton-Verfahren und Eigenschaften 160
18.2 Implementierter Algorithmus 166
18.3 Direkte Verfahren (Boxsuche und Simulated Annealing) 168
19 Datenstrukturen in MEDICI-PK 173
19.1 Einheitentypen und Einheitensystem 173
19.2 Modellbasis 176
19.3 Organtypen 179
19.4 Projekte 180
20 Implementation der Bindungsmodelle 186
Literaturverzeichnis 189
dc.description.abstract
-Zusammenfassung- Modellierung, Modellfindung und Modellbewertung sind einige der wichtigsten Themen in den verschiedensten technologischen Anwendungsbereichen, sei es die chemische Reaktionskinetik, die Polymerisationstechnik oder die Pharmakologie (u.v.m.), also in Gebieten, in denen die Kinetik der Vorgänge mathematisch über Differentialgleichungen beschrieben werden kann. Die Kinetik ist ein wichtiger Faktor bei der Entwicklung und Optimierung von Verfahren, und hat unter anderem Einfluss auf Produkteigenschaften, Verfahrensdauer oder Verfahrenskosten. Häufig steht man bei der Modellierung vor der Wahl, aus verschiedenen Modellansätzen die Vielversprechendsten auszuwählen. Das sogenannte Overlap-Konzept, welches im Rahmen des Projektes Versuchsgesteuerte Modelldiskriminierung für die chemische Reaktionskinetik", an dem die Autorin beteiligt war, entwickelt wurde und dessen theoretische Relevanz bereits in verschiedenen Publikationen dokumentiert ist, stellt ein Kriterium bereit, welches durch Betrachtung einer Überlappung von Modellvarianz und Messdatenvarianz die Frage nach der grundsätzlichen Fähigkeit eines Modells, gegebene Messdaten abzubilden, beantwortet. Die notwendigen Grundlagen, auch zur Implementierung dieses Konzepts, werden dargestellt, das Konzept selber wird anhand eines Beispiels aus der Pharmakokinetik verifiziert. In der Pharmakokinetik (PK) scheinen die Differentialgleichungen, die behandelt werden, vergleichbar mit denen der chemischen Reaktionskinetik. Das Ziel, den Rechner in der Modellfindung einzusetzen, ist dort allerdings entscheidend dadurch behindert, dass es bisher weltweit nicht ein einziges effizientes Softwareprogramm gibt, welches ausreichend feinstrukturierte freie Modellierung erlaubt und gleichzeitig die immer neue Herleitung und Eingabe von Differentialgleichungen vermeidet. Hier konnte nun die Autorin einen Strukturierungsansatz finden, der es erlaubt, nicht nur pharmakokinetische und vollständig physiologiebasierte Modelle zu rechnen, sondern der die freie Modellierung zulässt und außerdem die wichtigsten Fragestellungen der PK (wie Vergleichsstudien für verschiedene Wirkstoffe oder unterschiedliche Individuen) auf einfache, intuitive Art und Weise zu beantworten erlaubt. Der Ansatz besteht in einer Orthogonalisierung der zur Verfügung stehenden Informationen wie Organauswahl, Organtopologie, Parameter und Modelldefinitionen sowie der zugehörigen Gleichungsterme. Es ist der Autorin gelungen, den Overlap-Ansatz erfolgreich in den Code eines seit Jahren im Bereich der Technischen Chemie anerkannten Softwaretools zu implementieren; ebenso ist es ihr gelungen, das erarbeitete Konzept zur Behandlung von PK-Modellen in einem neuen Softwarepaket zu implementieren, so dass die Verifizierung beider Ansätze erfolgen kann. Durch die Darstellung auch von Aspekten der Softwareentwicklung handelt es sich um eine Arbeit aus einem grenzüberschreitenden Gebiet zwischen Mathematik und Informatik.
de
dc.description.abstract
-Abstract- Modeling, model finding and model appraisal are some of the most important themes in different technological application areas, whether in the field of chemical reaction kinetics, polymerisation techniques or pharmacology (and many more), which means areas in which the kinetic of the process in mathematical sense can be described by differential equations. The kinetic is a relevant factor in development and optimization of technical processes and influences as well product properties, duration and costs. Often in modeling the task occurs to choose the most promising approach from a multitude of models. The so-called overlap concept which has been developed as part of the project Versuchsgesteuerte Modelldiskriminierung für die chemische Reaktionskinetik in which the author participated and which's theoretical relevance has been already documented in several publications delivers a criterion which gives answer to the question whether a model has the general ability to picture measured data. For this reason it considers the overlap of model variance and variance of the measured data. The necessary basic considerations even for the implementation of this concept are presented, and the concept is verified by means of an example from the pharmacokinetics. In pharmacokinetics (PK) the occurring differential equations seem to be comparable to those from reaction kinetics. But the aim to use the computer in the phase of model finding is crucially hindered by the fact that there exists no efficient software package worldwide which allows sufficiently finely structured free modeling and simultaneously avoids the permanent derivation and repeated input of differential equations. At this point the author found a new approach to structure underlying information which allows not only to calculate complete physiological models but also allows free modeling and gives at the same time answers to the most important questions of PK (like comparative studies for different compounds or different individuals) in an intuitive and simple way. The approach consists of the development of orthogonal structures like organ selection, organ topology, parameter and model definitions including equation. The author was successful in implementing the overlap concept into the code of a software package which is acknowledged in the area of chemical reaction engineering for many years now; also, she was successful in implementing the acquired concept for the treatment of PK-models into a new software package so that the verification of both approaches can now follow.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Modeling in chemistry
dc.subject
model discrimination
dc.subject
pharmakokinetics
dc.subject
orthogonal structures
dc.subject
calculus for software concept
dc.subject.ddc
000 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke::000 Informatik, Wissen, Systeme::004 Datenverarbeitung; Informatik
dc.title
Computerunterstütztes Modellieren
dc.contributor.firstReferee
Professor Dr. Christof Schütte
dc.contributor.furtherReferee
Professor Dr. Ulrich Nieken
dc.date.accepted
2007-11-07
dc.date.embargoEnd
2008-01-31
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000003541-0
dc.title.subtitle
Computer- und Softwarekonzepte unterstützen das Modellieren am Beispiel der
Technischen Chemie und der Pharmakologie
dc.title.translated
Computer aided Modeling
en
dc.title.translatedsubtitle
Computer- and software concepts support modeling proven by example of
technical chemistry and pharmacology
en
refubium.affiliation
Mathematik und Informatik
de
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FUDISS_thesis_000000003541
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2008/30/
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FUDISS_derivate_000000003541
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open access