dc.contributor.author
Assaf, Chalid
dc.date.accessioned
2018-06-08T00:07:33Z
dc.date.available
2001-12-11T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/11497
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-15695
dc.description
Titelblatt, Inhaltsverzeichnis
1 Abkürzungen 6
2 Einleitung 7
2.1 Allgemeines 7
2.2 Klassifikation der Non-Hodgkin-Lymphome 8
2.3 Der T-Zell-Rezeptor: Aufbau und Funktion 10
2.4 Konfiguration der T-Zell-Rezeptor Gene in lymphatischen Zellen 11
2.5 Analyse der T-Zell-Rezeptor Gene mittels Polymerase-Kettenreaktion 15
2.6 Fragestellung und Ziele der Arbeit 17
3 Material und Methoden 18
3.1 Bezugsquellen für die verwendeten Geräte 18
3.2 Bezugsquellen für die verwendeten Chemikalien und Verbrauchsmaterial 19
3.3 Kontrollgewebe 19
3.4 Maligne Lymphome der T-Zellreihe 19
3.5 Histologie und Immunhistologie 20
3.6 DNA-Extraktion 21
3.6.1 Automatische DANN-Isolierung aus Patientenmaterial 21
3.6.2 DNA-Extraktion aus Paraffin-eingebettetem Gewebe 22
3.6.3 Isolierung mononukleärer Zellen (Ficoll-Gradient) 22
3.7 Bestimmung der DANN-Konzentration 22
3.8 Entwicklung einer PCR-Methode zum Nachweis von Umlagerungen der
TCR-ß-Kette 23
3.8.1 Kriterien für die Primerauswahl 23
3.8.2 Primersynthese 23
3.8.3 Aufreinigung der Oligonukleotide mittels HPLC 24
3.8.4 Optimierung der PCR-Bedingungen 24
3.8.5 Kontrollexperimente 24
3.9 Polyacrylamidgelelektrophorese (PAGE) 25
3.9.1 Herstellung eines Polyacrylamidgels 26
3.9.2 Photodokumentation 26
3.10 Sequenzanalyse der Amplifikate 26
3.10.1 Sequenzreaktion 27
3.10.2 Auswertung der Sequenzen 29
3.11 Analyse von PCR-Produkten (GENESCAN-Analyse) 29
3.11.1 Vorbereitung der Gelelektrophorese 30
3.11.2 Probenvorbereitung für die Elektrophorese 31
3.11.3 Größenbestimmung von DNA-Fragmenten 32
4 Ergebnisse 33
4.1 Methodische Entwicklung 33
4.1.1 Etablierung einer TCR-ß PCR mittels hochdegenerierter Jß-Konsensusprimer
33
4.1.2 Eigene Entwicklung einer familienspezifischen TCR-ß PCR 35
4.1.3 Primerselektion für die Jß-Segmente 35
4.1.4 Primerselektion für die Vb-Segmente 36
4.1.5 Etablierung der Reaktionsbedingungen 38
4.1.6 Etablierung der GENESCAN-Analyse 40
4.1.7 Spezifität der familienspezifischen TCR-b PCR 41
4.1.8 Sensitivität der familienspezifischen TCR-b PCR 43
4.1.9 Sequenzanalyse von TCR-ß PCR-Produktion 44
4.1.10 Optimierung einer TCR-y PCR 46
4.1.11 Spezifität der TCR-g PCR 46
4.1.12 Sensitivität der TCR-g PCR 48
4.2 Untersuchung von Patientenmaterial 49
4.2.1 Molekularbiologische Verlaufsuntersuchung von CTCL-Patienten mittels
TCR-ß PCR im Vergleich zur TCR-y PCR 49
4.2.2 TCR-ß Analyse transformierter kutaner T-Zell-Lymphome 54
4.2.3 Klonalitätsanalysen von nicht-kutanen T-NHL mittels TCR-ß PCR im
Vergleich zur TCR-y PCR 58
4.2.4 Untersuchung von reaktiven Hautveränderungen mittels TCR-ß und TCR-y PCR
62
4.2.5 Zusammenfassender Vergleich der familienspezifischen TCR-ß PCR mit der
TCR-y PCR 64
5 Diskussion 65
5.1 Methodische Aspekte 66
5.1.1 Vergleich bisher publizierter TCR-b PCRs 66
5.1.2 Vergleich mit der familienspezifischen TCR-b PCR 68
5.1.3 Vergleich der familienspezifischen TCR-b PCR mit TCR-y PCRs 69
5.1.4 Klonalitätsanalyse mittels GENESCAN-Technik 70
5.2 Klinische Aspekte 71
5.2.1 Untersuchung von normalem und reaktivem Gewebe 71
5.2.2 Maligne T-Zellproliferationen 71
5.2.3 Vorläuer-T-lymphoblastische Lymphome/Leukämien 72
5.2.4 Peripheres T-Zell-Lymphom, unspezifiziert 72
5.2.5 Kutane T-Zell-Lymphome 73
5.2.6 Anaplastisch großzellige Lymphome 76
5.2.7 Angioimmunoblastische T-Zell-Lymphome 77
5.2.8 Enteropathieassozierte T-Zell-Lymphome 78
5.2.9 Nasale T/NK-Zell-Lymphome 79
5.2.10 Morbus Hodgkin 79
6 Zusammenfassung 81
7 Literaturverzeichnis 82
8 Anhang 84
dc.description.abstract
T-Zell-Lymphome treten in verschiedenen klinischen und histologischen
Erscheinungsformen auf, die ihre Abgrenzung von nicht-malignen T-Zell
Lymphoproliferationen häufig schwierig macht. Der Nachweis klonaler T
-Zellrezeptor-Umlagerungen bietet für diese Unterscheidung eine wichtige
Hilfestellung, da maligne T-NHL sich immer durch eine klonale T-Zellpopulation
mit identischen T-Zellrezeptor-Umlagerungen auszeichnen.
Ziel der vorliegenden Dissertation war die Entwicklung einer neuen Methode zum
Nachweis klonaler T-Zellrezeptor-Umlagerungen. Hierfür wurden 13 neue Jb-
Primer generiert, die zusammen mit einem modifizierten Vb-Primer eingesetzt
wurden. Darüber hinaus wurde für die Analyse der entstandenen PCR-Produkte ein
neues automatisiertes Trennverfahren (GENESCAN) etabliert und angewendet, das
in der Lage ist, PCR-Produkte bis auf ein einziges Basenpaar zu unterscheiden.
Schließlich wurde das neu entwickelte TCR-b PCR-Verfahren mit einem
bestehenden TCR-g Verfahren verglichen.
In einer großen Vergleichsstudie mit 132 Proben von 62 Patienten mit
verschiedenen T-Zell-Lymphomen- bzw. Leukämien konnten wir mittels der
familienspezifischen TCR-b PCR in 61/62 der Fälle (98,4 %) eine monokonale
TCR-b Umlagerung nachweisen. Zusätzlich konnte der identische T-Zellklon in
15/18 korrespondierenden regionären Lymphknoten und in 7/11 Blutproben
detektiert werden. Im Gegensatz hierzu zeigte die TCR-g PCR eine T-Zell-
Klonalität lediglich in 50/62 (80 %) Patienten sowie in 63 % der Lymphknoten
und 44 % der Blutproben.
Die Ergebnisse zeigen, daß die neue TCR-b PCR in der Lage ist, praktisch alle
klonalen T-Zellpopulationen nachzuweisen. Da dieser Nachweis nicht auf
qualitativ hochwertige DNA beschränkt ist, sondern auch bei in Paraffin-
eingebettetem Gewebematerial gleiche Ergebnisse liefert, ist das hier
beschriebene Verfahren allen anderen bisher eingesetzten Methoden überlegen.
Damit stellt die im Rahmen dieser Arbeit entwickelte und etablierte TCR-b PCR
eine echte Alternative zu den bisher verwendeten Nachweismethoden dar.
de
dc.description.abstract
The distinction between benign polyclonal and malignant monoclonal lymphoid
disorders by
morphology or immunophenotyping is frequently difficult. Therefore, the
demonstration of clonal B-cell or T-cell populations by detecting identically
rearranged immunoglobulin (Ig) or T-cell receptor (TCR) genes is often used to
solve this diagnostic problem. Whereas the detection of rearranged Ig genes is
well established, TCR g (gamma) and b (beta) gene rearrangements often escape
detection with the currently available polymerase chain reaction (PCR) assays.
To establish a sensitive, specific, and rapid method for the detection of
rearranged TCR-b genes, we developed a new PCR approach with family-specific
Jb primers and analyzed the resulting PCR products by high-resolution GeneScan
technique. The superior efficiency of this new method was demonstrated by
investigating 132 DNA samples extracted from lymph node and skin biopsy
specimens (mostly formalin fixed) and blood samples of 62 patients who had a
variety of T-cell lymphomas and leukemias. In all but 1 of the tumor samples
(98.4%) a clonal amplificate was detectable after TCR-b PCR and the same
clonal T-cell population was also found in 15 of 18 (83%) of the regional
lymph nodes and in 7 of 11 (64%) of the peripheral blood samples. Direct
comparison of these results with those obtained currently by the most widely
applied TCR-g PCR revealed an approximate 20% lower detection rate in the same
set of samples than with the TCR-b PCR method. These results indicate that the
new TCR-b PCR is most suitable for a rapid and reliable detection of clonal
T-cell populations.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
family-specific PCR
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::610 Medizin und Gesundheit::610 Medizin und Gesundheit
dc.title
Nachweis monoklonaler Umlagerungen der Beta-Kette des T-Zell-Rezeptor-Gens
mittels einer neu entwickelten Polymerase-Kettenreaktion in Verbindung mit der
GENESCAN-Technik
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. med. Harald Stein
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. med. Thomas Blankenstein
dc.date.accepted
2001-12-14
dc.date.embargoEnd
2001-12-12
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-2001002586
dc.title.translated
High detection rate of T-cell receptor beta chain rearrangements in T-cell
lymphoproliferations by family specific polymerase chain reaction in
combination with the GeneScan technique and DNA sequencing
en
refubium.affiliation
Charité - Universitätsmedizin Berlin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000000476
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2001/258/
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FUDISS_derivate_000000000476
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open access