dc.contributor.author
Preissner, Robert
dc.date.accessioned
2018-06-07T15:21:15Z
dc.date.available
2007-02-09T00:00:00.649Z
dc.identifier.uri
https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/953
dc.identifier.uri
http://dx.doi.org/10.17169/refubium-5155
dc.description
Habilitationsschrift
dc.description.abstract
In der postgenomischen Phase der biomedizinischen Forschung sind die Proteine,
insbesondere als Zielstrukturen für viele Medikamente, zunehmend in den
Brennpunkt des wissenschaftlichen Interesses gerückt. Insofern sind
hochwertige und schnell verfügbare Informationen über Evolution, Stabilität,
Dynamik und Wechselwirkungen der Proteine von eminenter Bedeutung. In diesem
Zusammenhang wurden entsprechende Verfahren und Datenbanken erarbeitet, die
international genutzt werden. Dabei spielen 3D-Strukturen sowohl der Proteine
als Zielstrukturen, als auch der Liganden als Leitstrukturen für Medikamente
eine außerordentliche Rolle. Zur Generierung verlässlicher Zielmolekül-
Strukturen wurden neue Methoden erarbeitet. Die Berücksichtigung der Liganden-
Flexibilität über explizite Konformere ermöglichte die Implementierung
schneller Verfahren. Dadurch konnten für das in silico Screening durchsuchbare
3D-Datenbanken aufgebaut werden, die Millionen verfügbarer Naturstoffe sowie
synthetischer Substanzen enthalten. Eine von uns generierte Web-basierte
Medikamentendatenbank, die über eine schnelle Ähnlichkeitssuche die direkte
Verbindung zu den medizinischen Zielstrukturen herstellt, ermöglicht durch die
Einbindung der WHO-definierten Indikations-Kodierung (ATC-codes) eine breite
Nutzung. Das Struktur-gestützte Design von Peptid-Bibliotheken, die auch
nichtlineare Bindungsstellen abbilden, ist etabliert worden. Damit ergeben
sich neue Möglichkeiten, peptidische Binder für Proteine aufzufinden. Um die
ungünstigen pharmakologischen Eigenschaften der gefundenen Peptide zu
verbessern, wurden automatisierte Verfahren zum Design von Peptid-Mimetika
entwickelt. Der Einsatz von konformationellen Photo-Schaltern sowohl in
biologisch wirksamen Peptiden als auch in kleinen, nicht-peptidischen
Inhibitoren ist durch von uns entwickelte Verfahren erheblich vorangekommen
und erschließt diverse neue medizinische Applikationen. Neben der Entwicklung
bioinformatischer Verfahren hat deren Anwendung auf konkrete, experimentell
validierbare Projekte maßgeblich zum Erfolg beigetragen. Dabei konnten
Protein-Protein-Interaktionen durch Peptid-Bibliotheken aufgeklärt werden und
Liganden für verschiedene Zielmoleküle vorgeschlagen werden, die bereits in
mehreren Fällen zu Patentanmeldungen geführt haben.
de
dc.description.abstract
Summary In the post-genomic era of the biomedical research the new focus is
directed towards proteins as medical targets. Thus, information about their
evolution, stability, dynamics and interactions are of outstanding importance.
In this context, a number of algorithms, applications and databases were
developed and are extensively used by the international community. The 3D
structures of the proteins, the targets, and their ligands, lead structures
for drugs, play an important role. A number of novel approaches were
introduced for the improved structural modelling of proteins. The
consideration of explicit conformers of ligands enabled the development and
implementation of fast in silico screening algorithms. A number of ligand
databases were developed, containing a few million purchasable natural and
synthetic compounds. Our web-accessible drug database contains WHO-approved
drugs, their 3D structures, conformers, synonyms etc. This database is widely
used because of its connection towards medical indications / diseases (ATC
codes) and the fast similarity screening capabilities. The structure-based
design of peptide libraries for the representation of (non-linear) binding
sites was developed and established. Thus, novel opportunities for the
detection of peptidic binders arise. To circumvent the unfavourable properties
of the found peptides the next step the structure-based development of
peptide mimetics can be undertaken by a new software, which considers
conformational flexibility. Successful application of this tool could be
demonstrated by a number of photo-switchable inhibitors, opening diverse
medical uses. Besides the development of bioinformatical algorithms, their
application to experimental projects ensured the success. In this way,
protein-protein interactions could be elucidat
en
dc.rights.uri
http://www.fu-berlin.de/sites/refubium/rechtliches/Nutzungsbedingungen
dc.subject
protein ligands bioinformatics modeling drugs
dc.subject.ddc
600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften::610 Medizin und Gesundheit::610 Medizin und Gesundheit
dc.title
Bioinformatische Verfahren bei der Entwicklung von Proteinliganden
dc.contributor.firstReferee
Prof. Dr. K. Schulze-Osthoff, Düsseldorf
dc.contributor.furtherReferee
Prof. Dr. J. Selbig, Potsdam
dc.date.accepted
2007-02-07
dc.date.embargoEnd
2007-02-13
dc.identifier.urn
urn:nbn:de:kobv:188-fudissthesis000000002584-8
dc.title.translated
Bioinformatics approach to the development of protein ligands
en
refubium.affiliation
Charité - Universitätsmedizin Berlin
de
refubium.mycore.fudocsId
FUDISS_thesis_000000002584
refubium.mycore.transfer
http://www.diss.fu-berlin.de/2007/110/
refubium.mycore.derivateId
FUDISS_derivate_000000002584
dcterms.accessRights.dnb
free
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open access