dc.contributor.author
Zeller, Rene
dc.date.accessioned
2018-06-07T23:38:19Z
dc.date.available
2003-03-09T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/10762
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-14960
dc.description
0\. Titelseite/Inhaltsverzeichnis
1\. Einführung 1
1.1 Modellorganismen in der Entwicklungsbiologie 2
1.2 Zebrafisch als Modellorganismus 3
1.3 Entwicklung des Zebrafischembryos 3
1.4 Genetisch bedingte Krankheiten im Menschen und die entsprechende
Zebrafischmutante
1.4.1 Blut/Haematopoiesis 5
1.4.2 Herz 8
1.4.3 Niere 9
1.4.4 Zentrales Nervensystem 10
1.5 Physiologische Methoden im Zebrafisch 12
1.6 Zielsetzung der Arbeit 12
2\. Material und Methoden 13
2.1 Identifikation von Zebrafisch Homologen zu menschlichen Krankheitsgenen:
Datenbank Konstruktion und BLAST- Suche 13
2.2 Fischhaltung und Embryonengewinnung 13
2.3 Anzüchtung von Klonen der cDNA Bibliothek RZPDp609 14
2.4 Plasmid Präparation-Minipreps und EcoR1 Verdau 16
2.5 Herstellung von Antisense-RNA-Sonden mittels DIG-Markierung 17
2.6 Manuelle in situ Hybridisierung der whole-mount Embryonen 17
2.6.1 Rehydratation der Embryonen 17
2.6.2 Prähybridisierung 18
2.6.3 Hybridisierung 18
2.6.4 Posthybridisierung 19
2.7 Automatisierte whole-mount in situ Hybridisierung 20
2.8 Photographische Dokumentation 20
2.9 Lösungen und Puffer 21
3\. Ergebnisse 22
3.1 Einführung 22
3.2.1 Identifizierung von Homologen der Zebrafisch EST Bibliothek und beim
Menschen in Krankheiten involvierten Genen 22
3.2.2 Charakterisierung von Zebrafisch Homologen mit menschlichen
Krankheitsgenen auf der Basis von Gensequenzen 36
3.2.3 Charakterisierung von Zebrafisch Homologen mit menschlichen
Krankheitsgenen auf der Basis von Krankheiten 36
3.3 Stadien der Zebrafischentwicklung 37
3.4 Whole-mount in situ Hybridisierungsscreen
3.4.1 Screening von 150 Klonen (ESTs) 37
3.4.2 Beschreibung der Expressionsmuster 42
3.4.2.1 Blut/Haematopoiese 42
3.4.2.2 Herz 43
3.4.2.3 Niere 45
3.4.2.4 Zentrales Nervensystem 46
3.4.2.5 Andere Organe 48
4\. Diskussion 51
4.1 Einführung 51
4.2 Sequenzanalyse 51
4.3 Bedeutung für die biomedizinische Forschung 52
4.4 Korrelation zwischen Expressionsmuster und Krankheit 53
4.4.1 Klon RZPDp609A0329 54
4.4.2 Klon RZPDp609P0227 55
4.4.3 Klon RZPDp609I0626 56
4.4.4 Klon RZPDp609B2017 56
4.4.5 Klon RZPDp609K1732 57
4.4.6 Klon RZPDp609L0444 57
4.4.7 Klon RZPDp609F2227 58
4.4.8 Klon RZPDp609J0811 59
5\. Zusammenfassung 60
6\. Literatur 61
7\. Abkürzungsverzeichnis 69
8\. Danksagung 71
dc.description.abstract
Der Zebrafisch hat sich in den letzten Jahren zu einem wichtigen
Modellorganismus in der Molekulargenetik und Embryologie entwickelt, da sich
in ihm vielseitige experimentelle Ansätze aus beiden Gebieten vereinigen
lassen. Nach wie vor sind jedoch viele seiner Gene unbekannt. Das Zebrafisch
EST Projekt der Washington University in St. Louis (USA) hat zum Ziel, neue
Gene zu finden und zu charakterisieren. Diese Arbeit konzentrierte sich dabei
auf diejenigen Klone aus der EST Bibliothek (Inhalt ~25 000 Klone), welche
Homologien zu Genen aufweisen, die beim Menschen in Krankheitsvorgängen
beschrieben sind. Eine Datenbank von 922 Genen, die beim Menschen als in
Krankheiten impliziert ausgewiesen sind (Stand Dezember 1999), bildete die
Grundlage dieser Arbeit. Für die Klonselektion wurde ein unteres Limit der
Homologie von 70% auf Aminosäurenebene zwischen dieser Datenbank und den
Zebrafisch EST-Sequenzen festgelegt. 186 Klone erfüllten dieses Kriterium. 150
von ihnen wurden mittels whole-mount-in-situ Hybridisierung (RNA-antisense
Sonden) auf ihr Expressionsverhalten während der Entwicklung des
Zebrafischembryos in einem Stadium von 6, 10, 14, 18, 24 und 36 Stunden nach
der Befruchtung untersucht. Bei 39 differentiell exprimierten Klonen (26%)
konnte man eine Aussage zu räumlicher und zeitlicher Expression machen. Acht
Klone wurden beispielhaft in dieser Arbeit analysiert. Diese Klone sind
bevorzugte Kandidaten für eine weitere funktionelle Analyse. Durch die
Sequenzverifikation der ausgewählten Klone mit den mittels high-through-output
Technologie ermittelten Sequenzen des Washington EST Projekt kann man ferner
eine Aussage zur Höhe des Anteils der falschen Zuordnung von Sequenz und
Klonen machen. Bei den in dieser Arbeit untersuchten 186 Klonen waren 46
Sequenzen (24%) nicht korrekt. Dieser Anteil bewegt sich knapp über der
Annahme der Washington University für falsche Zuordnungen (15-20%).
de
dc.description.abstract
The zebrafish has emerged in recent years as a valuable organism in molecular
biology and embryology since versatile experimental procedures from both areas
can be combined in it. However many of its genes are unknown. The Zebrafisch
EST project of the Washington University in St. Louis (USA) has the goal to
find and characterize new genes. This work concentrated on those clones from
an EST library (content ~25 000 clones) which are homologues to genes
described as involved in human diseases. A database of 922 genes, which are
proved to be implied in human diseases (as at December 1999), formed the basis
of this work. For the clone selection the limit of the homology was specified
to 70% on amino acid level between this database and the zebrafish EST
sequences. 186 clones fulfilled this criterion. 150 of them were examined by
means of whole mount in situ hybridisation (RNA antisense probes) for their
expression pattern during the development of the zebrafish embryos in a stage
by 6, 10, 14, 18, 24 and 36 hours after fertilization. For 39 clones (26%) one
could make a statement concerning the spatial and temporal expression. Eight
clones were analyzed as specimens in this work. These clones are preferential
candidates for a further functional analysis. By the sequence verification of
the selected clones with the sequences obtained from the Washington EST
project, determined by means of high through output technology one can make a
statement concerning the height of the portion of the wrong allocation of
sequence and clones. Within this work 46 sequences of 186 clones were
incorrect (24%). This portion moves scarcely over the percentage submitted
from the Washington University for wrong allocations (15-20%).
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
in-situ hybridisation
dc.subject
human diseases
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::610 Medizin und Gesundheit::610 Medizin und Gesundheit
dc.title
Whole-mount in situ Hybridisierungsscreen im Zebrafisch von Homologen
krankheitsinvolvierter Gene im Menschen
dc.contributor.firstReferee
Professor Dr. Friedrich Körber
dc.contributor.furtherReferee
Professor Dr. Karl Sperling
dc.date.accepted
2003-04-11
dc.date.embargoEnd
2003-04-02
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-2003000765
dc.title.translated
Whole-mount in situ hybridisationscreen in Zebrafish of homologues of genes
involved in human diseases
en
refubium.affiliation
Charité - Universitätsmedizin Berlin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000000933
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2003/76/
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000000933
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access