id,collection,dc.contributor.author,dc.contributor.firstReferee,dc.contributor.furtherReferee,dc.contributor.gender,dc.date.accepted,dc.date.accessioned,dc.date.available,dc.date.issued,dc.description.abstract[de],dc.format.extent,dc.identifier.uri,dc.identifier.urn,dc.language,dc.rights.uri,dc.subject.ddc,dc.subject[de],dc.title,dc.type,dcterms.accessRights.dnb,dcterms.accessRights.openaire,dcterms.format,refubium.affiliation "4727b37e-b7b8-4a95-89d1-b8b7a47be475","fub188/14","Brinkmann, Annika","Nitsche, Andreas","Mutzel, Rupert","female","2020-06-23","2021-05-12T10:53:48Z","2021-05-12T10:53:48Z","2021","Jährlich erreichen das Konsiliarlabor für Pockenviren des Robert Koch-Instituts zahlreiche Proben von Patienten mit pockentypischen und pockenähnlichen Hautveränderungen zur Diagnostik von Ortho-, Para- und Molluscipockenviren. Nicht immer können die eingesandten Proben eindeutig diagnostiziert werden und der Ursprung der pockentypischen Hautläsionen bleibt unklar. Für die Diagnostik von Viren gibt es verschiedene molekularbiologische Methoden. Während mit der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) spezifisch auf einzelne Erreger gescreent werden kann, wird mit der Hochdurchsatz-Sequenzierung (HTS) ein unspezifischer Blick in die gesamte DNA und RNA der untersuchten Probe und damit alle darin enthaltenen Erreger ermöglicht. Seit 2014 hat der MinION in vielen Laboren Einzug gehalten, ein handtellergroßer Hochdurchsatz-Sequenzierer, welcher die Analyse von DNA-Molekülen in Echtzeit ermöglicht. Diese Technologie hat völlig neue Möglichkeiten in der Erregerdiagnostik eröffnet, jedoch sind die Sensitivität der Methode und die Qualität der generierten Sequenzen noch immer gering. In dieser Studie wurden 49 Patientenproben mittels Illumina HTS sowie mit einer neu entwickelten Methode (VAmpSeq) auf die verursachenden Erreger der pockenähnlichen Hautläsionen untersucht. Dabei handelt es sich bei der VAmpSeq (Virus Amplification based Sequencing)-Methode um eine Multiplex-PCR mit anschließender MinION-Sequenzierung. Dies kombiniert die Vorteile der PCR (Sensitivität, Spezifität) und der HTS (ungerichtetes, simultanes Screening) und ermöglicht eine sensitive und simultane Diagnostik und Differentialdiagnostik von pockenähnlichen Hautläsionen. Ergänzend wurde die VAmpSeq-Methode weiterentwickelt (PAmpliSeq – Pox Amplification based Sequencing), um neben der Detektion von Viren auch eine Vollgenomsequenzierung von Orthopockenviren zu ermöglichen. Für die Analyse in Echtzeit während der MinION-Sequenzierung wurde eine Oberflächenanwendung entwickelt (VAmpSeeker und PAmpliSeeker), um die Interpretation der generierten Daten auch ohne bioinformatische Kenntnisse zu ermöglichen. Mittels Illumina HTS und der VAmpSeq-Methode konnten in den Patientenproben Herpes simplex-Virus Typ 1, Molluscum-contagiosum-Virus Typ 1 und Typ 2 sowie Orf-Virus diagnostiziert werden. Zudem konnte mit der Illumina HTS ein neuartiges (Para)pockenvirus, mit der VAmpSeq-Methode in weiteren Proben das Epstein-Barr-Virus und Parvovirus B19 identifiziert werden. Mit der VAmpSeq-Methode konnte damit in dieser Arbeit ein neues diagnostisches Verfahren entwickelt werden, welches es ermöglicht, auf mehrere Erreger in kurzer Zeit zu screenen und welches bereits für zahlreiche Anwendungen im Laboralltag weiterentwickelt wurde.","IV, 119 Seiten","https://refubium.fu-berlin.de/handle/fub188/30579||http://dx.doi.org/10.17169/refubium-30319","urn:nbn:de:kobv:188-refubium-30579-8","ger","https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/","500 Naturwissenschaften und Mathematik::570 Biowissenschaften; Biologie::570 Biowissenschaften; Biologie","Diagnostik||NGS||MinION||Pockenviren||Metagenomik","Differentialdiagnostik von pockentypischen Hautveränderungen mittels Metagenomanalyse und VAmpSeq","Dissertation","free","open access","Bild||Text","Biologie, Chemie, Pharmazie"