dc.contributor.author
Zimmermann, Anja
dc.date.accessioned
2018-06-07T23:19:56Z
dc.date.available
2015-01-20T10:24:39.890Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/10355
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-14553
dc.description
Inhaltsverzeichnis 1
Einleitung..................................................................................................................
1 1.1
Retroviren.......................................................................................................
1 1.1.1 Endogene
Retroviren...........................................................................
3 1.1.2 Humane endogene Retroviren
(HERV)............................................. 6 1.2 Aufbau und
Replikation von
Retroviren..................................................... 7 1.2.1
Morphologie retroviraler
Partikel...................................................... 7 1.2.2 Virales
Genom und
Provirus.............................................................. 8 1.2.3
Replikationszyklus...............................................................................
11 1.2.3.1 Intrazellulärer Transport retroviraler Proteine...................
13 1.2.3.2
Assemblierung..........................................................................
16 1.2.3.3 Budding und
Reifung.............................................................. 19 1.3
Die HERV-K(HML-2)
Familie......................................................................
21 1.3.1
HERV-K113..........................................................................................
23 1.3.2 Rekonstruktion der ursprünglichen HERV-K113 Sequenz............ 25
1.4
Zielsetzung......................................................................................................
28 2 Materialien und
Methoden......................................................................................
29 2.1
Materialien......................................................................................................
29 2.1.1
Laborgeräte..........................................................................................
29 2.1.2
Software................................................................................................
31 2.1.3
Labormaterialien.................................................................................
32 2.1.4 Chemikalien, Enzyme und
Größenstandards................................... 33 2.1.5 Antikörper und
Vitalfarbstoffe........................................................... 36
2.1.6 Puffer und
Nährmedien.......................................................................
38 2.1.7
Kits.........................................................................................................
39 2.1.8
Zelllinien...............................................................................................
39 2.1.9
Leervektoren.........................................................................................
39 2.1.10
Konstrukte..........................................................................................
40 2.1.11
Bakterienstämme................................................................................
40 2.1.12 Primer
(Oligonukleotide)...................................................................
40 2.2
Methoden........................................................................................................
41 2.2.1 DNA-
Analytik.......................................................................................
41 2.2.1.1 Polymerase-Ketten-
Reaktion.................................................. 41 2.2.1.2
Mutagenese-
PCR..................................................................... 42
2.2.1.3
Ligation.....................................................................................
43 2.2.1.4 Restriktion mittels
Endonukleasen........................................ 44 2.2.1.5 DNA-Agarose-
Gelelektrophorese........................................... 44 2.2.1.6
Gelextraktion...........................................................................
45 2.2.1.7 Herstellung elektrokompetenter E. coli „One Shot Top10“ 45 2.2.1.8
Transformation........................................................................
46 2.2.1.9 Plasmidklonierung und
-isolierung........................................ 46 2.2.1.10
Glycerolstock..........................................................................
47 2.2.1.11 DNA-
Quantifizierung............................................................ 47
2.2.1.12 Sequenzierungs-
PCR............................................................. 47 2.2.2
Protein-
Analytik...................................................................................
48 2.2.2.1 Kultivierung von
Zelllinien..................................................... 48 2.2.2.1.1
Auftauen und Einfrieren von Zelllinien.................................. 49
2.2.2.1.2 Transfektion von
Zelllinien.................................................... 49 2.2.2.1.2.1
Transfektion mittels PolyFect.............................................. 50
2.2.2.1.2.2 Transfektion mittels Calciumphosphat-Methode................ 50
2.2.2.2
Ultrazentrifugation..................................................................
51 2.2.2.2.1 Ultrazentrifugation für SDS-
Polyacrylamid.........................
Gelelektrophorese...................................................................
51 2.2.2.2.2 Ultrazentrifugation für
Transmissionselektronen-..................
mikroskopie............................................................................
52 2.2.2.3 SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese (SDS-Page)............. 52
2.2.2.4 Western Blot
(Immunoblot).................................................... 54 2.2.2.5
Immunfluoreszenzfärbung.....................................................
55 2.2.2.5.1
Mowiol....................................................................................
57 2.2.2.6 Vitalfärbung für
Lebenzellmikroskopie................................ 57 2.2.2.6.1
Membranfärbung in
vivo......................................................... 57 2.2.2.6.2
Lysosomenfärbung in vivo......................................................
58 2.2.2.6.3 ER-Färbung in
vivo................................................................. 58
2.2.2.6.4 FlAsH-EDT2 Färbung in
vivo................................................. 58 2.2.3
Lichtmikroskopie.................................................................................
59 2.2.3.1 Hellfeld- und
Fluoreszenzmikroskopie.................................. 59 2.2.3.2 Konfokale
Laserscanningmikroskopie.................................. 60 2.2.3.3
Lebendzellmikroskopie...........................................................
61 2.2.4
Elektronenmikroskopie.......................................................................
62 2.2.4.1 Transmissionselektronenmikroskopie (TEM)...................... 62
2.2.4.1.1 Agaroseeinbettung von
Zellen................................................ 62 2.2.4.1.2
Eponeinbettung mittels Einbettungsautomat Leica EM TP.... 63 2.2.4.1.3
Lowicryleinbettung.................................................................
65 2.2.4.1.4
Gridbeschichtung....................................................................
66 2.2.4.1.5 Trimmen und
Ultramikrotomie.............................................. 66 2.2.4.1.6
Immunogoldmarkierung.........................................................
67 2.2.4.1.7 Kontrastierung und
Kohlebedampfung................................... 68 2.2.4.2
Rasterelektronenmikroskopie (REM)................................... 68
2.2.4.2.1 Kritische Punkt-
Trocknung.................................................... 69 2.2.4.2.2
Metallbeschichtung (Sputtern)................................................
70 2.2.5 Korrelative Licht- und Elektronenmikroskopie (CLEM)................
70 2.2.5.1 Korrelative Licht- und Transmissionselektronen
mikroskopie..............................................................................
70 2.2.5.1.1 Probensubstrat:
µSlide............................................................ 70
2.2.5.1.2 Ausplattieren und Transfizieren der
Zellen............................ 72 2.2.5.1.3 Lebendzellmikroskopie und
Fixierung................................... 72 2.2.5.1.4 Handeinbettung in
Epon......................................................... 72 2.2.5.1.5
Trimmen, Ultramikrotomie und Kontrastierung der CLEM-
Proben........................................................................
73 2.2.5.2 Korrelative Licht- und Rasterelektronenmikroskopie........ 74
2.2.5.2.1 Probensubstrat:
µDish............................................................. 74
2.2.5.2.2 Ausplattieren und Transfektion der
Zellen............................. 75 2.2.5.2.3 Lebendzellmikroskopie und
Fixierung................................... 75 2.2.5.2.4 Präparation und
Rasterelektronenmikroskopie....................... 75 3
Ergebnisse.................................................................................................................
77 3.1 Generierung Fluoreszenzprotein-markierter viraler HERV-K(HML-2)
Partikel............................................................................................................
77 3.1.1 Klonierung von oricoGagCherry und oricoGagEGFP.....................
77 3.1.2 Untersuchung zur Expression, intrazellulären Verteilung und
Assemblierung von Fluoreszenzprotein-markiertem Gag............... 79 3.1.2.1
Expressionskinetik und intrazelluläre Verteilung von Fluoreszenzprotein-
markiertem Gag.................................... 79 3.1.2.2
Fluoreszenzprotein-markiertes Gag formiert sich zu tubulären
Buddingstrukturen................................................ 82 3.1.2.3
Unmarkiertes als auch markiertes Gag assembliert an der
Plasmamembran......................................................................
84 3.1.3 Generierung funktioneller, Fluoreszenzprotein-markierter, viraler
Partikel....................................................................................
86 3.1.3.1 Mischungsverhältnisse von markiertem und unmarkiertem Gag führen
zur Assemblierung von VLPs... 87 3.1.3.2 Fluoreszierende Zellen weisen VLPs
homogen verteilt auf der Zelloberfläche
auf...................................................... 88 3.1.3.3
Markiertes Gag wird in die VLPs eingebaut und
prozessiert................................................................................
93 3.1.3.4 Fluoreszenzprotein-markierte VLPs werden freigesetzt..... 95
3.1.3.5 In VLPs integriertes, markiertes Gag wird durch die virale Protease
prozessiert...................................................... 98 3.2
Funktionelle Untersuchungen zu den viralen Proteinen QP1 und QP2... 100 3.2.1
Klonierung der QP1- und QP2-Deletionsmutanten.......................... 101
3.2.2 GagΔQP wird exprimiert und akkumuliert an der Zellmembran.. 102 3.2.3
Die QP-Peptide haben keinen Einfluss auf die Gag-
Assemblierung.............................................................................
103 3.2.4 VLPs der QP-Deletionsmutanten werden freigesetzt und reifen
extrazellulär.........................................................................................
105 3.3 Untersuchung des intrazellulären Transports von
Gag............................. 109 3.3.1 Gag-Akkumulationen bewegen sich in
hoher Geschwindigkeit...... 109 3.3.2 Gag und Mikrotubuli befinden sich nur
selten in räumlicher Nähe
zueinander..................................................................................
111 3.3.3 Gag ist an oder in vesikulären Zellkompartimente lokalisiert........
112 3.3.3.1 Gag-Akkumulationen sind teils an Lysosomen lokalisiert.. 114
3.3.3.2 Gag häuft sich im Lumen später Endosomen an.................. 116
3.3.3.3 Gag nur sehr selten in räumlicher Nähe zu Recycling-
Endosomen............................................................. 117 3.4
Untersuchungen zur Assemblierung von Env und Gag.............................
119 3.4.1 Klonierung von oricoEnvTC für die Lebendzellmikroskopie......... 119
3.4.1.1 EnvTC ist intrazellulär und an der Plasmamembran
lokalisiert..................................................................................
120 3.4.1.2 Intrazelluläre Lokalisation von
EnvTC................................. 122 3.4.2 Untersuchen zum Einbau von
Env in virale Partikel....................... 123 3.4.2.1 Gag assembliert mit
Env an der Plasmamembran............... 123 3.4.2.2 EnvTC wird in VLPs
eingebaut............................................. 125 4
Diskussion.................................................................................................................
129 4.1 Generierung Fluoreszenzprotein-markierter HERV-K(HML-2)
Partikel............................................................................................................
129 4.1.1 Fluoreszenzprotein-markiertes HERV-K(HML-2) Gag..................
129 4.1.2 Expression und Lokalisation von Fluoreszenzprotein-markierten HERV
K(HML 2)
Gag........................................................................
131 4.1.3 HERV-K(HML-2) Gag assembliert an der Plasmamembran zu
VLPs.................................................................................................
132 4.1.4 Assemblierung fluoreszenzmarkierter HERV-K(HML-2) Partikel 134
...............................................................................................................
4.1.5 Fluoreszenzmarkierte HERV-K113 Partikel reifen extrazellulär... 137 4.2
Die Peptide QP1 und QP2 von
HERV-K113............................................... 139 4.3
Intrazellulärer Transport von HERV-K(HML-2) Gag..............................
141 4.3.1 Tracking intrazellulärer HERV-K(HML-2) Gag-
Akkumulationen..........................................................................
141 4.3.2 Mikrotubuligestützter HERV-K(HML-2) Gag-Transport.............. 144
4.3.3 Die Rolle des endosomalen
Stoffwechselweges.................................. 146 4.3.3.1 HERV-K(HML-2)
Gag akkumuliert in späten
Endosomen...............................................................................
146 4.3.3.2 HERV-K(HML-2) Gag wird durch Lysosomen degradiert 148 4.3.3.3
HERV-K(HML-2) Gag interagiert nicht mit Recycling-
Endosomen............................................................. 148 4.4
Das Hüllprotein Env von
HERV-K(HML-2)............................................... 149 4.4.1
Intrazelluläre Verteilung des HERV-K(HML-2) Env...................... 150
4.4.1.1 HERV-K(HML-2) Env wird am Endoplasmatischen Retikulum
translatiert............................................................ 151
4.4.1.2 HERV-K(HML-2) Env und der endosomale
Stoffwechselweg.......................................................................
152 4.4.2 Gag und Env assemblieren an der
Plasmamembran........................ 153 4.4.3 Env wird verstärkt in
HERV-K(HML-2) Partikel inkorporiert..... 153 5
Zusammenfassung....................................................................................................
157 6
Literaturverzeichnis.................................................................................................
159 7
Anhang......................................................................................................................
191 7.1 Oligonukleodite
(Primer)...............................................................................
191 7.1.1
Sequenzierprimer.................................................................................
191 7.1.2
Mutageneseprimer...............................................................................
191 7.1.3
Klonierungsprimer...............................................................................
192 7.2
Abkürzungsverzeichnis..................................................................................
193 7.3
Abbildungsverzeichnis...................................................................................
199 7.4
Filmverzeichnis...............................................................................................
201 7.5
Tabellenverzeichnis........................................................................................
203 7.6
Publikationsliste.............................................................................................
204 7.7
Danksagung....................................................................................................
205 7.8 Eidesstattliche
Erklärung..............................................................................
206
dc.description.abstract
Zusammenfassung Aufgrund der geringen Expression war das Studium des
intrazellulären Transports von HERV-K(HML-2)-Proteinen und ihres Zusammenbaus
zu viralen Partikeln bisher nicht möglich. Unbekannt waren deshalb auch die
beteiligten Mechanismen. Die Klonierung eines Provirus mit revertierten,
nicht-synonymen Mutationen und die Erhöhung der Expression ermöglichten die in
dieser Arbeit auf Basis des HERV-K113-Elements erfolgten mikroskopischen
Studien. Für die lichtmikroskopische Darstellung des Polystrukturproteins Gag
und des Hüllproteins Env wurden C-terminal markierte Konstrukte generiert. Es
konnte gezeigt werden, dass fluoreszenzprotein-markiertes Gag nicht in der
Lage ist zu viralen Partikeln zu assemblieren. Es treten aberrante
Buddingstrukturen auf, die an der Zelloberfläche zu Plasmafortsätzen
auswachsen. Um fluoreszenzmarkierte Partikel herzustellen ist ein
Mischungsverhältnis von mindestens 1:5 mit nicht markiertem Gag nötig. Bei
diesem Verhältnis wurden Partikel mit der erwarteten Morphologie generiert und
deren Freisetzung und Reifung dokumentiert. Für gewöhnlich erfolgt die
Freisetzung mit C-Typ- Morphologie. Eine starke Überexpression von Gag führte
jedoch zur intrazellulären Akkumulation von unreifen Partikeln im Zytoplasma
und somit zur A/B-Typ- Morphologie. Die Partikel lagern sich an die
zytoplasmatischen Seite von Plasmamembran und Vesikeln an. Bezüglich des
intrazellulären Transports stand HERV K113 Gag mit Kompartimenten des
endosomalen Stoffwechselwegs im Zusammenhang. Dies und die kinetischen
Analysen von mobilen, intrazellulären Gag-Akkumulationen legen die
Schlussfolgerung nahe, dass, wie auch bei anderen Retroviren, der endosomale
Stoffwechselweg in den Transport und die Regulation des Gag-Transports
involviert ist. Dabei spielen späte Endosomen und Lysosomen eine besondere
Rolle. Eine signifikante Kolokalisation von Gag und Env findet ausschließlich
an der Plasmamembran statt und bestätigte damit die C-Typ-Assemblierung von
HERV K(HML 2). Durch eine verstärkte Expression von Env wurde zudem ein
gesteigerter Einbau des C-terminal markierten Hüllproteins in virale Partikel
erreicht. Das ermöglicht zusammen mit der Gag-Env-Zweifachmarkierung
zukünftige, lichtmikroskopische Infektionsstudien mit HERV-K(HML-2). Im Zuge
der Arbeit wurden darüber hinaus zwei kleine, C-terminal im Gag gelegene
Glutamin(Q)- und Prolin(P)-reiche Proteine (QP1 und QP2) entdeckt, die bis
dato noch unbekannt waren. Mikroskopische Untersuchungen konnten eine Funktion
in der späten Replikationsphase nicht belegen, bilden aber die Grundlage
weiterführender Studien.
de
dc.description.abstract
Conclusion The pure expression of the HERV-K(HML-2) proteins obstructed up
until now the study of the intracellular transport and assembly of viral
particles. To gain insight into these mechanisms a HERV-K113 provirus was
cloned containing revertive non-synonymous mutations. The resulting increase
of viral protein expression allowed for the first time to study in detail the
late phase of viral replication using microscopy. For light microscopic
representation of the polyprotein Gag and the envelope protein Env C-terminal
labeled constructs were generated. It was shown, that fluorescence labeled Gag
is not able to assemble to viral particles. Instead, aberrant budding
structures were observed forming tubular plasma extensions at the cell
surface. Our studies revealed, that the generation of fluorescent viral
particles showing the common viral particle morphology was achieved, when
mixing fluorescently labeled and non-labeled Gag proteins in a ratio of 1:5.
These C-type particles were released and mature. However, a high level of Gag
overexpression leads to an intracellular accumulation of immature particles in
the cytoplasm of the transfected cells. These particles showing a A/B-type
morphology accumulated at the cytoplasmic side of the plasma membrane and
vesicles. Additionally, HERV-K113 Gag was associated with compartments of the
endosomal metabolic pathway for intracellular transport. These localization
patterns and the kinetic analysis of the mobile intracellular Gag fractions
lead us to the conclusion, that the endosomal pathway is involved in the
regulation of Gag transport where late endosomes and lysosomes playing a major
role. A significant colocalization of Gag and Env takes place exclusively at
the plasma membrane confirming the C-Type assembly of HERV-K(HML-2).Through an
intensified expression of Env, we were able to induce an increased
incorporation of the C-terminal labeled envelope protein. In the future, this
will allow together with a double labeling of Gag and Env infections studies
of HERV-K(HML-2) via light microscopy. Within the scope of these studies, we
also identified two small, so far unknown glutamine (G) and proline (P) rich
proteins (QP1 and QP2) located at the C-terminus of Gag. The microscopic
studies could not identify a potential role in the late phase of viral
replication. But these data will be the basis for further investigations in
the future.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
human endogenous retrovirus
dc.subject
HERV-K113 (HML-2)
dc.subject
intracellular transport
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::570 Biowissenschaften; Biologie
dc.title
Intrazellulärer Transport, Assembly und Egress des endogenen Betaretrovirus
HERV-K113
dc.contributor.inspector
Prof. Dr. Reinhard Kunze
dc.contributor.inspector
Prof. Dr. Wolfgang Schuster
dc.contributor.inspector
Dr. Sascha Thewes
dc.contributor.firstReferee
PD Dr. Norbert Bannert
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Rupert Mutzel
dc.date.accepted
2014-12-15
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000098298-9
dc.title.translated
Intrazellular transport, assembly and release of endogenous betaretrovirus
HERV-K113
en
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000098298
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000016366
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000016385
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access