SeqAn: a generic software library for sequence analysis

Abstract

SeqAn is a library of efficient algorithms and data structures for sequence analysis, which means processing large amounts of biomedical data like DNA or proteine sequences. The library was developed for two groups of users: Software engineers can use it for the implementation of new software tools. Such tools are essential for biological and medical research. Algorithm designers may also use the library as a platform for the development, testing and comparison of algorithms. The project therefore contributes to bioinformatics engineering with the eventual purpose to promote the scientific research in life science.

SeqAn ist eine Programmbibliothek effizienter Algorithmen und Datenstrukturen zur Sequenzanalyse, d.h. zur Verarbeitung großer Mengen biomedizinischer Daten, insbesondere von Gen- und Proteinsequenzen. Die Entwicklung dieser Bibliothek zielt auf zwei Gruppen von Anwendern ab: Zum einen soll sie Programmierern bei der Entwicklung neuer Softwarewerkzeuge helfen. Derartige Softwarewerkzeuge sind unabdingbar für die biologische und medizinische Forschung. Zum anderen sollen Algorithmendesigner die Bibliothek als eine Grundlage für Entwicklung, Test und Vergleich von Algorithmen verwenden können. Das Projekt versucht also, einen ingenieurwissenschaftlichen Beitrag zur Bioinformatik zu leisten, und will damit letztlich der naturwissenschaftlichen Forschung im Bereich der Lebenswissenschaften dienen.