dc.contributor.author
Wehrl, Wolfgang
dc.date.accessioned
2018-06-08T01:06:02Z
dc.date.available
2005-01-22T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/12913
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-17111
dc.description
Inhaltsverzeichnis
1 Titelblatt und Inhalt
1 Zusammenfassung/Summary.............1
2
Einleitung...................................................................................5
2.1 Grundlagen der
Chlamydiaceen..................................................................5
2.1.1 Taxonomische
Einteilung..........................................................................5
2.1.2 Chlamydien-assoziierte
Krankheiten.........................................................5
2.1.2.1 Chlamydia
trachomatis........................................��......................6
2.1.2.2 Chlamydophila
pneumoniae.............................................................7
2.1.3 Lebenszyklus und Biologie der
Chlamydien...........................................7
2.2
Persistenz...................................................................................................................9
2.2.1 Persistenz und chronische
Krankheiten...................................................9
2.2.2 In-vitro induzierte
Persistenzarten............................................................10
2.2.3 Eisenmangel und
Persistenz......................................................................11
2.3 PmpD und die Adhäsion von C.
pneumoniae....................................12
2.3.1 Adhäsion und
Invasion.................................................................................12
2.3.2 Adhäsine und Adhäsinrezeptoren bei
Chlamydien...............................12
2.3.3 Die Familie der polymorphen
Membranproteine.....................................13
2.3.4
Autotransporter................................................................................................14
2.4
Zielsetzung.................................................................................................................14
3 Proteomanalyse akuter und persistenter Entwick-
lungsphasen von C. pneumoniae............
...........................................16
3.1
Problemstellung......................................................................................................16
3.2
Ergebnisse..................................................................................................................16
3.2.1 Metabolische Markierung bakterieller Proteine in infizierten Zellen
3.2.2 Strategien von C. pneumoniae während der frühen Persistenz-
phasen................................................................................................................22
3.2.2.1 Antwort von C. pneumoniae auf Eisenmangel zu Beginn der
Infektion..................................................................................................22
3.2.2.2 Änderungen in der Proteinkomposition nach Beginn der
Infektion.................................................................................................24
3.2.3 Strategien von C. pneumoniae zum Ende des
Infektionszyklus....................31
3.3
Diskussion.................................................................................................................34
3.3.1 Proteinbiosynthese der intrazellulären
Chlamydien..............................34
3.3.2 Regulationsmechanismen zu Beginn der Eisenmangel-
induzierten
Persistenz....................................................................................35
3.3.3 Schwerpunkte von C. pneumoniae bei der Differenzierung
von RK zu
EK....................................................................................................40
3.3.4
Ausblick.............................................................................................................42
4 Beschreibung und funktionelle Charakterisierung
des Autotransporters PmpD als Adhäsin von
C.
pneumoniae........................................................................................................43
4.1
Problemstellung.....................................................................................................43
4.2
Ergebnisse.................................................................................................................43
4.2.1 Synthese und posttranslationale
Modifizierung.....................................43
4.2.2 Lokalisierung an der
Bakterienoberfläche...............................................49
4.2.2.1 Lokalisierung im intrazellulären
Stadium..........................................49
4.2.2.2 Interaktion von N-pmpD mit extrazellulären
EK................................54
4.2.3 Biologische Aktivität und Funktion von
PmpD........................................57
4.2.3.1 Neutralisierung der Infektivität von EK in
vitro..................................57
4.2.3.2 Genfusionen an AIDA und Aufbau eines Modellsystems................60
4.2.3.3 Stimulierung von humanen
Monozyten..............................................63
4.3
Diskussion.................................................................................................................65
4.3.1 Prozessierung und Translokation von
PmpD.........................................65
4.3.2 Interaktion mit der Äußeren
Membran........................................................68
4.3.3 Interaktion mit den
Wirtszellen.....................................................................69
4.3.3.1 Interaktion mit Epithelzellen bei der
Infektion....................................69
4.3.3.2 Aktivierung von
Monozyten..................................................................72
4.3.4
Ausblick..............................................................................................................74
5
MATERIAL.......................................................................................................................75
5.1
Bakterienstämme...................................................................................................75
5.1.1 E.
coli...................................................................................................................75
5.2.2 C. pneumoniae und C.
trachomatis.............................................................75
5.2
Zelllinien.......................................................................................................................75
5.3
Plasmide.......................................................................................................................75
5.4
Oligonukleotide........................................................................................................76
5.5 Enzyme und
Kits.....................................................................................................76
5.6
Antikörper....................................................................................................................77
5.6.1 Primäre
Antikörper...........................................................................................77
5.6.2 Sekundäre
Antikörper.....................................................................................77
5.7 Puffer und
Lösungen...........................................................................................78
5.8 Medien und
Zusätze.............................................................................................81
5.9
Feinchemikalien......................................................................................................81
5.10 Geräte und
Verbrauchsmaterial................................................................82
5.11
Computersoftware..............................................................................................83
6
Methoden....................................................................................................................83
6.1 Arbeiten mit
Nukleinsäuren.............................................................................83
6.1.1 Isolierung von Plasmid-
DNA........................................................................83
6.1.1.1 Isolierung von Plasmid-DNA nach Holmes und Quigley
(Boiling-
Prep)........................................................................................83
6.1.1.2 Isolierung von Plasmid-DNA im mittleren Maßstab (Midi-Prep)
6.1.2
PCR.....................................................................................................................84
6.1.3
Gelelektrophorese...........................................................................................85
6.1.4 Enzymatische Modifizierung und Klonierung von DNA-Fragmenten
6.1.4.1 Spaltung von DNA mit Restriktionsendonukleasen und Ligation
6.1.4.2 Klonierung mit der Di-/Trinukleotid-
Methode..................................85
6.1.5 Fällung von
DNA.............................................................................................86
6.1.6 Herstellung kompetenter Bakterien und
Transformation....................86
6.2 Arbeiten mit
Proteinen.......................................................................................87
6.2.1 Eindimensionale
Gelelektrophorese.........................................................87
6.2.2 Zweidimensionale
Gelelektrophorese.......................................................88
6.2.3
Proteinfärbung................................................................................................88
6.2.4 Enzymatischer
Verdau.................................................................................88
6.2.4.1 Verdau von chlamydialen EK mit
Trypsin........................................88
6.2.4.2 Verdau von chlamydialen EK mit Proteinase
K..............................89
6.2.4.3 Verdau von Proteinspots mit
Trypsin................................................89
6.2.5 Proteinidentifizierung über die
Massenspektrometrie..........................89
6.2.5.1 MALDI und
PMF..................................................................................89
6.2.5.2 Peptidsequenzierung über ESI-
MS/MS............................................90
6.2.6 Westerblot und
Immundetektion.................................................................90
6.2.7
Immunpräzipitation.........................................................................................90
6.2.8 Proteinexpression zur Herstellung polyklonaler
Antikörper...............91
6.2.9
ELISA..................................................................................................................91
6.3 Arbeiten mit
Zellkulturen...................................................................................92
6.3.1 Kultivierung humaner
Epithelzellen...........................................................92
6.3.2 Kultivierung humaner
Monozyten..............................................................92
6.3.3 WST-1
Test........................................................................................................92
6.4 Arbeiten mit C.
pneumoniae...........................................................................93
6.4.1 Infektion von Epithelzellen mit C.
pneumoniae.......................................93
6.4.1.1 Aktive Infektion, Herstellung eines Bakterienstamms
und
Titerbestimmung...........................................................................93
6.4.1.2 Persistentes
Infektionsmodell............................................................93
6.4.1.3
Neutralisierungsversuche...................................................................94
6.4.2 Metabolische
Markierung..............................................................................94
6.4.3 Isolierung von RK und EK im
Dichtegradienten.....................................95
6.4.4 Isolierung von OM- und COMC-
Fraktionen...............................................95
6.4.5 Native Immun-Färbung infizierter
Zellen....................................................95
6.4.5.1
Immunfluoreszenz.................................................................................96
6.4.5.2
Elektronenmikroskopie........................................................................96
7
Literaturverzeichnis......................................................................................97
8
Anhang..........................................................................................................................108
8.1 Konstruktübersicht
............................................................................................108
8.2
Danksagung.............................................................................................................110
8.3 Veröffentlichungen aus dieser
Arbeit......................................................112
8.4
Lebenslauf.................................................................................................................113
8.5
Publikationsliste....................................................................................................114
8.6
Abkürzungen............................................................................................................115
dc.description.abstract
Chlamydien zählen zu den am weitest verbreiteten pathogenen Bakterien. Mit den
über Aerosole verbreiteten C. pneumoniae kommen bis zu 80% aller Menschen im
Laufe ihres Lebens ein- oder mehrmals in Kontakt. Der Lebenszyklus der
Chlamydien durchläuft zwei Phasen: Aus den infektiösen, Sporen-ähnlichen
Elementarkörperchen entwickeln sich intrazellulär die metabolisch aktiven
Retikularkörperchen, die sich teilen und schließlich wieder zu
Elementarkörperchen differenzieren. Infektionen mit C. pneumoniae verlaufen
meist asymptomatisch. Sie werden jedoch auch mit einer Vielzahl akuter und bei
fortgesetzter Dauer vor allem chronischer Krankheiten assoziiert. Krankheiten
wie Asthma, rheumatoide Arthritis, Artheriosklerose oder Altzheimer'sche
Krankheit entwickeln sich über einen längeren Zeitraum und werden in
Verbindung mit dem persistenten Entwicklungsstadium gebracht, in welchem die
Bakterien jahrelang verharren können. In der vorliegenden Arbeit wurde der
Beginn einer durch Eisenmangel ausgelösten persistenten Entwicklung auf
Proteinebene untersucht. Dazu wurde die metabolische Markierung der Proteine
der obligat intrazellulären Bakterien mit 35S etabliert und ein 2D-Referenzgel
von C. pneumoniae erstellt. Während in den ersten 24 h nach Infektion unter
Eisenmangel nur ein Proteinspot signifikant hochreguliert war, wurden im
Zeitraum von 24-48 h 11 hoch- und 8 herunterregulierte Proteinspezies
gefunden. Die Identifizierung des Chromosomen-Partitionierungsproteins (ParB)
als ein in der Persistenz herunterreguliertes Protein steht in Einklang mit
bekanntem Beobachtungen, nach denen die Zellteilung persistenter Chlamydien
gestört ist. Mit den differentiell regulierten Enzymen Thioredoxin-Reduktase
(TrxB) und der Adenosylmethionin-8-Amino-7-Oxononanoat Aminotransferase (BioA)
wurden Hinweise auf metabolische Besonderheiten gefunden, die wie die
hypothetischen Proteine mit unbekannter Funktion Cpn0011 und Cpn0623 Ziele
weitergehender Arbeiten sein können. Proteine am Ende des aktiven Lebenszyklus
wiesen auf Stoffwechsel- und Biosyntheseaktivität hin (Glukose-6-phosphat
Dehydrogenase, Glycerinaldehyde-3-phosphat Dehydrogenase,
Glukosamin-6-phosphat Isomerase/Deaminase, Thiol-spezifische Antioxidanz
Peroxidase, EF-Ts und Hsp70), auf die Umorganisation der Bakterienmembran beim
Übergang der Retikularkörperchen in die infektiösen und osmotisch stabilen
Elementarkörperchen (Acyl-carrier Protein Synthase, Penizillin Toleranz
Protein LytB und 10 kDa Chaperonin), sowie auf Synthese und Zusammensetzung
des Typ III-Sekretionsapparates in den späten Retikularkörperchen (Yop
Translokations-Protein S). Die beiden polymorphen Membranproteine PmpD und
PmpG/I waren in den Retikularkörperchen in Fragmenten vorhanden. Eine Spaltung
steht im Einklang mit bioinformatischen Analysen, die einen Typ
V-Sekretionsmechanismus für die Proteine der Pmp-Familie vorhersagen.
Prozessierung, Lokalisierung und Funktion des potentiellen Autotransporters
PmpD wurden daher näher untersucht. Mit Antikörpern gegen den N-terminalen
Teil von PmpD konnten durch Immunblots infizierter HEp-2 Zellen sowie
isolierter Elementarkörperchen die sukzessive Prozessierung und das Verbleiben
des abgespaltenen N-Terminus über eine feste Interaktion mit der äußeren
Membran aufgeklärt werden. Immunfluoreszenz, -elektronenmikroskopie und
limitierender Trypsinverdau verifizierten die Lokalisierung des N-Terminus an
der Oberfläche sowohl der intrazellulären Retikular- als auch der
extrazellulären Elementarkörperchen. Die Antikörper neutralisierten die
Infektivität von C. pneumoniae in vitro, ein Indiz für eine Funktion von PmpD
bei Adhäsion und/oder Invasion eukaryontischer Zellen. Postuliert worden war
diese Rolle durch die für die Pmp charakteristischen Aminosäuremotive GGAI und
FxxN, die auch Adhäsinen anderer Organismen zu eigen sind. Darüberhinaus
stimulierte der rekombinante, N-terminale Teil von PmpD die metabolische
Aktivität menschlicher Monozyten sowie deren IL-8 Sekretion
konzentrationsabhängig in vitro. Dabei hatten Komplexe des rekombinanten
Proteins mit dem Antikörper, hitzedenaturiertes oder mit Trypsin verdautes
Protein den stärksten Effekt. PmpD könnte somit ein Pathogenitätsfaktor sein,
der wie andere Moduline unabhängig von Endotoxinen zur Inflammation und den
nachfolgenden Gewebeläsionen bei Infektionen mit C. pneumoniae beiträgt.
de
dc.description.abstract
Chlamydiae are among the most widely distributed pathogenic bacteria. About
80% of the population gets infected at least once during their lifetime with
the airborne species C. pneumoniae. The chlamydial life cycle can be divided
into two phases: Infectious, sporelike elementary bodies differentiate inside
the cell into the metabolically active reticular bodies. The reticular bodies
divide by binary fission and develope back into elementary bodies at the end
of the life cycle. Most of the primary infections with C. pneumoniae are
subclinical or asymptomatic but in the long term associated with a variety of
acute and chronic diseases. Examples of these chronic diseases are asthma,
rheumatoic arthritis, atherosclerosis and altzheimer disease. Bacteria that
cause chronic diseases are considered to be in a persistent state that can
last for years. Here, the initial events leading into the persistent state
induced by iron deficiency was analyzed on protein level. The metabolic
labelling of the obligate intracellular bacteria using 35S was established and
a reference gel from the C. pneumoniae proteome was established. During the
first 24 h post infection only one protein spot was significantly upregulated
under iron deficiency. From 24-48 h, 11 protein species were found to be up-
and 8 were found to be downregulated. Among the downregulated proteins the
Chromosom Partitioning protein (ParB) could be identified, which is in
agreement with the observation of an altered or interrupted cell division in
persistent Chlamydiae. The two differentially regulated enzymes Thioredoxine
Reductase (TrxB) and Adenosylmethionine-8-Amino-7-Oxononanoate
Aminotransferase (BioA) point into the direction of metabolic alterations that
can be the focus of further research, together with targets like the
identified, hypothetical proteins Cpn0011 and Cpn0623 with unknown functions.
Proteins present at the end of the active life cycle are responsible for
metabolic and biosynthetic processes (Glucose-6-phosphate Dehydrogenase,
Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase, Glucoamine-6-phosphate
Isomerase/Desaminase, Thiol-specific Antioxidant Peroxidase, EF-Ts and Hsp70),
for reorganisation of the bacterial membrane from reticular bodies into the
infectious and osmotically stabile elemetary bodies (Acyl-carrier protein
Synthase, Penicillin Tolerance Protein LytB and 10 kDa Chaperonine), as well
as for synthesis and assembly of the type III-secretion apparatus in the late
reticular bodies (Yop Translocation protein S). The two polymorphic membrane
proteins PmpD and PmpG/I were found to be present as fragments in the
reticular bodies. Cleavage of these proteins was in agreement to bioinformatic
analyses that predicted a type V-secretion mechanism for proteins of the Pmp-
family. Processing, localization and function of the putative autotransporter
PmpD was therefore studied in more detail. The successive processing steps and
the fate of the cleaved N-terminus attached to the outer membrane via a strong
interaction could be demonstrated with immunoblots of infected HEp-2 cells and
isolated elementary bodies using antibodies raised against the N-terminal part
of PmpD. Localization of the N-terminus on the surface of both, the
intracellular reticular bodies and the extracellular elementary bodies could
further be shown by immunofluorescence- and immunoelectron microscopy. The
antobodies neutralized infectivity of C. pneumoniae in vitro indicating a
function of PmpD in adhesion and/or invasion of eukaryotic cells. This
functional role for Pmp proteins was postulated before due to their
characteristic GGAI and FxxN tetraaminoacid motifs reminiscent of adhesins in
other organisms. Moreover, the recombinant N-terminal part of PmpD stimulated
mebabolic activity of human monocytes and IL-8 release in a concentration-
dependent manner in vitro. Interestingly, complexes of the recombinant protein
with antibodies, heat-denatured protein or tryptic peptides had the strongest
activity. Therefore, PmpD can be considered to be a pathogenicity factor
possibly contributing to inflammation and tissue damaging in the course of
natural infections with C. pneumoniae independently of endotoxins in analogy
to other members of the so called modulines.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
Chlamydia Chlamydophila proteome protein autotransporter
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::570 Biowissenschaften; Biologie
dc.title
Funktionelle Proteomanalyse von Chlamydophila pneumoniae
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. Thomas F. Meyer
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Volker A. Erdmann
dc.date.accepted
2005-01-10
dc.date.embargoEnd
2005-01-24
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-2005000184
dc.title.translated
Functional proteome analysis of Chlamydophila pneumoniae
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000001592
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2005/18/
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000001592
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access