dc.contributor.author
Gao, Qingsong
dc.date.accessioned
2018-06-07T23:00:27Z
dc.date.available
2016-05-12T11:17:57.198Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/9916
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-14114
dc.description.abstract
Differentielles, alternatives Spleißen stellt eine der größten evolutionären
Antriebskräfte dar um eine phenotypische Vielfalt zu formen. Es ist jedoch
unklar zu welchem Grad diese Unterschiede durch cis- oder trans-regulatorische
Faktoren erklärt werden können. Hier wurde zum ersten Mal in Säugetieren ein
relativer Einfluss dieser zwei Faktoren umfassend untersucht. Dazu wurden die
Unterschiede im Spleißen zwischen C57BL/6J und SPRET/EiJ Mausstämmen und das
allelspezifische Spleißmuster in der ersten hybriden F1-Generation untersucht.
Von 11.818 alternativen Spleißvorgängen in kultivierten Fibroblasten wurden
796 identifiziert, die einen signifikanten Unterschied zwischen den
Elternstämmen zeigen. Durch die Integration von allelspezifischen Daten der
ersten hybriden F1-Generation konnten wir zeigen, dass diese Spleißvorgänge
größtenteils durch cis-regulatorischen Varianten kontrolliert werden, die
konstitutive Spleißstellen und andere Sequenzen betreffen. Dabei waren
verschiedene Mechanismen von alternativen Spleißen betroffen, was im Gegensatz
zu vorherigen Beobachtungen in Drosophila steht. Des Weiteren zeigten eine
Analyse von Lebergewebe aus den gleichen Mausstämmen und eine erneute Analyse
von veröffentlichten Daten anderer Mausstämme den gleichen Trend. Diese Daten
implizieren, dass in der Maus überwiegend cis-regulatorische Veränderungen zur
Evolution von alternativem Spleißen beitragen.
de
dc.description.abstract
Divergence of alternative splicing represents one of the major driving forces
to shape phenotypic diversity during evolution. However, the extent to which
these divergences could be explained by the evolving cis-regulatory versus
trans-acting factors remains unresolved. To globally investigate the relative
contributions of the two factors for the first time in mammals, we measured
splicing difference between C57BL/6J and SPRET/EiJ mouse strains and allele-
specific splicing pattern in their F1 hybrid. Out of 11,818 alternative
splicing events expressed in the cultured fibroblast cells, we identified 796
with significant difference between the parental strains. After integrating
allele-specific data from F1 hybrid, we demonstrated that these events could
be predominately attributed to cis-regulatory variants, including those
residing at and beyond canonical splicing sites. Contrary to previous
observations in Drosophila, such predominant contribution was consistently
observed across different types of alternative splicing. Further analysis of
liver tissues from the same mouse strains and re-analysis of published
datasets on other strains showed similar trends, implying in general the
predominant contribution of cis-regulatory changes in the evolution of mouse
alternative splicing.
en
dc.format.extent
VI, 83 S.
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
alternative splicing
dc.subject
cis regulation
dc.subject.ddc
500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::576 Genetik und Evolution
dc.title
Predominant contribution of cis-regulatory divergence in the evolution of
mouse alternative splicing
dc.contributor.contact
gaoqs313@gmail.com
dc.contributor.firstReferee
Wei Chen
dc.contributor.furtherReferee
Florian Heyd
dc.date.accepted
2016-05-10
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000102036-3
dc.title.translated
Prädominanter Beitrag von cis-regulatorischer Divergenz in der Evolution des
alternativen Spleißens bei der Maus
de
refubium.affiliation
Biologie, Chemie, Pharmazie
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000102036
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000019204
dcterms.accessRights.dnb
free
dcterms.accessRights.openaire
open access