dc.contributor.author
Krbek, Larissa Katharina Sophie von
dc.date.accessioned
2018-06-07T16:14:57Z
dc.date.available
2017-04-12T13:11:10.803Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/2264
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-6465
dc.description
Acknowledgements Abstract Kurzzusammenfassung 1 Introduction 2 Theoretical
background 2.1 Host–guest complexes 2.1.1 The crown ether/ammonium binding
motif 2.1.2 Solvent effects 2.1.3 Counterion effects 2.2 Multivalency 2.3
Cooperative effects in multivalent systems 2.3.1 Allosteric cooperativity
2.3.2 Chelate cooperativity 2.3.3 Interannular cooperativity 2.3.4 The double
mutant cycle analysis 2.3.5 Statistical factors 2.4 Isothermal titration
calorimetry 3 Published work 3.1 Theoretical and experimental investigation of
crown/ammonium complexes in solution 3.1.1 Project summary 3.1.2 Author
contributions 3.2 Allosteric and chelate cooperativity in divalent crown
ether/ammonium complexes with strong binding enhancement 3.2.1 Project summary
3.2.2 Author contributions 3.3 Thermodynamic analysis of allosteric and
chelate cooperativity in di- and trivalent ammonium/crown-ether
pseudorotaxanes 3.3.1 Project summary 3.3.2 Author contributions 3.4 The
delicate balance of preorganisation and adaptability in multiply bonded
host–guest complexes 3.4.1 Project summary 3.4.2 Author contributions 3.5
Gating the photochromism of an azobenzene by strong host–guest interactions in
a divalent pseudo[2]rotaxane 3.5.1 Project summary 3.5.2 Author contributions
3.6 Discrete multiporphyrin pseudorotaxane assemblies from di- and tetravalent
porphyrin building blocks 3.6.1 Project summary 3.6.2 Author contributions 4
Conclusion Bibliography Appendix A.1 J. Comput. Chem. 2016, 37 (1), 18–24 A.2
Chem.—Eur. J. 2016, 22 (43), 15475–15484 A.3 Org. Lett. 2015, 17 (20),
5076–5079 A.4 Chem.—Eur. J. 2017, 23 (12), 2877–2883 A.5 Chem. Commun. 2015,
51 (48), 9777–9780 A.6 Beilstein J. Org. Chem. 2015, 11 (4), 748–762
dc.description.abstract
Multivalency is a molecular organisation principle to generate strong and
reversible intermolecular interactions. Generally speaking, there are two
opposing design principles for constructing synthetic multivalent systems: the
first exploits rigid and preorganised building blocks to reduce the entropic
penalty of the binding event. Although widely used in supramolecular
chemistry, such rigid complexes are sensitive to small geometric mismatches.
The second concept—often found in nature—avoids this sensitivity by
implementing adaptable, more flexible building blocks. At present, it remains
unclear as to which approach leads to more stable multivalent interactions.
Decoupling the multivalent association amplification into its component
parts—allosteric and chelate cooperativity—can elucidate the operating
principles behind the multivalent interaction, the impacts of structural
flexibility, and promote a better understanding of the effect. In turn, a
deeper understanding of these effects can inform a general “toolkit” for
tuning multivalent interactions towards specific applications. To address both
questions regarding the general mechanisms governing the multivalency effect
and the adaptability–preorganisation dichotomy, we investigated the
cooperative effects in crown ether/ammonium assemblies with varying numbers of
binding sites and different spacer lengths and flexibilities. The
thermodynamic analysis by isothermal titration calorimetry was complemented by
density functional theory calculations and molecular dynamics simulations. The
combined approach revealed a number of effects operating in the systems. The
ion-pairing between ammonium guests and their respective counterions strongly
affects allosteric cooperativity in the guests. This is counterbalanced by the
polarity of the chosen solvent. In the hosts, polarisable π-systems cause
negative allosteric cooperativities. As expected, small geometric mismatches
in rigid systems cause a significant drop in chelate cooperativity. The
flexible guests are less affected by geometric mismatches and, surprisingly,
generally exceed the more rigid structures in chelate cooperativity. The
ability of flexible spacers to correct for small geometric mismatches between
host and guest overcomes the entropic penalty incurred through conformational
restriction during binding. Moreover, favourable secondary spacer–spacer
interactions surpass any entropic penalty. A delicate balance between
preorganisation and adaptability is at play when multiply bonded structures
are concerned. From these findings, we derived our general toolkit: adaptable,
complementary systems are preferable over rigid preorganised systems with
respect to strong, reliably working multivalent interactions. Using our newly
developed toolkit, we demonstrate the successful tuning of a photoswitch.
Furthermore, we applied our design principle to program the self assembly of
di- and tetravalent porphyrin-based crown ether and ammonium building blocks
into discrete assemblies. The rigidity of the porphyrin scaffold is necessary
for complementarity and directionality of the interactions and rotational
flexibility between porphyrin scaffold and binding sites for correction of
possible mismatches. These and similar structures are promising building
blocks for the construction of more complex assemblies inheriting function in
the future.
de
dc.description.abstract
Durch Multivalenz können auf molekularer Ebene starke und dennoch reversible
Wechselwirkungen erzeugt werden. Dabei gibt es zwei gegensätzliche Ansätze, um
dieses molekulare Organisationsprinzip zu optimieren: Im ersten Ansatz wird
versucht, den Entropieverlust zu minimieren, der aus der Einschränkung der
konformellen Freiheitsgrade im gebundenen Zustand herrührt. Dafür werden
starre, vororganisierte Grundbausteine verwendet, welche bereits im
ungebundenen Zustand wenig konformelle Freiheitsgrade besitzen. Sie haben
jedoch den Nachteil, dass bereits kleine geometrische Unstimmigkeiten zwischen
den Bindungspartnern ungünstige Spannungen im Komplex hervorrufen. Der zweite
Ansatz versucht, diese Spannungen durch flexiblere, anpassungsfähige
Grundbausteine zu umgehen. Viele Systeme in der Natur verwenden dieses zweite
Konzept. In der supramolekularen Chemie ist jedoch das erste Konzept
verbreitet. Die Untersuchung der kooperativen Effekte (allosterische und
Chelatkooperativität) in einem multivalenten System kann Aufschluss darüber
geben, welcher der beiden Ansätze zuverlässiger ist. Außerdem können Hinweise
auf die Mechanismen, die der multivalenten Bindungsverstärkung zugrunde
liegen, gewonnen werden. Um beide Fragestellungen anzugehen, wurden die
kooperativen Effekte in Kronenether/ Ammonium-Komplexen abhängig von
Flexibilität und Länge des Gastbausteins untersucht. Die thermodynamische
Untersuchung mit isothermer Titrationskalorimetrie wurde durch
Dichtefunktionaltheorie- und Moleküldynamikrechnungen ergänzt. Diese
Untersuchungen deckten ein komplexes Zusammenspiel von Lösungsmittel- und
kooperativen Effekten auf. Die allosterische Kooperativität in den
Gastmolekülen wird hauptsächlich von der lösungsmittelabhängigen
Ionenpaarbildung zu ihren Gegenionen hervorgerufen. In den Wirtmolekülen wird
negative allosterische Kooperativität durch die Polarisierbarkeit ihrer
π-Systeme verursacht. Die Chelatkooperativität in Komplexen mit flexiblen
Gaststrukturen ist im Gegensatz zu den starren weitgehend unabhängig von
strukturellen Unstimmigkeiten zwischen Wirt- und Gastmolekülen.
Überraschenderweise haben Komplexe mit flexiblen Gaststrukturen generell
höhere Chelatkooperativitäten als die mit starren. Die Anpassungsfähigkeit der
flexiblen Strukturen scheint die Chelatkooperativität positiv zu beeinflussen.
Dabei werden die durch die multivalente Bindung hervorgerufenen
Entropieverluste kompensiert. Hinzu kommen enthalpisch günstige sekundäre
Wechselwirkungen der Verknüpfungsstrukturen (spacer) zwischen den einzelnen
Bindungsstellen. In multivalenten Systemen herrscht ein fragiles Gleichgewicht
zwischen Anpassungsfähigkeit und Vororganisation. Für die Entwicklung eines
verlässlich funktionierenden multivalenten Systems sollten komplementäre,
anpassungsfähige Strukturen bevorzugt eingesetzt werden. Mithilfe dieser
Erkenntnisse konnten wir eine supramolekulare, multivalente Wechselwirkung
nutzen, um die Funktion eines Photoschalters zu steuern. Die erworbenen
Kenntnisse zum Anpassungsfähigkeits/Vororganisations-Gleichgewicht
ermöglichten es uns, die Selbstanordnung (self-assembly) von di- und
tetravalenten Kronenether und Ammoniumbausteinen erfolgreich zu programmieren.
Diese Strukturen sind vielversprechende Vorläufer für eine künftige Anwendung
im Aufbau komplexerer Strukturen mit funktionalen Eigenschaften.
de
dc.format.extent
xii, 82 Seiten, 12 ungezählte Seiten, 24 Seiten
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
supramolecular chemistry
dc.subject
effective molarity
dc.subject
crown ether/ammonium complexes
dc.subject
thermodynamics
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::540 Chemie
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::540 Chemie::547 Organische Chemie
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::540 Chemie::541 Physikalische Chemie
dc.title
Cooperative effects in multivalent crown ether/ammonium assemblies
dc.contributor.inspector
Prof. Dr. Kevin Pagel
dc.contributor.inspector
Prof. Dr. Marcelo Calderón
dc.contributor.inspector
Dr. Andreas Springer
dc.contributor.firstReferee
Schalley, Christoph A.
dc.contributor.furtherReferee
Paulus, Beate
dc.date.accepted
2016-11-30
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000104528-6
dc.title.translated
Kooperativitätseffekte in multivalenten Kronenether/Ammonium-Komplexen
de
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000104528
refubium.note.author
Aus Copyrightgründen ist der überwiegende Anteil der Zeitschriftenartikel hier
nicht online veröffentlicht.
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FUDISS_derivate_000000021316
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