dc.contributor.author
Oberbarnscheidt, Martin
dc.date.accessioned
2018-06-07T23:13:49Z
dc.date.available
2001-12-03T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/10205
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-14403
dc.description
0. Titelseite und Inhaltsverzeichnis
2. Material und Methoden 7
1. Einleitung 5
2. Material und Methoden 7
2.1. Material 7
2.1.1. Enzyme, Vektoren, Nukleotide 7
2.1.2. Chemikalien 7
2.1.3. Stammlösungen und Nährlösungen 7
2.2. Methoden 8
2.2.1. Herstellung von Agarosegelen, Elektrophorese 8
2.2.2. Gel-Extraktion von DNA 8
2.2.3. Southern Blot 9
2.2.4. Markierung synthetischer Oligonukleotide mit [32P]-dCTP 9
2.2.5. Random priming von cDNA-Sonden 10
2.2.6. Markierung synthetischer Oligonukleotide mit Digoxigenin-markiertem
dUTP 10
2.2.7. Detektion hybridisierter Digoxigenin-markierter Oligonukleotide 10
2.2.8. Hybridisierung von Membranen mit markierten Oligonukleotiden 11
2.2.9. Polymerasekettenreaktion (PCR) 12
2.2.10. Isolation genomischer -Phagen-Klone 12
2.2.11. Isolation genomischer CD30-Klone aus Cosmid-Banken 13
2.2.12. Isolation von cd30-Gen-Fragmenten mit Langstrecken-
Polymerasekettenreaktion (LR-PCR) aus genomischen Genbanken 13
2.2.13. Präparation der DNA eines Phagenklons 16
2.2.14. Klonierung von DNA-Fragmenten in pBlueScript 19
2.2.15. Klonierung von PCR-Fragmenten in den pCR II-TOPO Vektor 19
2.2.16. Transformation von kompetenten E. coli Zellen (TOP10) 19
2.2.17. Plasmidpräparation 20
2.2.18. DNA-Sequenzierung 21
2.2.19. Auswertung der Sequenzdaten 22
3. Ergebnisse 24
3.1. Isolation und Klonierung von cd30-Gen-Fragmenten 24
3.2. Sequenzierung der cd30-Gen-DNA-Fragmente 27
3.3. Exon / Intron Struktur des cd30-Gens 29
3.4. Promoterregion des cd30-Gens 30
3.5. Mikrosatelliten-Sequenz 32
3.6. Karte des cd30-Gens 34
3.7. Vergleich des cd30-Gens mit der TNFR-Superfamilie 35
4. Diskussion 36
4.1. Analyse von Genbanken 36
4.2. Genstruktur des CD30 37
4.3. Promoterregion des cd30-Gens 38
4.3.1. Genetischer Polymorphismus 39
4.3.2. Transkriptionsfaktorbindungsstellen und Transkriptionsstartpunkt 40
5. Zusammenfassung 43
6. Anhang 44
6.1. Liste der Abkürzungen 44
7. Literaturverzeichnis 46
8. Lebenslauf 55
9. Danksagung 57
dc.description.abstract
Das CD30-Antigen ist ein Mitglied der Tumornekrosefaktor-Rezeptor-Familie
(TNFR), das vorwiegend auf Tumorzellen des Morbus Hodgkin, des ALCL sowie des
embyonalen Karzinoms des Hodens überexprimiert wird. Die Besonderheit des
CD30-Antigens ist seine sehr restriktive Expression auf neoplastischen Zellen
verschiedener Tumorerkrankungen auf der einen und die physiologischerweise auf
nur wenige lymphatische beziehungsweise deziduale Zellen beschränkte
Expression auf der anderen Seite.
Nachdem gezeigt werden konnte, daß die restriktive Expression von CD30 auf
transkriptioneller Ebene reguliert wird, wurde in der vorliegenden Arbeit die
Genstruktur und die Promoterregion des cd30-Gens sequenziert und näher
untersucht.
Das cd30-Gen besteht aus 8 Exons und 7 Introns. Die Exons lassen sich
strukturellen Domänen auf Proteinebene zuordnen. Das 1. Exon kodiert für das
hydrophobe Leitpeptid, das 2. und 3. Exon beinhalten jeweils drei
cysteinreiche Domänen des extrazellulären Rezeptorteils und sind einander zu
70% homolog. Die Transmembrandomäne befindet sich überwiegend im 4. Exon und
der intrazelluläre Teil des CD30 wird von den Exonen 5 bis 8 kodiert. Eine
Besonderheit von CD30 innerhalb der TNFR-Superfamilie ist die Aufteilung der 6
cysteinreichen Domänen auf zwei zu einander homologe Exons. Möglicherweise
könnte diese Struktur durch partielle Duplikation eines Exon nach Verlust
zweier Intronen während der Evolution von CD30 entstanden sein. Das
Vorhandensein von drei cysteinreichen Domänen im murinen CD30 im Vergleich zu
sechs cysteinreichen Domänen im humanen CD30 wäre hierdurch erklärbar.
Der Promoter von CD30 besitzt keine TATA-Box und ist GC-reich. Auffällig ist
im Promoterbereich von CD30 eine ATCC-Mikrosatellitensequenz. In
Untersuchungen von CD30+ Zellinien und in normalem Gewebe konnte gezeigt
werden, daß ein deutlicher Längenpolymorphismus besteht. Dieser ist bei CD30+
Zellinien stärker ausgeprägt als in Geweben mit physiologisch geringer
CD30-Expression. Die beschriebene Mikrosatelliteninstabilität könnte bei der
Onkogenese der CD30+-Tumoren durch Erhöhung der Promoteraktivität eine
entscheidende Rolle spielen.
de
dc.description.abstract
The CD30 antigen is a member of the tumor necrosis factor receptor (TNFR)
family which is overexpressed on the surface of the tumor cells of Hodgkin's
lymphoma, anaplastic large cell lymphoma (ALCL), and embryonal carcinoma of
the testis.
In this study the entire cd30 gene which is more than 24 000 bp long and
organized in eight exons was characterized by analyzing cosmid and phage
clones from human placental libraries with long-range polymerase chain
reaction (PCR) and sequencing.
Differences to other genes of the TNFR family were detected in the region
encoding the extracellular domain of the cd30 gene. In nearly all other TNFR
genes, the coding region of each cysteine-rich repeat is interrupted by one
intron, i.e., the 3-4 cysteine-rich repeats of these receptors are encoded by
at least 4-5 exons, whereas the six cysteine-rich repeats of the cd30 gene are
encoded by two exons, i.e., each of these exons encode three cysteine-rich
repeats.
The 5'-fanking regulatory region of the cd30 gene was analyzed for possible
transcription factor binding sites. Sequence analysis showed that the cd30
promoter ist TATA-less and GC-rich. In addition a genetic polymorphism of
tetranucleotide ATCC-repeats was found in the 5' part of the CD30 promoter.
This region was amplified by PCR from seven CD30 overexpressing human lymphoid
cell lines and five human tissues with an absent or very low CD30 expression.
The amplification products showed length differences of more than 550 bp which
was due to different numbers of ATCC-repeats. The number of the ATCC-repeats
was higher in CD30+ cell lines than in normal tissues.
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
cd30 promoter gene structure microsatellite
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::610 Medizin und Gesundheit::610 Medizin und Gesundheit
dc.title
Struktur und Charakterisierung des cd30-Gens
dc.contributor.firstReferee
P.D. Dr. med. Horst Dürkop
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. Walter Rosenthal
dc.date.accepted
2001-11-13
dc.date.embargoEnd
2001-12-05
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-2001002453
dc.title.translated
Structure and Characterization of the cd30 gene
en
refubium.affiliation
Charité - Universitätsmedizin Berlin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000000471
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2001/245/
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000000471
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access