module load gromacs/single/2019
gmx pdb2gmx -f ala9.pdb -ff amber03 -water spce -ignh
gmx editconf -f conf.gro -bt cubic -c -d 1.0
gmx solvate -cp out.gro -cs spc216.gro -p topol.top
gmx grompp -f minim.mdp -c out.gro -p topol.top -o minim.tpr
gmx mdrun -deffnm minim
gmx grompp -f npt.mdp -c minim.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 1
mdrun_gpu -deffnm npt
gmx grompp -f nvt.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o nvt.tpr
