dc.contributor.author
Liu, Jianping
dc.date.accessioned
2018-06-07T19:06:14Z
dc.date.available
2007-10-23T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/5734
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-9933
dc.description
0\. Title page and Table of contents
1\. Summary 1
2\. Zusammenfassung 4
3\. Introduction 7
4\. Objective 17
5\. Materials 18
6\. Methods 27
7\. Results 39
8\. Discussion 76
9\. References 97
10\. Appendix 108
dc.description.abstract
Oligonucleotide fingerprinting (OFP) is a high-throughput alternative to tag
sequencing methods to determine the spectrum and abundance of genes in genomic
DNA or cDNA libraries. This method currently relies on the sequential
hybridisations of at least 200 short (8-12 mer), radioactively labeled DNA
oligonucleotides to arrayed dsDNAs. After image analysis, a sequence
fingerprint is generated for each clone based on the hybridisation signals.
Then according to the fingerprint similarity, the clones from the same gene
can be grouped together using clustering algorithms. The main problems of the
classic OFP method include high oligoprobe number and the use of
radioactivity. To resolve these problems, here we have exploited the high
affinity and good mismatch discrimination of oligoprobes modified with locked
nucleic acid (LNA). In our method, short (hexamer or heptamer) LNA-modified
oligoprobes are labelled with fluorescent dyes (e.g. Cy5). Hybridisation
results are recorded with a CCD-camera developed for this purpose. The
sensitivity of the fluorescence detection permits the convenient use of
homogenous liquid assay as well as nylon membrane support. Thus hybridisation
data quality is improved, and the process accelerated, simplified, and less
expensive.
de
dc.description.abstract
Oligonukleotid Fingerprinting (OFP) ist eine attraktive Alternative zu TAG-
Sequenzierungsmethoden zur Bestimmung vorhandener Gene in genomischer DNA und
cDNA Bibliotheken im Hochdurchsatz. Diese Methode basiert im Moment auf der
sequentiellen Hybridisierung von mindestens 200 kurzen (8 12 Nukleotide)
radioaktiv markierten Oligonukleotiden, um dsDNA aufzureihen. Basierend auf
den Hybridisierungssignalen wird nach einer Bildanalyse für jeden Klon ein
Sequenz-Fingerprint erstellt. Mit Hilfe von Cluster-Algorithmen können dann
Fingerprints mit großer Ähnlichkeit zusammengefaßt werden. Ein Problem der
aktuellen Methodik stellt die hohe Anzahl benötigter Oligonukleotide und die
verwendete Radioaktivität dar. In dieser Arbeit wurden die hohe Affinität und
zugleich gute Diskrimination von sogenannten Locked Nucleic Acid (LNA)
untersucht, um die Anzahl der benötigten Oligos und deren Länge zu reduzieren.
Zusätzlich wurden zur Vermeidung von Radioaktivität kurze (Hexamere oder
Heptamere), modifizierte LNA s benutzt, die einen fluoreszierenden Farbstoff
trugen (z.B. Cy5). Die Ergebnisse wurden mit einer für diesen Zweck
entwickelten CCD-Kamera aufgenommen. Die Empfindlichkeit der
Fluoreszenzbestimmung diese Methode sorgt dafür, dass sowohl in Lösung
befindliche Assays als auch solche auf Nylon-Membranen verwendet werden
können. Dadurch ist die Datenqualität verbessert, der Prozeß ist einfacher,
schneller und damit auch billiger.
de
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
LNA hybridisation iFRET OFP fluorescent
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::540 Chemie::540 Chemie und zugeordnete Wissenschaften
dc.title
Towards rapid and cost-effective genome characterisation using LNA-modified
oligonucleotide DNA hybridisation
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. Hans Lehrach
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Gerd Multhaup
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Petra Knaus
dc.date.accepted
2007-10-22
dc.date.embargoEnd
2007-11-08
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000003210-4
dc.title.translated
In Richtung einer schnellen und kosteneffektiven Genomcharakterisierung
mittels LNA-modifizierter Oligonukleotid-DNA-Hybridisierung
de
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000003210
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2007/711/
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000003210
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access