dc.contributor.author
Prüß, Maik Martin
dc.date.accessioned
2018-06-08T00:08:40Z
dc.date.available
2000-07-03T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/11516
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-15714
dc.description
0\. Titel und Inhaltsverzeichnis
1\. Einleitung
1.1. Hämatopoese - ein molekularbiologischer Überblick
1.2. Leukämien - die maligne Hämatopoese
1.3. LMO2 und seine Rolle bei der T-ALL und der normalen Hämatopoese
1.4. Ziele der Analysen
2\. Material
3\. Methoden
3.1. DNA-Präparation
3.2. DNA-Analyse
3.2.1. Messung der DNA-Konzentration und Restriktionsverdau
3.2.2. Southern Blot
3.2.3. Radioaktive Markierung und Hybridisierung
3.2.4. DNA-Sequenzierung
3.2.5. Zellkern-Präparation und DNaseI-Verdau
3.3. Klonierung von DNA-Fragmenten
3.4. Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR)
3.4.1. PCR-Bedingungen
3.4.2. RT-PCR und RACE (Rapid amplification of cDNA ends
3.5. EMSA und Supershift-Assay
3.6. RNA-Präparation
3.7. Formaldehyd-Gel, Northern Blot und Hybridisierung
3.8. Kernprotein-Präparation und Dialyse
3.9. Zellkultur
3.9.1. Säugerzellen in Kultur, Mycoplasmendetektion und Färbung
3.9.2. Transfektion
3.9.3. Reportergen/Luciferase-Assay
3.9.4. Sense-/Decoy-Assay mit PTOs
3.10. Bioinformatik
4\. Ergebnisse
4.1. Charakterisierung und Verifizierung der Zellinien
4.1.1. Molekulargenetische Charakterisierung
4.1.2. Zytogenetische Verifizierung und Mycoplasmen-Detektion
4.2. Genomische Sequenzierung der 5ý-flankierenden Region
4.3. Kartierung von DNaseI hypersensitiven Stellen
4.4. EMSA und Supershift-Assays
4.5. In vivo Funktionsanalysen
4.5.1. Sense-/Decoy-Assay mit PTOs
4.5.2. Reportergen/Luciferase-Assay
4.6. Transkriptanalysen
5\. Diskussion
5.1. Charakterisierung der stromaufwärts liegenden Region von LMO2
5.2. Alternative Transkripte, Promotor P2 und Einfluß von LMO2 auf eine
Leukämogenese
5.3. Weitere Studien und Ausblick
6\. Zusammenfassung
6.1. Deutsche Zusammenfassung
6.2. Englische Zusammenfassung (Summary)
7\. Literaturverzeichnis
7.1. Veröffentlichungen
7.2. Eigene Veröffentlichungen
8\. Anhang
8.1. Abkürzungsverzeichnis
8.2. Abbildungsverzeichnis
8.3. Tabellenverzeichnis
8.4. Sequenzverzeichnis
8.5. Lebenslauf
8.6. Danksagung
dc.description.abstract
Das LMO2-Gen ist an der Entwicklung nahezu aller hämatopoetischen Linien,
insbesondere der erythroiden Linie, involviert. Mindestens zwei verschiedene
Promotoren (P1 und P2) werden für die Regulation des Gens postuliert. In
dieser Dissertation wurde die erythroid-spezifische Transkriptionsregulation
von LMO2 über P1 mittels Electrophoretic mobility shift assays, Reportergen-
Assays und Kartierung von DNaseI hypersensitiver Stellen (DHS) analysiert.
Zusätzlich wurden alternative Transkripte identifiziert und eine DHS-
Kartierung im Bereich des putativen P2 in erythroiden, lymphoiden und
embryonalen Nierenzellen durchgeführt. Sequenzanalysen lieferten, zusätzlich
zu den bereits bekannten Bindestellen für GATA1 und SP1 am
Transkriptionsstart, sechs weitere mögliche Bindestellen für GATA1, eine
CCAAT-Box und eine E-Box. Eine nicht-linienspezifische (DHS2) und vier
erythroid-spezifische DHS (DHS1, 3, 4, 5) sind identifiziert worden. DHS1
wurde unmittelbar am Transkriptionsstart lokalisiert. In vitro hat GATA1 DNA-
Fragmente, die GATA1-Bindestellen aus dem Bereich der DHS1, DHS3, DHS4 und
DHS5 enthielten, gebunden. Welche Faktoren an der erythroid-spezifischen
Regulation von LMO2 beteiligt sind, wurde mittels Reportergen-Assays in nicht-
erythroiden NIH3T3-Zellen untersucht. Expressionsvektoren für GATA1, SP1 und
FOG1 (Friend of GATA) wurden mit Promotor P1-Konstrukten co-transfiziert. Ein
Wildtyp-Konstrukt, das zwei intakte GATA1- und eine SP1-Bindestelle enthält
und ein Mutanten-Konstrukt, in dem beide GATA1-Bindestellen inaktiviert wurden
zeigten keine Aktivität in NIH3T3-Zellen. Co-Transfektion von
GATA1-Expressionsvektor führte zur 4-5-fachen Aktivierung des
Wildtyp-P1-Konstruktes, während das Mutanten-P1-Konstrukt nicht aktiviert
wurde. SP1 zeigte eine geringe Aktivierung. GATA1 ist für die erythroid-
spezifische Regulation von LMO2 verantwortlich. Synergistische Effekte
zwischen GATA1 und SP1 in der Regulation von LMO2 waren nicht zu beobachten,
während die Ergebnisse der Reportergen-Assays auf eine Kooperation zwischen
GATA1 und FOG1 hinweisen. Durch Sense-/Decoy-Experimente mit Phosphothioat-
Oligonukleotiden in HEL-Zellen wurde GATA1 in vivo abgefangen und eine
Expressionsänderung von LMO2 im Northern Blot untersucht. Eine sehr geringe
Änderung der LMO2-Expression war mit dem Wildtyp-Oligo nachweisbar.
Alternative Transkripte (LMO2c und LMO2d) wurden in fötaler Leber beobachtet,
sie codieren wahrscheinlich für kein Protein und ihre biologische Aktivität
ist fraglich. DNaseI hypersensitive Stellen konnten im Bereich des putativen
P2 in erythroiden, lymphoiden und embryonalen Nierenzellen nicht kartiert
werden.
de
dc.description.abstract
The LMO2 gene is involved in the development of nearly all hematopoietic
lineages, especially the erythropoietic lineage. Two different promoters (P1
and P2) were postulated for the gene. The erythroid specific regulation of the
LMO2 transcription via P1 was analysed in this thesis with EMSAýs
(Electrophoretic mobility shift assays), reporter gene assays and DNaseI
hypersensitive sites (DHS) mapping. Additionally alternative transcripts were
identified and DHS mapping for the putative P2 were performed in erythroid,
lymphoid and embryonal kidney cells. Sequence analysis identified six GATA1
binding sites, a CCAAT-box and an E-box, additionally to the known GATA1 and
SP1 sites very close to the transcription start. One non-specific site (DHS2)
and four erythroid specific sites (DHS1, 3, 4 and 5) were found. DHS1 is
located very close to the transcription start. GATA1 bound in vitro DNA-
fragments from the mapped erythroid DHS sites, containing GATA binding sites.
The factors involved in the erythroid specific regulation of LMO2 were
analysed by reporter gene assays in non-erythroid NIH3T3 cells. Expression
vectors for GATA1, SP1 and FOG1 (Friend of GATA1) were co-transfected with the
promoter P1 constructs. A wildtype construct with two GATA1 and one SP1 site
and a mutant construct, where both GATA1 binding sites were inactivated showed
no activity in NIH3T3 cells. The wildtype construct was activated 4-5 fold by
co-transfection with GATA1 expression vector, but not the mutant construct.
SP1 leads to a weaker activation. GATA1 was identified as the erythroid
specific regulator of LMO2. Synergistic effects between GATA1 and SP1 in the
regulation of LMO2 was not observed. In contrast, a co-operation between GATA1
and FOG1 may be possible from the results of the reporter gene assays.
Sense/Decoy experiments with phosphorothioate oligonucleotides (PTO) in HEL
cells were used to study the control of the LMO2 expression. LMO2 expression
was analysed after PTO addition by northern blots. A small reduction of the
LMO2 expression was detected with wildtype PTOs. New alternative transcripts
(LMO2c and LMO2d) were found in fetal liver, but they do not encode a protein
and their biological activity is unknown. DHS sites in the region, where the
putative P2 is expected, could not be identified in erythroid, lymphoid and
fetal kidney cells.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
transcriptional regulation
dc.subject
erythropoiesis
dc.subject
haematopoiesis
dc.subject
protein-DNA-interaction
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::570 Biowissenschaften; Biologie
dc.title
Analyse der Transkriptionsregulation von LMO2: Ein T-Zell Onkogen und
essentieller hämatopoetischer Faktor
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. Brigitte Royer-Pokora
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Dr. Manfred Schweiger
dc.date.accepted
2000-06-06
dc.date.embargoEnd
2000-08-24
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-2000000647
dc.title.translated
Analysis of the transcriptional regulation of LMO2: A T-cell oncogene and
essential haematopoietic factor
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000000258
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2000/64/
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000000258
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access