dc.contributor.author
Yang, Yonggang
dc.date.accessioned
2018-06-07T16:41:10Z
dc.date.available
2008-12-17T13:31:10.794Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/2892
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-7093
dc.description.abstract
This work focuses on vibrational dynamics of hydrogen bonded complexes. The
first task for a molecular reaction dynamics simulation is to generate the
molecular Hamiltonian in terms of suitable coordinates. To minimize the
numerical simulation efforts, the best choice is to adopt the natural motions
of the molecule as coordinates, namely, the bond lengths and angles. The
method for generating this kind of Hamiltonian has been introduced as a
starting point for further numerical applications. In particular we have
developed a concise theory to establish the kinetic energy operator in terms
of arbitrary coordinates for this purpose. Concerning applications we first
perform a reduced dimensional simulation for the protonated ammonia dimer
[H3N...H...NH3]+. The N2H7+ cation is a strongly hydrogen-bonded low-barrier
system with symmetrical structure caused by zero-point vibration of the
central proton. The fundamental transition for the shared proton stretching
mode by our calculation is significantly red shifted compared with the
harmonic prediction due to the strong hydrogen bond. The combinations between
the shared proton stretching and the terminal NH3-NH3 stretching are found to
contribute significantly to the vibrational bands below 1100 cm-1. The larger
clusters NH4+(NH3)n (n=2-4) are investigated with harmonic approximation which
gives reasonable results indicating that the hydrogen bonds are much weaker
than that of N2H7+. Consequently each larger cluster has the solvated ammonium
structure and no vibrational bands caused by hydrogen bond stretching dynamics
below 1100 cm-1. A full dimensional simulation is performed for the mono-
hydrated hydroxide anion [HO...H...OH]-. This is the same type of strong
hydrogen bonded system as the N2H7+ with the hydrogen located in the center.
In detail the energetic and geometric isotope effects are investigated. Among
the isotopomers, the hydrogen bond is energetically more stable than the
deuterium bond by about 80 cm-1 irrespective of the deuteration status of the
free terminal OH groups. In general the conclusion that a hydrogen bond is
more stable than a deuteron bond is valid for many hydrogen bonds but the bond
energy difference may differ. Concerning the secondary geometric isotope
effects, for each isotopomer, the O...O distance decreases upon deuteration
due to the fact that the deuteron distribution is more localized than the
proton distribution. Apart from gas phase studies, our investigations also
cover condensed phase hydrogen bonds. A general theory for generating reaction
surface Hamiltonian and the numerical implementation for reaction rate
constant calculations are developed. With this method we have generated a
reaction path Hamiltonian based on 6-Aminofulvene-1-aldimine and performed
some preliminary calculations for the rate constant of hydrogen/deuterium
transfer reaction. The temperature dependence of the reaction rate constant
shows Arrhenius rate behavior at high temperature region. The deuterium
transfer needs higher activation energy and has lower rate due to its heavier
mass. When decreasing the temperature the coherent tunneling effects begin to
contribute more and more to the hydrogen/deuterium transfer reaction which
flattens the temperature dependence.
de
dc.description.abstract
Diese Arbeit behandelt die Schwingungsdynamik von Komplexen, die
Wasserstoffbrücken-bindungen erhalten. Zur Beschreibung molekularer
Reaktionsdynamik muss zunächst ein Hamilton-Operator in geeigneten Koordinaten
entwickelt werden. Um den Rechenaufwand zu minimieren, empfehlen sich die
natürlichen Bewegungen des Moleküls als Koordinaten, d.h. Bindungslängen und
-winkel. Das Problem ist hierbei die Bestimmung des Operators der kinetischen
Energie. Zur Lösung wurde in dieser Arbeit ein kompakter und intuitiver Zugang
entwickelt, um den Operator der kinetischen Energie in Abhängigkeit von
beliebigen Koordinaten aufzustellen. Dieser Operator geht dann zusammen mit
den berechneten Potentialenergieflächen in die numerischen Simulation ein. Die
erste Anwendung konzentriert sich auf das protonierte Ammoniakdimer
[H3N...H...NH3]+, das in reduzierter Dimensionalität behandelt wurde. Das
[N2H7+]-Ion ist ein System mit niedriger Barriere und starker
Wasserstoffbrückenbindung. Das Kation hat symmetrische Struktur, die durch die
Nullpunkt-Schwingungen des zentralen Protons verursacht wird. Verglichen mit
der harmonischen Näherung, zeigt die von uns berechnete Frequenzfür die
asymmetrische Streckschwingung des zentralen Protones wegen der starken
Wasserstoffbrückenbindung eine dramatische Rotverschiebung. Die
Kombinationsübergänge zwischen der Protonschwingung und der Stretckschwingung
der terminalen NH3-NH3 Gruppen leisten einen weiteren Beitrag zu den
Schwingungsbanden unterhalb von 1100 cm-1. Zur Untersuchung der gröss eren
Cluster NH4+(NH3)n (n=2-4) kann auf die harmonische Näherung zurückgegriffen
werden, da die Wasserstoffbindungen hier viel schwächer ausgeprägt sind. Diese
Cluster ähneln in ihrer Struktur mehr einem solvatisierten Ammoniumion und es
gibt keine Protonstreckschwingungsbanden unterhalb von 1000 cm-1. Eine weitere
Anwendung betrifft das monohydrierte Hydroxidion, [HO...H...OH]-, das in
voller Dimensionalität behandelt wurde. Auch hier gibt es eine starke
Wasserstoffbindungen, bei der das Wasserstoffatom symmetrisch zwischen den
Sauerstoffatomen positioniert ist. Für dieses System wurden die energetischen
und geometrischen Isotopeffekte ausführlich untersucht. Die Bindungsenergie
für den Fall des Wasserstoffs liegt immer 80 cm-1 höher als für das Deuterium,
unabhängig davon, ob die terminalen OH-Gruppen deuteriert sind oder nicht. Das
Resultat, dass die Wasserstoffbrücke stabiler als die Deuteriumbrücke ist, hat
allgemeineren Charakter für starke Wasserstoffbrückenbindungen dieser Art. Im
Bezug auf den sekundären geometrischen Isotopeeffekt nimmt der [O...O]-Abstand
bei Deuterierung für jedes Isotopmer ab. Die Ursache dafür kann damit erklärt
werden, dass die quantenmechanische Deuteron-Verteilung lokalisierter ist als
die des Protons. Neben diesem Gasphasenuntersuchungen wurde auch die
Wasserstoffbrückendynamik in der kondensierten Phase untersucht. Eine
allgemeine Theorie basierend auf einem Reaktionsfächen-Hamitonian und eine
neue Methode für die numerische Implementation von Wegintegral-Rechnungen zu
den Reaktionsraten wurde entwickelt und auf den Protontransfer im
6-Aminofulvene-1-aldimine angewandt. Die Temperaturabhängigkeit der
Reaktionsrate zeigt Arrhenius-Verhalten im Hochtemperatur-Bereich, wobei die
Aktivierungsenergie für den Deuterium-Transfer gröss er ist und aufgrund der
unterschiedlichen Massen auch ein kinetischer Isotopieeffekt beobachtet wird.
Mit abnehmender Temperatur werden die Signaturen von quantenmechanischem
Tunneln gefunden.
de
dc.format.extent
II, II, 130 S.
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Vibrational dynamics
dc.subject
Infrared spectrum
dc.subject
Isotope effects
dc.subject
Proton transfer
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::540 Chemie
dc.title
Multidimensional vibrational dynamics of hydrogen bonded systems
dc.contributor.contact
ygyang@chemie.fu-berlin.de
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. Oliver Kühn
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Jörn Manz
dc.date.accepted
2008-12-15
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000006741-9
dc.title.translated
Multidimensionale Schwingungsdynamik von Systemen mit
Wasserstoffbrückenbindungen
de
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000006741
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000004857
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access