dc.contributor.author
Marzouk, Eman Mohammed Mohammed
dc.date.accessioned
2018-06-07T14:41:55Z
dc.date.available
2013-10-18T11:24:43.325Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/282
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-4486
dc.description.abstract
The primary objective of the current study was to identify two of the highly
pathogenic avian influenza virus (HPAIV) isolates of subtype H5N1
genotypically using one step Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
(RT-PCR), followed by sequence and phylogenetic analyses. A further objective
was to determine in vitro the virucidal efficacy of four types of chemical
disinfectants, namely Formalin, Glutaraldehyde, TH4® and Virkon®S at different
concentrations and contact times on the two HPAI isolates.
A/chicken/Egypt/0626/2006 (EGY06) and A/chicken/Egypt/1094/2010 (EGY10) were
isolated from cloacal and tracheal swabs from broiler during HPAI H5N1
outbreaks in Egypt in 2006 and 2010. The first strain, EGY06, was isolated
from a non-vaccinated flock in February 2006 in the Alexandria governorate.
The second strain, EGY10, was isolated from a vaccinated flock in November
2010 in the Marsa Matrouh governorate. Classical identification of the two
isolates was carried out in the Department of Poultry and Hygiene, Faculty of
Veterinary Medicine, Alexandria University, Egypt. Molecular identification
and genetic analyses were conducted in the Gene Analysis Unit of the National
Laboratory for Veterinary Quality Control on Poultry Production (NLQP), Egypt.
Using RT-PCR with specific sets of primers for H5 and N1 genes of AIV it was
confirmed that the two isolates belonged to AI subtype H5N1. After molecular
characterization and phylogenetic analysis of the HA and NA genes, the strain
EGY06 was closely related to the 2006 predecessor Egyptian viruses of 2.2.1
clade, whereas EGY10 clustered within the classic 2.2.1/c group that commonly
isolated from small-scale commercial farms and human since 2009. The efficacy
of four chemical disinfectants to inactivate both isolates was carried out in
accordance to the guidelines of the German Veterinary Medical Society
(Deutsche Veterinärmedizinische Gesellschaft, DVG) for testing of disinfection
procedures and chemical disinfectants. The experiments were performed using
suspension tests without and with protein load (40% Bovine Calf Serum "BCS")
as well as wood and gauze as a carriers (also loaded with BCS), at room
temperature and incubation times of 15 to 120 min. The obtained results showed
that the use of Glutaraldehyde, Formalin or TH4® 0.5% without protein load led
to complete inactivation of the virus after 15, 30, 60 or 120 min contact
time. Use of Virkon®S 0.5% with and without protein load led to survival of
the virus even after 60 min. In contrast, using Formalin and TH4® (1% and 2%)
with and without protein load led to complete inactivation of the virus even
at the shortest contact time of 15 min. Similar results were obtained after
using Glutaraldehyde 1%, while treatment of H5N1 with Glutaraldehyde 2% led to
gel formation. After treatment of contaminated carriers (poplar wood and
gauze) with Formalin, Glutaraldehyde and TH4® 0.5%, the virus was inactivated
after 30 min. Concentration of 1% of the three disinfectants was sufficient to
inactivate the two isolates within 15 min contact time, except in case of
Virkon®S which required higher concentrations to give similar results. The
study indicated that the four chemical disinfectants could efficiently
inactivate the two tested H5N1 viruses when used at higher concentration than
the manufacturers recommended. The results of the present thesis highlight the
sensitivity of HPAIV H5N1 to different disinfectants, which may improve
biosecurity measures on the farms and reduce the economic losses caused by
HPAIV H5N1.
de
dc.description.abstract
Das primäre Ziel der aktuellen Studie war es, hoch pathogene aviäre Influenza-
Viren (HPAIV) des Subtyps H5N1 genotypisch durch eine einschrittige Reverse
Transkriptase- Polymerase-Kettenreaktion (RT-PCR) zu identifizieren und
anschließend molekularbiologisch zu charakterisieren. Ein weiteres Ziel war,
die Wirksamkeit von verschiedenen Konzentrationen und Einwirkungszeiten von
vier chemischen Desinfektionsmitteln (Formalin, Glutaraldehyd, TH4® und
Virkon®S) auf zwei Stämme (A/chicken/Egypt/0626/2006 "EGY06" und
A/chicken/Egypt/1094/2010 "EGY10") des aviären Influenzavirus (AIV) des
Subtyps H5N1 in vitro zu prüfen. Die beiden Isolate des AIV-Subtyps H5N1
wurden aus Kloaken- und Trachealtupfern von infizierten Masthühnerherden
während der Ausbrüche aviärer Influenza (AI) 2006 und 2010 isoliert. Während
der erste Stamm EGY06 aus einer nicht geimpften Herde im Februar 2006 im
Gouvernement Alexandria isoliert wurde, wurde der zweite Stamm, EGY10, aus
einer geimpften Herde im November 2010 im Gouvernement Marsa Matrouh isoliert.
Die klassischen Methoden zur Identifizierung der beiden Isolate wurden in der
Abteilung für Geflügel und Hygiene, Veterinärmedizinische Fakultät,
Universität Alexandria, Ägypten durchgeführt. Die molekulare Identifizierung
und genetische Analyse erfolgten in der Gen- Analyse-Einheit des Nationalen
Labors zur Qualitätskontrolle der Geflügelproduktion (NLQP), Ägypten. Mittels
RT-PCR unter Verwendung spezifischer Primersets für die H5 und N1 Gene konnte
bestätigt werden, dass es sich bei beiden Isolaten um AIV des Subtyps H5N1
handelt. Der molekularen Charakterisierung und der phylogenetischen Analyse
der HA und NA zufolge war der Stamm EGY06 sehr eng verwandt mit dem früher im
Jahr 2006 isolierten klassischen Stamm und wurde dem Clade 2.2.1 zugeordnet.
Im Gegensatz dazu wurde der Stamm EGY10 im klassischen 2.2.1/c Gruppe
zugeordnet, welcher häufig von kleinen kommerziellen Farmen und menschlichen
seit 2009 isoliert. Die Empfindlichkeit der Viren gegen verschiedene
Desinfektionsmittel wurde auf Grundlage der Richtlinien der Deutschen
Veterinärmedizinischen Gesellschaft (DVG) für die Prüfung von
Desinfektionsverfahren und chemischen Desinfektionsmitteln geprüft. Die
Experimente wurden mittels Suspensions-Test ohne und mit Proteinbelastung (40%
Bovines Calf Serum (BCS)) sowie auf Keimträgern aus Holz und Gaze, die mit BCS
belastet waren, bei Raumtemperatur und Einwirkzeiten von 15 bis 120 Min
durchgeführt. Die Verwendung von Glutaraldehyd, Formalin oder TH4® in einer
Konzentration von 0,5% führte ohne Proteinbelastung zu einer Inaktivierung der
Viren nach allen Einwirkzeiten (15, 30, 60 und 120 Min). Die Verwendung von
Virkon®S 0,5% mit und ohne Proteinbelastung führte zum Überleben des Virus
sogar nach 60 Min. Demgegenüber führte die Verwendung von Formalin und TH4® in
einer Konzentration von 1% und 2% mit und ohne Proteinbelastung zu einer
vollständigen Inaktivierung des Virus sogar bei der kürzesten Einwirkungszeit
von 15 Min. Ähnliche Ergebnisse wurden nach Verwendung von Glutaraldehyd in
einer Konzentration von 1% beobachtet. Die Behandlung von H5N1 mit
Glutaraldehyd in einer Konzentration von 2% führte zu einer Gelbildung. Nach
der Behandlung von kontaminierten Keimträgern (Pappelholz und Gaze) mit
Formalin, Glutaraldehyd und TH4® in Konzentrationen von 0,5% wurde das Virus
nach 30 Min inaktiviert. Während eine Konzentration von 1% der drei
Desinfektionsmittel ausreichend war, um die beiden Isolate in 15 Min
Einwirkzeit zu inaktivieren, konnte dieses Ergebnis im Fall von Virkon®S nicht
erreicht werden, und eine höhere Konzentration war erforderlich um ähnliche
Ergebnisse zu erzielen. Die Studie zeigte, dass die vier chemischen
Desinfektionsmittel, wenn die verwendeten Konzentrationen höher als die vom
Hersteller empfohlenen Konzentrationen sind, beide getesteten H5N1 Viren
effektiv inaktivieren. Die Ergebnisse dieser Studie bieten einen neuen Ansatz
zur Verbesserung der Biosicherheitsmaßnahmen in Geflügelbeständen und können
zur Reduzierung der wirtschaftlichen Verluste beitragen.
de
dc.format.extent
VI, 89 S.
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Influenza A virus
dc.subject
molecular genetics techniques
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::630 Landwirtschaft::630 Landwirtschaft und verwandte Bereiche
dc.title
Molecular aspects and chemical inactivation of Influenza H5N1 viruses isolated
from Egyptian chicken flocks during the 2006-2010 outbreaks
dc.contributor.firstReferee
Univ.-Prof. Dr. Hafez Mohamed Hafez
dc.contributor.furtherReferee
Univ.-Prof. Dr. Karl-Hans Zessin
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Habil. Gerd Schlenker
dc.date.accepted
2013-10-07
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000095325-0
dc.title.translated
Molekulare Aspekte und chemische Inaktivierung von Influenza H5N1-Viren aus
ägyptischen Hühnerbeständen von Ausbrüchen der Jahre 2006 bis 2010
de
refubium.affiliation
Veterinärmedizin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000095325
refubium.note.author
Mensch und Buch Verlag Berlin
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000014201
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access